Công tác quản lý Nhà nước đối với hoạt động xuất khẩu ngày càng được cải tiến và hoàn thiện theo hướng khuyến khích xuất khẩu. Bước vào thời kỳ đổi mới, chính sách phát triển nền kinh tế hàng hoá nhiều thành phần đã mở đường cho các thành phần kinh tế tham gia xuất khẩu hàng hoá. Phong trào sản xuất hướng ra thị trường hướng ngoại ngày càng phát triển.
Bước đổi mới đầu tiên về chính sách xuất nhập khẩu là đổi mới quyền kinh doanh xuất nhập khẩu. Nhà nước đã mạnh dạn thay đổi quan niệm về Nhà nước độc quyền ngoại thương. Đến nay, quyền kinh doanh xuất nhập khẩu đã mở rộng cho các doanh nghiệp có đủ điều kiện đã được quy định. Nhà nước chỉ ban hành chính sách, biện pháp và thực hiện quản lý thông qua hành lang pháp lý.
Năm 2001, Quốc hội đã thông qua Luật thương mại, tạo nên khuôn khổ pháp lý ổn định cho hoạt động xuất nhập khẩu Nhà nước tập trung quản lý hoạt động xuất nhập khẩu vào một đầu mối là Bộ Công thương. Bộ Công thương thực hiện chức năng thống nhất quản lý Nhà nước và phối hợp với các Bộ, các cơ quan ngành Bộ và cơ quan thuộc Chính phủ để quản lý hoạt động thương mại nói chung và hoạt động xuất nhập khẩu nói riêng.
Tuy cơ chế quản lý hoạt động xuất nhập khẩu có nhiều bước cải tiến, tạo môi trường thương mại thông thoáng, thúc đẩy hoạt động xuất nhập khẩu song vẫn còn một số hạn chế sau:
• Việc quản lý điều hành xuất nhập khẩu còn hạn chế về hiệu quả, đặc biệt là
việc quản lý hoạt động xuất khẩu qua các cửa khẩu trên bộ ở Trung ương.. Lực lượng làm nhiệm vụ ở khu vực biên giới (công an biên phòng, hải quan, thuế vụ, quản lý thị trường…) đông nhưng thiếu sự chỉ đạo thống nhất, trong khi đó việc chỉ đạo điều hành của các cơ quan quản lý Nhà nước ở Trung ương chưa sát, Uỷ ban nhân dân các tỉnh biên giới chưa
được giao chỉ đạo điều hành chung và phân cấp quản lý thống nhất các lĩnh vực hoạt động này.
• Cơ chế quản lý xuất nhập khẩu chưa tác động tích cực đến việc hình thành
kênh lưu thông xuất khẩu. Nhìn chung, các doanh nghiệp chưa quan tâm tới sự vận động của hàng hoá từ sản xuất đến xuất khẩu, qua đó chủ động tổ chức nguồn hàng, tổ chức bảo quản, chế biến, nâng cao giá trị hàng hoá của sản phẩm. Đồng thời thông qua đó đảm bảo lợi ích cho người sản xuất, người xuất khẩu.
• Còn thiếu những quy định về tổ chức liên kết trong hoạt động xuất khẩu nên
còn tình trạng cạnh tranh không lành mạnh, ép cấp, ép giá, gây thiệt hại lợi ích kinh tế cho người kinh doanh, mất cơ hội xuất khẩu.