Bên cạnh những thành tựu đạt được, xuất khẩu nông sản của CHDCND Lào sang Việt Nam trong những năm qua nhìn chung vẫn còn nhiều hạn chế. Cụ thể như sau:
Thứ nhất: Gặp nhiều hạn chế về chất lượng sản phẩm. Các mặt hàng nông sản xuất khẩu của Lào chủ yếu là xuất thô, hoặc chỉ qua sơ chế, hàm lượng công nghệ thấp.
Thứ hai: Việc chuyển dịch cơ cấu hàng nông sản xuất khẩu chưa bám sát tín hiệu của thị trường thế giới và thị trường Việt Nam, do đó nhiều sản phẩm sản xuất ra không tiêu thụ được. Năng suất, chất lượng, giá thành không đủ sức cạnh tranh; trong đó quy mô đầu tư vào khâu nâng cao khả năng cạnh tranh của các mặt hàng nông sản chưa thoả đáng; việc đầu tư trực tiếp cho các khâu tiêu thụ sản phẩm như hoạt động xúc tiến thương mại, lập các trung tâm thương mại, kho ngoại quan ở nước ngoài chưa có.
Thứ ba: Hoạt động xuất khẩu chưa mang tính tổ chức cao, nguồn hàng dự trữ mỏng, thiếu ổn định, luôn bị động khi giá cả trên thế giới sụt giảm. Quá trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế còn chậm, chưa rõ nét, diện mặt hàng xuất khẩu còn hẹp, chi phí đầu vào cho xuất khẩu còn cao.
Thứ tư: Vấn đề lưu thông hàng hóa, gắn kết giữa sản xuất và xuất khẩu còn hạn chế. Còn xảy ra nhiều bất cập trong các khâu từ sản xuất đến xuất khẩu. Đa phần nông sản được thu mua từ các doanh nghiệp tư nhân trung gian trong và ngoài nước. Các doanh nghiệp lớn của nhà nước chưa làm tốt vai trò hậu cần xuất khẩu. Do vậy khi thị trường biến động, người nông dân bị chịu thua thiệt nhiều nhất. Hiện tại, các doanh nghiệp trung gian và xuất khẩu vẫn còn ép giá người nông dân, chưa có phương án đầu tư để đảm bảo nguồn hàng ổn định.
Thứ năm: Hạn chế về thông tin và dự báo kinh tế. Mặc dù thị trường Việt Nam là thị trường truyền thống và láng giềng với Lào, tuy nhiên, việc nhạy cảm với thông tin từ thị trường này của chính phủ và doanh nghiệp còn yếu kém. Doanh nghiệp phụ thuộc vào các nguồn thông tin, hạn ngạch từ nhà nước thông qua hiệp định của chính phủ, không chủ động tìm kiếm, khai thác thị trường. Tham tán thương mại và các cơ quan hỗ trợ xuất khẩu chưa có công nghệ làm việc, để kết nối thị trường xuất khẩu với các doanh nghiệp CNDCND Lào.
Thứ sáu: Một số chính sách của Nhà nước nhằm khuyến khích các doanh nghiệp tham gia sản xuất, chế biến hàng nông sản xuất khẩu chưa thực sự phù hợp, chưa kích thích được sự quan tâm đâu tư của các doanh nghiệp vào lĩnh vực nông sản. Có một số chính sách Nhà nước triển khai chậm, trong quá trình thực hiện còn nhiều vướng mắc như: Luật thương mại, Luật thuế giá trị gia tăng… và cùng các chính sách hỗ trợ của Nhà nước như: các chính sách tiền tệ tín dụng, các chính sách hỗ trợ xuất khẩu, trợ giá… cũng còn nhiều bất cập các thủ tục xuất khẩu tuy đã được cải cách nhiều nhưng vẫn còn nhiều phiền hà cho các doanh nghiệp xuất khẩu.
Thứ bảy: Bộ máy quản lý về thương mại tuy đã có nhiều cố gắng để theo sát tình hình thực tiễn nhưng nhìn chung vẫn khá thụ động và trì trệ. Sự phối hợp giữa các Bộ các ngành, địa phương, giữa các định chế quản lý đã có những chuyển biến tích cực nhưng vẫn chưa được tốt, có khi còn triệt tiêu lẫn nhau, chưa tạo được sức mạnh tổng hợp, cán bộ quản lý còn thiếu và yếu.