4. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
4.6.Kết quả xây dựng cây sinh học phân tử
Qua việc so sánh mức ựộ tương ựồng về nucleotide và axit amin giữa các chủng virus PRRS phân lập và chủng tham chiếu, chúng tôi tiến hành xây dựng cây sinh học phân tử ựể xác ựịnh nguồn gốc phát sinh của các chủng virus PRRS nghiên cứụ Kết quả phân tắch nguồn gốc phát sinh của các chủng PRRS nghiên cứu ựược trình bày ở hình 4.29.
EF488048China 171 Vaccine 20 GU980185 GU980186 HTP1TY 347KTY 352-KTY CL2- 26 86 87 33 52 GU980179China GU980182China AY545985 AF184212Sing FJ349261 DQ489311Eur A26843 Lelystad 100 96 100 AF176463USA AF046869USA NC 001961USA 100 39 AF176461USA AF176348 VR-2332- AF066183 DQ056373Thailand 94 46 73 78 100 50 70 100 27 8 24 TRICHOTOMY
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 71 Từ kết quả so sánh thành phần nucleotide và axit amine giữa các chủng virus PRRS nghiên cứụ Dựa trên chương trình ClustalW chúng tôi tiến hành xác ựịnh nguồn gốc phát sinh của các chủng PRRSV nghiên cứu tại Hà Nội và vùng phụ cận ựể phân tắch nguồn gốc phát sinh của các chủng PRRS nghiên cứụ
Kết quả phân tắch nguồn gốc phát sinh cho thấy:
Các chủng virus PRRS mà chúng tôi nghiên cứu nằm trong 2 nhánh phát sinh khác nhau cụ thể:
+ Chủng virus 171KTY và virus vacxin Trung Quốc nằm trong cùng một nhánh phát sinh. điều này hoàn toàn phù hợp với kết quả giải trình tự gen ORF5 và so sánh sự tương ựồng về nucleotide và axit min của 171KTY và virus vacxin Trung Quốc vì chủng này có mức ựộ tương ựồng cao với virus vacxin Trung Quốc so với 4 chủng còn lạị
+ 4 chủng PRRSV phân lập bao gồm 374KTY, 352KTY, HTP1 và CL2 nằm ở nhánh phát sinh khác với chủng 171KTY nhưng cũng thuộc 1 nhánh của chủng virus PRRS Trung Quốc (GU980186)
+ Các chủng nghiên cứu không nằm trong nhánh phát sinh của các chủng virus Bắc Mỹ VR-2332 và nhánh Châu Âu -Lelystad. điều này phù hợp với các kết quả nghiên cứu trước ựó về sự sai khác nucleotide và axit amin giữa các chủng virus này với nhaụ
+ Các chủng virus PRRS của Singapore, Thái Lan cũng ựược ựưa vào cây phả hệ. Tuy nhiên, chúng không nằm cùng nguồn gốc phát sinh với các chủng PRRS của Việt Nam mà chúng tôi nghiên cứụ
Như vậy, lập sơ ựồ phả hệ và phân tắch nguồn gốc phát sinh của các chủng PRRSV nghiên cứu so sánh với một số chủng trong khu vực và trên thế giới dựa trên trình tự của chuỗi gen ORF5 cho thấỵ Các chủng PRRSV mà chúng tôi nghiên cứu có cùng nguồn gốc phát sinh với các chủng PRRSV của Trung Quốc, không cùng nguồn gốc phát sinh với chủng VR-2332.
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 72