4. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
4.4. Kết quả so sánh trình tự axit amin của ựoạn gen ORF5 của các chủng
chủng PRRS nghiên cứu và một số chủng virus vacxin
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 64 trình tự axit amin của ựoạn gen ORF5 dựa trên bộ mã của vi khuẩn bậc thấp (bacterial code) có trong ngân hàng gen và so sánh trình tự axit amin của các chủng PRRSV nghiên cứu và chủng virus vacxin kết quả so sánh ựược trình bày ở hình 4.28
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 65
Hình 4.28. So sánh trình tự axit amin của ựoạn gen ORF5 của các chủng virus PRRS nghiên cứu
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 66 Những sai khác về trình tự nucleotide của bộ ba mã hóa có thể dẫn ựến những sai khác về thành phần axit amin (cứ 3 nucleotide mã hóa cho một axit amin- 3 nucleotide này ựược gọi là bộ 3 mã hóa) tuy nhiên cũng có những sự thay ựổi về nucleotide mà không dẫn ựến sự thay ựổi về axit amin do một số axit amin có thể do nhiều bộ ba nucleotide cùng mã hóạ Chắnh vì vậy ựôi khi sự sai khác về nucleotide lại không dẫn ựến sự sai khác về axit amin nên không làm thay ựổi cấu trúc của protein ựược mã hóa bởi gen. Tuy nhiên có những sai khác về nucleotide sẽ dẫn ựến những sai khác trong bộ 3 mã hóa và hệ quả là sự sai khác axit amin và có thể thay ựổi cả tắnh chất của protein ựược tạo ra bởi axit amin này và ựây là nguyên nhân phát sinh các biến dị di truyền thay ựổi tắnh gây bệnh của virus. để nghiên cứu toàn diện về ựặc tắnh sinh học phân tử của các chủng virus PRRS nghiên cứu thì sau khi xác ựịnh ựược trình tự nucleotide cần xác ựịnh tiếp thành phần axit amin của ựoạn gen ựó ựể có kết quả chắnh xác về sự biến ựổi ở mức ựộ phân tử của các chủng virus PRRS phân lập.
Qua kết quả so sánh trình tự axit amin của chuỗi gen giải trình tự cho thấy:
Trình tự 603 nucleotide của các chủng virus PRRS nghiên cứu và các chủng so sánh ựều mã hóa cho 201 axit amin của ựoạn gen ORF5 và trình tự axit amin giữa các chủng virus này ựều có sự sai khác tương ựối, trong ựó:
Giữa các chủng PRRS nghiên cứu nếu có 14 vị trắ sai khác về nucleotide thì lại chỉ có 4 vị trắ sai khác về axit amin ựó là các vị trắ: axit amin 4, axit amin 10, axit amin 30 và axit amin 35.
(Giải thắch: axit amin 4 có nghĩa là có sự sai khác về axit amin ở vị trắ axit amin thứ tư trong trình tự 201 axit amin theo thứ tự của trình tự axit amin thu nhận ựược)
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 67 Trong ựó chủng virus 171KTY có 3 vị trắ sai khác về axit amin với chủng virus 374KTY là các vị trắ axit amin 4, axit amin 30, axit amin 35 và 2 vị trắ sai khác về axit amin với các chủng còn lại là vị trắ axit amin 30 và axit amin 35.
So sánh thành phần axit amin của các chủng virus PRRS nghiên cứu với chủng virus vacxin Trung Quốc thấy có 6 vị trắ sai khác là các vị trắ axit amin 4, axit amin 10, axit amin 30, axit amin 35, axit amin 165, axit amin 196.
Riêng với chủng virus 171KTY có 7 vị trắ sai khác nucleotide với vacxin Trung Quốc và có 2 vị trắ sai khác về axit amin (axit amin 165, axit amin 196). Các chủng còn lại sai khác từ 5 ựến 6 axit min với chủng virus vacxin của Trung Quốc.
Chủng virus VR-2332 có sai khác lớn về thành phần nucloetide với các chủng virus PRRS nghiên cứu thì tương ứng cũng có sai khác lớn về thành phần axit amin. Theo bảng so sánh thành phần axit amin cho thấy có tới 20 vị trắ sai khác về axit min giữa các chủng này với nhaụ
Như vậy, kết quả so sánh thành phần axit amin cho thấy các chủng PRRS phân lập Việt Nam có thành phần axit amin trong ựoạn gen ORF5 tương ựối giống nhau chỉ sai khác nhau 2-3 axit amin.
Tuy nhiên tất cả các chủng PRRS nghiên cứu ựều sai khác về thành phần axit amin với chủng PRRS vacxin Trung Quốc ở axit amin 30, axit amin 35, axit amin 165, axit amin 196 ựây là sự khác biệt giữa các chủng virus PRRS của Viêt Nam và PRRS vacxin Trung Quốc.
Bên cạnh ựó các chủng PRRS ở Hà Nội và vùng phụ cận có thành phần axit amin khác xa các chủng VR-2332. (Sai khác 20 axit amin ở các vi trắ: axit amin 5, axit amin 9, axit amin 25, axit amin 30, axit amin 35, axit amin 36, axit amin 40, axit amin 58, axit amin 67, axit amin 93, axit amin 95, axit amin 103, axit amin 122, axit amin 128, axit amin 138, axit amin 162, axit amin 165, axit amin 186, axit amin 189, axit amin 201).
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 68