Thời kì xâm lược của công ty Đông Ấn Hà V.O.C là thời kì mà tư bản Hà Lan bắt đầu tiến hành công cuộc tích luỹ tư bản đầu tiên của mình. Vậy nên, chúng đã dùng mọi thủ đoạn, biện pháp để tiến hành khai thác bóc lột của nhân dân Inđônêxia nhằm mục đích thu về cho chính quốc những khoản lợi nhuận kếch xù, đẩy nhanh thêm qúa trình tích luỹ tư bản của mình.
Thời gian đầu, mục đích và nguyên tắc hoạt động của công ty là: loại bỏ kẻ cạnh tranh và thực hiện “mua rẻ bán đắt”. Bọn công ty Đông Ấn V.O.C đã không ngừng đấu tranh loại bỏ được các đối thủ trước mình là Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha và đối thủ mạnh, đáng gườm nhất là Anh. Vậy nên, công ty đã tiến hành khống chế việc buôn bán hương liệu và đã chiếm độc quyền buôn bán hương liệu ở Inđônêxia. Nhằm bảo vệ cho sự độc quyền đó, bọn công ty V.O.C đã tiến hành thu mua tất cả sản phẩm hương liệu của nhân dân với giá rất rẻ mạt. Mặt khác, không cho nhân dân bán các sản phẩm, hàng hóa còn thừa cho thương nhân các nước khác với mức giá cao hơn so với giá mà công ty Đông Ấn thu mua. Nếu nhân dân ở đây phản đối chính sách của chúng ngay lập tức chúng sẽ thu đưa quân đội, cảnh sát đến đàn áp phá bỏ nhà cửa của nhân dân ở đây.
Không chỉ tiến hành các biện pháp mua bán mang tính chất ăn cướp mà bọn công ty Đông Ấn V.O.C còn câu kết với các lãnh chúa địa phương, lợi dụng họ làm tay sai tiếp tay cho những thủ đoạn bóc lột của mình. Bọn lãnh chúa địa phương tối mắt trước những lợi nhuận tạm thời trước mắt bởi thu được nhiều thuế, ăn được nhiều hối lộ, đút lót của bọn công ty Đông Ấn nên đã bắt tay với bọn chúng ra sức bóc lột nhân dân trong nước, bắt họ trồng cây hương liệu cung cấp cho bọn công ty V.O.C. Chính vì vậy mà bọn chúng đã thu về khoản lợi nhuận kếch xù. Có khi tiền lời lên đến 2.500% số vốn và chia cho các cổ đông của mình những khoản tiền lời rất lớn (từ 20% đến 40%).
Để thu được lợi nhuận nhiều hơn nữa, bọn công ty Đông Ấn đã câu kết cùng bọn lãnh chúa phong kiến ép buộc nhân dân trên các đảo hạn chế trồng cây lương thực mà phải tập trung và trồng các cây công nghiệp, hương liệu phục vụ nhu cầu của chúng là xuất khẩu sang các nước châu Âu. Bọn công ty Đông Ấn đã qui định cây trồng cho mỗi vùng phải trồng một loại cây theo qui định: Việc sản xuất đinh hương nên được giới hạn ở Ambon và các đảo lân cận, Nhục đậu khấu và nhân giới hạn ở khu vực Banđa, hồ tiêu trồng ở Xumatơra. Mặt khác, phải ngăn chặn việc sản xuất dư thừa và buôn lậu với thuyền buôn các nước bằng cách phá huỷ những loại cây trồng không đúng qui định ở các vùng khác. Chúng thường tổ chức các đoàn thuyền đi kiểm tra việc trồng trọt ở các đảo, ở đâu trồng những loại cây không đúng qui định thì chúng dùng vũ lực trấn áp ép buộc nhân dân phá bỏ. Năm 1650, chúng đã ép nhân dân Môlucơ phải nhổ bỏ những hương liệu thừa chứ không bán cho thuyền buôn nước ngoài vẫn còn lén lút liên lạc với họ. Những biện pháp cưỡng bức vô nhân đạo đó đã làm cho nhân dân Môlucơ phải loại bỏ việc sản xuất đinh hương của mình. Chúng còn bắt tiểu vương Técnat và Tiđơrơ phải kí với chúng hiệp định chính thức cho phép người Hà Lan triệt hạ các cây đinh hương ở bất kì nơi nào chúng muốn trong các lãnh địa của Técnat. Sau khi ép buộc nhân dân Técnat nhổ đinh hương bọn công ty Đông Ấn V.O.C đã buộc họ phải trồng lúa và cọ thay cho đinh hương Chính sách bóc lột tàn ác này của công ty Đông Ấn đã khiến cho nông dân rơi vào cảnh sống khổ cực, họ phải trần lưng lao động để duy trì cuộc sống trong khi đó lại phải nộp nhiều loại thuế vô lí cho bọn lãnh chúa. Những người dân bị ép trồng các loại cây bắt buộc không có lương thực để ăn buộc phải mua gạo do công ty Đông Ấn cung cấp với giá cắt cổ, nhiều nơi người dân không có đủ tiền để đáp ứng nhu cầu của họ, cảnh đói xảy ra triền miên ở nhiều nơi trong khi lợi nhuận của bọn Đông Ấn ngày càng tăng lên.
Đến đầu thế kỉ XVIII, bọn công ty Đông Ấn còn ép buộc nhân dân Inđônêxia trồng trọt một loại cây mới là cà phê. Những đồn điền cà phê đầu tiên được trồng xung quanh Batavia và Cherơbon, chúng lập các hợp đồng giao cà phê với các tiểu vương Giava với giá 5 xu một pao cà phê (1pao = 0,545 kg). Chính sách này đã làm cho người dân Giava mở rộng việc trồng cà phê của họ đến mức sản xuất của họ có nguy cơ vượt nhu cầu.
Những chính sách của bọn công ty V.O.C thường thay đổi một cách độc đoán nhằm luôn giữ được giá cao ở thị trường châu Âu và giá thấp đối với người sản xuất khi nhu cầu cà phê ở thị trường châu Âu tăng thì chúng bắt nhân dân mở rộng sản xuất cà phê nhưng đến khi nhu cầu hạ xuống thì chúng bắt nhân dân chặt phá những sản phẩm thừa, không được phép bán mà phải đem tiêu huỷ, chúng cũng không hề có bất cứ một chính sách trợ giá nào cho người dân. Không những vậy, bọn công ty Đông Ấn còn tuỳ ý định ra giá cả và trọng lượng cho sản phẩm như năm 1768, vùng Batavia và Pơrêangiê cung cấp cho công ty 4.465.500 cân cà phê (mỗi cân 500 gr) giá là 8 đồng Hà Lan trên 1 tạ (1tạ = 125 cân). Nhưng khi đem nộp chúng lại qui định mỗi tạ 160 cân.
Những chính sách bóc lột độc đoán đó của bọn công ty Đông Ấn đã làm cho cuộc sống của nhân dân Inđônêxia bị điêu đứng, không chỉ vậy nó còn làm cho nạn buôn lậu và cướp biển tăng lên làm cho sự thống trị của công ty Đông Ấn V.O.C bị suy yếu. Để cứu vãn tình hình kinh tế đi xuống của công ty tên toàn quyền Van Inphót (Van Imhozz) đã cho những thị dân người bản xứ buôn bán bằng đường bộ và đường biển trong nhữg giới hạn nhất định. Mặt khác, để tăng thêm việc thu lợi nhuận, chúng đã thi hành chính sách bán các vùng đất hoang cho nông dân ở Hà Lan, những người mua đất có quyền lãnh chúa với người định cư bản xứ và có nghĩa vụ phải bán sản phẩm của
mình cho chính phủ theo giá cố định. Nó đã làm tăng số lượng nông dân Hà Lan di cư sang Inđônêxia chiếm đất ở vùng đảo Giava.
Ngoài những thủ đoạn bóc lột trên, bọn công ty Đông Ấn còn đặt ra nhiều loại thuế bắt người nông dân Inđônêxia phải thực hiện, không có tiền để nộp thuế thì sẽ bị qui ra sản phẩm nông nghiệp hoặc phải đi lao động làm không công cho chính phủ ở các đồn điền hay bốc rỡ hàng hoá. Chúng cấp tiền hàng năm cho bọn lãnh chúa phong kiến để họ thực hiện việc này cho chúng.
Những chính sách trên của bọn công ty Đông Ấn đã làm cho nhân dân Inđônêxia rơi vào cảnh sống khốn khó, những cuộc đấu tranh đã liên tiếp nổ ra. Mặt khác, đến đầu thế kỉ XVIII tư bản Anh đã mạnh lên cạnh tranh mạnh mẽ với công ty Đông Ấn V.O.C làm cho công ty ngày càng gặp khó khăn trong việc duy trì việc lũng đoạn buôn bán của mình trong tổ chức có nhiều khe nứt. Do đó, bề ngoài công ty V.O.C có vẻ phồn thịnh vẫn chia cho các cổ đông của mình tiền lời từ 20% đến 40% nhưng thực chất thì ngày càng đi vào khủng hoảng. Lòng tham muốn rộng hơn nữa phạm vi chiếm đóng để có nhiều đất đai nên cần có nhiều quân đội để bảo vệ lãnh thổ đã làm cho những khoản quân phí ngày càng tăng. Thêm vào đó việc buôn bán thua lỗ, nhân viên tham ô, ăn cướp đã làm cho công ty suy sụp nhanh chóng. Công ty cũng không nắm được toàn bộ độc quyền việc mua bán ở Inđônêxia nữa. Năm 178, công ty đã vay nợ 55 triệu gliuđơ, đến 1789 tăng lên 134 triệu gliuđơ. Hà Lan lúc này lại chịu ảnh hưởng của cuộc chiến tranh giành độc lập của Mĩ (1780- 1784) cà cách mạng Pháp năm 1789 vậy nên công ty Đông Ấn V.O.C ở Inđônêxia đã không thể liên lạc với chính quốc Hà Lan.
Sau 200 năm làm mưa làm gió ở Inđônêxia, công ty Đông Ấn Hà V.O.C đã tuyên bố phá sản trước những khó khăn gặp phải . Quyền cai trị và bóc lột chuyển sang tay chính phủ Hà Lan và từ đây chính thực dân ngày càng đẩy mạnh quá trình bóc lột người dân Inđônêxia với những hình thức mới.