Bộ máy tổ chức ngành hải quan nằm trong tổng thể bộ máy hành chính nhà nước, do đó cũng là đối tượng của cải cách hành chính nhà nước. Những năm qua, theo chủ trương của Đảng, cải cách nền hành chính nhà nước đã tiến hành đồng bộ trên cả ba lĩnh vực: thể chế hành chính, bộ máy hành chính và xây dựng đội ngũ công chức hành chính, hiện đại hóa nền công vụ hành chính. Bên cạnh những thành tựu đạt được, công cuộc cải cách hành chính cũng bộc lộ nhiều tồn tại yếu kém. Nghị quyết Hội nghị lần thứ bảy Ban Chấp hành Trung ương Đảng (khóa VIII), và mới đây, nghị quyết đại hội Đảng lần thứ IX đã chỉ rõ những yếu kém đó. Đối với bộ máy hành chính những yếu kém đó thể hiện:
Cải cách hành chính tiến hành chậm, thiếu kiên quyết, hiệu quả thấp.
Thủ tục hành chính phiền hà, còn nhiều bất cập, hiệu lực, hiệu quả quản lý, chỉ đạo điều hành thấp, kiểm tra, đôn đốc chưa có sự phối hợp chặt chẽ, nhiều nhiệm vụ, công tác lớn đề ra được thực hiện không đến nơi, đến chốn, chỉ nói mà không làm, trên và dưới, trung ương và địa phương hành động không thống nhất gây khó khăn cho phát triển kinh tế- xã hội, giảm động lực phát triển.
Bộ máy cồng kềnh, chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền, cơ chế vận hành chồng chéo, trùng lắp có quá nhiều đầu mối bất hợp lý, nhiều tầng nấc trung gian, trách nhiệm tập thể và cá nhân không rõ ràng, lãng phí, quan liêu còn khá phổ biến. Tình trạng tham nhãng, suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, coi thường phép nước, bất chấp pháp luật kỷ cương, nạn buôn lậu hối lộ, buôn lậu diễn ra rất nghiêm trọng cả trong bộ máy và ngoài xã hội.
Quản lý cán bộ, công chức chậm đổi mới, thiếu chặt chẽ, chưa đáp ứng được yêu cầu tăng cường sự lãnh đạo của Đảng, hiệu lực quản lý của nhà nước. Công tác tuyển chọn,
đào tạo, sắp xếp, sử dụng, đánh giá cán bộ công chức còn nhiều thiếu sót, còn dựa vào quan niệm cũ, định kiến và theo cảm tính; thiếu quy hoạch, không sâu sát, không đúng quy trình, chưa dân chủ. Không ít cán bộ công chức vừa kém về đạo đức, phẩm chất, vừa yếu về năng lực, trình độ chuyên môn và kỹ năng nghiệp vụ. Nhiều cán bộ, đảng viên, công chức vi phạm pháp luật và điều lệ Đảng chưa được xử lý thật kiên quyết.
Đối với tổ chức, bộ máy ngành hải quan, những yếu kém đó được biểu hiện: Bộ máy tổ chức còn cồng kềnh, nhiều tầng nấc trung gian; nhiệm vụ thiếu rõ ràng, cụ thể,thậm chí chồng chéo, việc đổi mới tổ chức, bộ máy chưa theo kịp, bám sát đường lối đổi mới, mở cửa, chưa bắt kịp tốc độ phát triển của xuất nhập khẩu, xuất nhập cảnh, đầu tư nước ngoài, du lịch, yêu cầu kinh tế đối ngoại nhất là, chưa bám sát, quán triệt sâu sắc chủ trương cải cách hành chính thu gọn và giảm các đầu mối trung gian, chưa cá thể hóa trách nhiệm người đúng đầu bộ máy, trách nhiệm của cán bộ, công chức đứng đầu các cấp, chức trách ở từng loại hình nghiệp vụ hải quan. Tình trạng chấp hành kỷ luật, kỷ cương hành chính còn bị coi nhẹ, buông lỏng; không làm đúng quy trình nghiệp vụ hoặc còn cố ý làm trái để vụ lợi, tiêu cực, hạn chế đến hiệu quả, chất lượng công việc dẫn đến vi phạm kỷ luật, pháp luật tạo ra ảnh hưởng xấu cho việc thực hiện pháp luật xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
Hoạt động triển khai quy định về tổ chức, bộ máy và quản lý cán bộ công chức còn chậm so với yêu cầu đề ra; một số đơn vị mới được thành lập vẫn chưa ổn định tổ chức để hoạt động; một số đơn vị hải quan cấp cơ sở có lúc, có nơi thực hiện quy trình thủ tục hải quan chưa nghiêm. Triển khai chế độ làm việc theo chuyên viên còn lúng túng, quản lý còn lỏng lẻo, công việc bị chậm trễ, thói quen đùn đẩy, dựa dẫm, trông chờ chỉ đạo từ cấp trên còn tồn tại, biểu hiện khá nặng, chưa đáp ứng yêu cầu cải cách hành chính; vẫn còn biểu hiện tâm tư dao động, chán nản thiếu quyết tâm trước yêu cầu cải cách, chuyển đổi chế độ làm việc có cấp trung gian sang chế độ chuyên viên.
Từ thực trạng trên, ta thấy muốn đảm bảo thực hiện pháp luật xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, bộ máy tổ chức hải quan cần đổi mới theo các định hướng sau:
Một là, đảm bảo một bộ máy gọn nhẹ, nhiệm vụ, quyền hạn được luật định rõ ràng, cá thể hóa vai trò, trách nhiệm cá nhân trong việc thực hiện pháp luật xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
Cấp Tổng cục: Tiếp tục rà soát, tinh giản, thu gọn đầu mối, sáp nhập để thành các đơn vị tham mưu, giúp việc có tính tổng hợp, đa chuyên môn đồng thời, thành lập thêm các đơn vị mới để thực hiện nhiệm vụ chính trị trong tình hình mới như cần phải có bộ phận chuyên sâu, có đủ kinh phí, trang thiết bị hiện đại phục vụ cho việc tuyên truyền pháp luật hải quan nối chung, pháp luật xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan nói riêng, tìm ra các giải pháp để thực hiện pháp luật hải quan tương đối hiệu quả trong đời sống xã hội.
Vụ Pháp chế – Tổng cục Hải quan cần phải đi khảo sát thậm chí trực tiếp tham gia xử lý các vụ vi phạm hành chính để đề xuất xây dựng luật cho phù hợp chặt chẽ, nghiêm minh. Cần nghiên cứu, trả lời, chỉ đạo nhanh các vụ việc xảy ra tại các Cục Hải quan địa phương khi gặp vướng mắc.
Cấp cơ sở: Tiến hành rà soát thu gọn đầu mối trung gian (như phòng, tổ, đội) quản lý đa nghiệp vụ. Thành lập tổ, đội chuyên về công tác xử lý, nghiên cứu đưa ra các giải pháp tuyên truyền pháp luật hải quan cũng như pháp luật xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan phù hợp với từng địa phương. Phòng thanh tra cần phát huy hơn nữa vai trò của mình trong việc giải quyết đơn thư, khiếu nại tố cáo. Đặc biệt, đơn thư khiếu nại, tố cáo về các quyết định xử lý vi phạm hành chính phải giải quyết nhanh, nghiêm minh,đúng quy trình, thủ tục đảm bảo sự công bằng.