Trước sự xâm nhập rồi xâm lược của thực dân phương Tây, giống như các nước Đông Nam Á khác, nhân dân Inđônêxia đã phải đi tìm lời giải đáp cho câu hỏi: làm sao bảo vệ độc lập dân tộc của mình? Vậy nên, trong suốt mấy thế kỉ thống trị của bọn thực dân Hà Lan ở Inđônêxia chúng đã phải hao tốn rất nhiều tiền của, con người trước làn sóng đấu tranh của nhân dân Inđônêxia. Chính tên toàn quyền Raphơrơ đã phải nhìn nhận rằng: “Có thể nói từ khi người Âu đến, người Inđônêxia không bỏ qua bất cứ một cơ hội nào để giành quyền độc lập cho họ…Mọi người đều đoàn kết trong sự nghiệp vĩ đại giành độc lập dân tộc” [14, 74].
Quả thật, ngay từ đầu sang xâm chiếm Inđônêxia chúng đã phải đối phó với phong trào đấu tranh vũ trang diễn ra sôi nổi, nó đã trở thành một xu hướng độc lập trước làn sóng xâm lược của thực dân phương Tây, nổi bật là cuộc đấu tranh vũ trang của Đipônêgogio (1825 - 1830), hay như cuộc đấu tranh hết sức anh dũng của nhân dân vương quốc Ache . Thực dân Hà Lan chỉ có thể đè bẹp cuộc khởi nghĩa chứ không thể đè bẹp được ý chí kháng cự của nhân dân và các vương quốc của Inđônêxia. Sự xâm chiếm, hống hách của Hà Lan đã làm cho sự phản kháng của nhân dân Inđônêxia ngày càng quyết liệt hơn. Đến cuối thế kỉ XIX hầu hết các vùng đất của Inđônêxia, chỉ còn duy nhất vương quốc Hồi giáo Ache là bọn Hà Lan chưa thể xâm chiếm.
Ache là một vương quốc ở phía Tây Bắc Inđônêxia, nằm trên đảo Xumatora - là một vị trí có rất nhiều thuận lợi trong giao thương buôn bán với các quốc gia khác, với bán đảo MãLai,…. Sau khi người Bồ Đào Nha làm chủ được Mataca thì Ache làm chủ con đường quan trọng trên tuyến đường giao lưu Đông - Tây. Vì vậy mà có nhiều tên thực dân đã muốn xâm chiếm quốc gia này, ngay từ hồi thế kỉ XVI người Bồ Đào Nha đã tìm mọi cách để chinh
phục tiểu quốc này nhưng không thành công. Đến tiếp sau là Hà Lan. Từ khi kênh đào Xuyê nối liền Địa Trung Hải và Viễn Đông thì vùng eo biển Inđônêxia này cũng trở nên quan trọng vời người Hà Lan. Họ đã toan tính chiếm đóng Ache càng sớm càng tốt để có thể khống chế được eo biển này. Ngày 26/3/1873 chúng đã tuyên chiến với Achê, đến tháng 4/1873 đã điều 3.000 quân dưới chỉ huy của tướng Kôlơ đổ bộ lên gần Cutaragia. Nhân dân Achê rất dũng mãnh cảm đấu tranh, tiến hành các cuộc tấn công chặn bước tiến của quân Hà Lan, sau 1 tháng đổ bộ quân Hà Lan đã bị nhân dân Achê đánh bật khỏi Achê và tổn thất hơn 1.000 lính cùng với tên chỉ huy.
Cuối 1783, bọn Hà Lan tiếp tục trở lại 1 lần nữa đổ bộ lên Achê, vây hãm hoàng cung Achê nhưng Hồi vương Achê đã chạy thoát được khỏi thành tiếp tục lãnh đạo nhân dân Achê làm chiến tranh du kích, gây cho quân đội Hà Lan rất nhiều tổn thất. Tính đến 1884, Hà Lan đã tổn phí đến 150 triệu ghiudo cho cuộc chiến Achê, các hoạt động du kích của nhân dân Achê đã tiêu diệt được bộ phận lớn quân đội Hà Lan buộc bọn quân đội Hà Lan phải rút lui về cố thủ Caturagia vào năm 1885 và phải dùng lại biện pháp bỉ ổi quen thuộc của chúng là mua chuộc các thủ lĩnh quân sự người Achê. Tinh thần đấu tranh của nhân dân Achê vẫn quyết liệt, thế hệ này ngã xuống lại có thế hệ sau đứng lên. Năm 1885, Hồi vương mới ở Achê lên ngôi đã tuyên bố sẽ quyết tâm chiến đấu chống Hà Lan dưới sự lãnh đạo của vị thủ lĩnh mới nhân dân Achê chiến đấu rất anh dũng làm cho quân Hà Lan phải nhiều phen khốn đốn. Không thể chinh phục được mảnh đất này, bọn thực dân Hà Lan đã phải chuyển sang xây dựng một số đồn trú. “Cuộc kháng chiến anh dũng của nhân dân Achê kéo dài 40 năm từ 1873 đến gần chiến tranh thế giới thứ nhất: Hà Lan tổn thất 250.000 người và 1 tỷ phơrăng” [14,59]. Cuộc khởi nghĩa thất bại nhưng nó là tiêu biểu cho tinh thần đấu tranh anh dũng kiên cường của nhân dân Inđônêxia trước sự xâm lược của thực dân.
Sang đầu thế kỉ XX, cùng với quá trình cai trị bóc lột của bọn thực dân Hà Lan đã làm cho tình hình kinh tế - xã hội Inđônêxia bước vào khủng hoảng, tình hình kinh tế - chính trị xã hội đều biến đổi. Giai cấp vô sản ở Inđônêxia ra đời từ rất sớm và nhanh chóng lớn mạnh tham gia trong phong trào đấu tranh của nhân dân Inđônêxia, họ trở thành lực lượng tiến bộ có tinh thần cách mạng cao và nhanh chóng vươn lên nắm vai trò lãnh đạo cuộc kháng chiến chống lại bọn thực dân.
Đầu thế kỉ XX, là thời điểm đánh dấu thời kì chớm nở của phong trào công nhân, họ đã lập ra các tổ chức riêng của mình. Năm 1905, một tổ chức công đoàn của công nhân đường sắt là Liên Hiệp hỏa xã quốc gia (S.S. Bond) ra đời. Đến năm 1908, hiệp hội của công nhân xe lửa (S.S.B) được thành lập có tổ chức chiến đấu là công đoàn đường sắt và tàu điện (VSTP). Cùng với quá trình thức tỉnh dân tộc và phong trào cách mạng vô sản trên thế giới, ý thức giác ngộ của giai cấp vô sản Inđônêxia ngày càng cao và phát triển thành phong trào giải phóng dân tộc. Nhất là khi cách mạng tháng 10 Nga thành công thì chủ nghĩa Mác đã theo những chuyến tàu của tư bản chính quốc vào Inđônêxia, nó đã làm cho phong trào công nhân ngày càng lớn mạnh.
Bên cạnh xu hướng cách mạng bạo động của các tầng lớp nhân dân và giai cấp vô sản của Inđônêxia, đầu thế kỉ XX ở Inđônêxia còn nổi lên một phong trào không vũ trang mà là cải cách của giai cấp tư sản dân tộc. Cùng với công cuộc khai thác của thực dân mà giai cấp này ngày càng lớn mạnh nhanh chóng tiếp thu những tư tưởng tiến bộ.
Đầu thế kỉ XX, thực dân Hà Lan đẩy mạnh chính sách cai trị và bóc lột nhân dân đã đẩy nhân dân Inđônêxia rơi vào tình cảnh khốn khổ. Sự khốn khổ đó không chỉ tác động đến các tầng lớp giai cấp trong nước mà nó đã tác động đến những nhà nhân văn chủ nghĩa của chính quốc. Những người mang tư tưởng nhân văn Hà Lan đồng cảm với người Inđônêxia. Họ thấy rằng nhờ
Inđônêxia mà Hà Lan mới trở nên giàu có, vậy nên người Hà Lan phải trả họ món nợ danh dự. Họ muốn người Inđônêxia được bình đẳng với người HàLan.
Những tư tưởng nhân văn tiến bộ này đã tràn vào tác động vào các tầng lớp nhân dân Inđônêxia mà trước hết là giai cấp tư sản dân tộc. Tầng lớp tri thức Inđônêxia được tắm mình trong văn minh phương Tây và trở thành lực lượng giương cao ngọn cờ dẫn dắt nhân dân Inđônêxia bước vào cuộc đấu tranh giải phóng dân tộc không bằng chiến tranh khởi nghĩa mà bằng cách khơi dậy tinh thần dân tộc, cổ súy văn hóa dân tộc đòi quyền bình đẳng - tự do phát triển giáo dục, kinh tế, mở mang văn minh rồi tiến hành giành độc lập bằng cách riêng của tư tưởng tự do tư sản. Những tư tưởng đó xuất hiện ở Inđônêxia đã dẫn đến một cuộc tranh luận học thuật sôi nổi giữa các phe trí thức về việc hiện đại hóa nền văn hóa truyền thống của Inđônêxia. Những người có tư tưởng truyền thống thấy được sức mạnh vĩ đại bắt nguồn từ quá khứ của nền văn hóa dân tộc, muốn khơi dậy và sử dụng sức mạnh dân tộc để giành độc lập. Nhóm những người theo xu hướng mới lại nhấn mạnh đến việc hiện đại hóa nền văn học theo xu hướng phương Tây. Nhưng chỉ xem việc hiện đại hóa như một công cụ đấu tranh chống Hà Lan để giành độc lập đã mất. Họ cho rằng, để chống lại người phương Tây và giành thắng lợi thì phải giành chính vũ khí của họ. Một nhóm khác lại muốn kết hợp cả văn hóa phương Tây hiện đại với nền văn hóa Indonesia truyền thống để thúc đẩy nền văn hóa mới của Inđônêxia.
Cuộc tranh luận này dù không đưa được ra một chính sách tốt nhất để cứu nước giải phóng dân tộc nhưng nó đã tạo ra một làn gió mới trong phong trào giải phóng dân tộc ở Inđônêxia.
Một điểm đáng lưu ý trong phong trào đấu tranh giải phóng dân tộc ở Inđônêxia vào đầu thế kỉ XX là những hoạt động tích cực của người phụ nữ
tài giỏi Rađen Agieng Cactini (vốn là con gái của quan thống đốc ở Giava). Bà chủ trương đẩy mạnh các hoạt động giáo dục cho phụ nữ, phải truyền bá tư tưởng văn minh phương Tây sâu rộng vào quần chúng nhân dân lao động của Inđônêxia. Các bức thư của bà được xuất bản vào năm 1911 đã khơi dậy tinh thần và nghị lực của người Inđônêxia, những ngôi trường dành cho nữ sinh mang tên Cactini được mở ra. Bà và những người bạn của mình đã tập trung giáo dục nhằm nâng cao ý thức dân tộc của các tâng lớp nhân dân. Họ coi mở mang giáo dục theo văn minh phương Tây là biện pháp thiết thực và là điểm khởi đầu cho quá trình đấu tranh vì độc lập tự do cho đất nước. Những hoạt động của bà và những người bạn đã gây được tiếng vang lớn trong cả nước.
Ngày 20-5-1908, Usađa và một số phần tử tri thức Inđônêxia đã lập ra một tổ chức văn hóa theo chủ nghĩa dân tộc đầu tiên mang tên: “Budi Utomo” (Chí thiện xã hay Lương tri xã) mang nghĩa là sự nghiệp cao quý. Ban đầu hoạt động của tổ chức này thuần túy là mang tính chất phát triển văn hóa và các hoạt động giáo dục nhằm tăng thêm sự hiểu biết cho quần chúng, khơi dậy ở nhân dân tinh thần dân tộc. Nó đã thu hút được rất nhiều người tham gia, năm 1909 có khoảng 10.000 hội viên. Đến những năm 1915 -1917 tính chất văn hóa thuần túy của tổ chức này mất đi, Utomo thực sự đã trở thành một tổ chức chính trị, từ 1915 trở đi họ đã nêu ra những yêu cầu chính trị, lập cơ quan đại diện của nhân dân, đòi quyền bình đẳng giữa người Inđônêxia với người ấn. Tổ chức này còn kêu gọi nhân dân Inđônêxia phải học lấy khoa học kỹ thuật của phương Tây, nắm chắc lịch sử và nghệ thuật của dân tộc để xây dựng ý thức dân tộc. Budi Utomo chưa phải là một tổ chức bao trùm toàn bộ Inđônêxia nhưng nó cũng không phải chỉ là tổ chức của một nhóm người. Tổ chức đã thu hút được những đại biểu từ nhiều nơi khác nhau như đại biểu của
người Giava, người Suduara, người Xunđa và cả những dân tộc khác của Inđônêxia cũng đồng tình tham gia.
Tiếng Malayu được Budi Utomo lấy làm tiếng nói của mình ngay sau khi tổ chức được thành lập. Sang đầu thế kỉ XX, chính sách bóc lột tàn bạo dã man của bọn thực dân Hà Lan đã đẩy những người dân vào tình cảnh khốn cùng, kéo theo đó là phong trào đấu tranh chống thực dân phong kiến diễn ra ngày càng sôi nổi ở Inđônêxia. Các trí thức và các nhà văn hóa đã hòa mình vào không khí đấu tranh sôi động ấy của nhân dân, hàng loạt các tác phẩm phương Tây đã được dịch ra tiếng Inđônêxia và được phổ biến sâu rộng trong xã hội. Những tác phẩm ấy được các nhà văn Indonesia cải biên lại cho phù hợp với hoàn cảnh và thị hiếu lúc bấy giờ của người Inđônêxia.
Sự ra đời và hoạt động của tổ chức Budi Utomo thực sự đã đánh dấu cho phong trào đấu tranh giải phóng dân tộc mạnh mẽ ở Inđônêxia, ngày 20-5 được xem là “ngày thức tỉnh dân tộc” của Inđônêxia. Cũng trong năm này, du học sinh Inđônêxia ở Hà Lan đã thành lập hội “Liên hiệp người Ấn” (Indische Vereniging) về sau đổi tên là “Liên hiệp người Inđônêxia” (Indonesische Vereniging) hội này mang tính chất là một tổ chức chính trị rõ ràng đấu tranh đòi độc lập cho người Inđônêxia, có rất nhiều những thành viên tiêu biểu sau này đã trở thành những hoạt động tích cực cho phong trào dân tộc như Ali Xa-xtơ-rô-ami-giơ-dô.
Sau Budi Utomo, đã có rất nhiều tổ chức, đảng phái của người Inđônêxia yêu nước được thành lập ngày càng mạnh mẽ với những yêu sách đấu tranh ở tầm cao hơn. Đến năm 1912, Đảng Ấn Độ - đảng chính trị được thành lập ở Inđônêxia ( khi thống trị ở Inđônêxia, Hà Lan đặt cho nước này là “ Ấn Độ thuộc Hà Lan “ nên ấn Độ ở đây có nghĩa là Inđônêxia). Đại biểu của Đảng ngoài người Âu – Ấn còn có nhiều đại biểu là trí thức Inđônêxia như Xipto, Mangunxumo, Xuvacdi Xyryaningrat. Đảng này hoạt động đòi quyển
cho người dân Inđônêxia và cao hơn nữa là đưa ra yêu sách giành độc lập cho Inđônêxia, “ chủ nghĩa dân tộc “ là tư tưởng của những người lãnh đạo. Một năm sau, Đảng Ấn Độ bị chính phủ Hà Lan cấm hoạt động. Những năm hoạt động của Đảng đã có tác động lớn cổ vũ cho cuộc đấu tranh của nhân dân Inđônêxia chống lại Hà Lan giành độc lập.
Năm 1911, Hội liên minh thương nhân hồi giáo ( sarerat dagang islam) được thành lập. Ban đầu với tư cách là tổ chức của những nhà buôn bán vải hoa Ban tích và y phục xứ GiaVa để chống lại sự cạnh tranh chèn ép của người Hoa, bảo vệ thương nghiệp GiaVa. Đưa ra mục tiêu của tổ chức là : Thúc đẩy các doanh nghiệp thương mại Inđônêxia hỗ trợ lẫn nhau về kinh tế, sự phồn vinh về vật chất và trí tuệ của người Inđônêxia và đạo Islam chân chính. Nhưng đến năm sau, cương lĩnh mở rộng thành một chính cương đòi bảo vệ quyền lợi dân tộc- nó thực sự trở thành một chính đảng đầu tiên ở Inđônêxia. Đảng đã tập trung vào những vấn đề chính trị, tôn giáo và nhanh chóng trở thành phong trào trong nhân dân. Cơ sở quần chúng của Đảng rất rộng rãi gồm nông dân, thị dân và hàng vạn công nhân. Số đảng viên tham gia ngày càng đông, Năm 1913, Đảng đã kết nạp được 80.000 đảng viên, và chỉ trong vòng hai năm đã có hai triệu người tham gia.
Suốt trong quá trình hoạt động của mình, mục tiêu chính trị của Đảng dần được nâng lên ở mức độ cao. Tháng 1- 1913, tại đại hội Surabaya thủ lĩnh của Đảng là OmarSad Tjokro Aminoto đã bày tỏ rằng : phong trào này không nhằm chống lại sự thống trị của Hà Lan và sẽ theo đuổi cài mục đích của mình một cách hợp hiến. Nhưng đến năm 1916, mục tiêu này không còn dừng lại ở đó, đại hội đã thông qua nghị quyết đòi quyền tự trị trên cơ sở liên hiệp với Hà Lan. Trong bối cảnh lúc đó, cuộc cách mạng tháng 10 vĩ đại đã nổ ra kỉ nguyên mới cho xã hội loài người và là nhân tố thúc đẩy giải phóng dân tộc ở Inđônêxia, nó đã tác động mạnh mẽ đến Đảng này, chịu ảnh hưởng nhiều
nhất của nhóm cộng sản trong đảng dân chủ xã hội do người cộng sản Hà Lan Sneevliet ( nguyên là nhân viên đường sắt Hà Lan, đến Inđônêxia năm 1914, đến tháng 12/1918 thì bị trục xuất) lập ra năm 1914. Đến tháng 10- 1917, Đảng Saraket Islam đã tiến hành đại hội, họ đã tiến lên một bước mạnh dạn đưa ra nhiệm vụ thành lập một nước độc lập không còn sự tham gia của người Hà Lan. Họ nên án chủ nghĩa tư bản thông qua những nghị quyết đòi quyền tự trị cho Inđônêxia, đòi bầu cử cho nhân dân.
Như vậy, giai cấp tư bản Inđônêxia mà trước hết là tầng lớp trí thức Inđônêxia là những người đi đầu trong phong trào cứu nước giải phóng dân tộc đầu thế kỉ XX. Họ đã nhận thấy trong hoàn cảnh đất nước bị phân tán ngìn đảo lại nhiều dân tộc, tộc người, có nhiều tôn giáo lại bị cai trị bởi một tên thực dân tàn bạo thì con đường giải phóng dân tộc không phải là con đường khởi nghĩa nhỏ lẻ, mà phải nâng cao trình độ hiểu biết cho toàn dân tộc, cố sủng cho tinh thần dân tộc, tập hợp dân tộc Inđônêxia thành một khối để hướng tới mục tiêu giải phóng dân tộc từ thấp đến cao. Những cải cách đó đã