4. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
4.3. Kết quả so sánh trình tự nucleotide của ựoạn gen ORF5 của các chủng
chủng virus PRRS nghiên cứu và một số chủng virus vacxin
Nghiên cứu các ựặc tắnh sinh học phân tử của các chủng virus PRRS phân lập ở vùng phụ cận Hà Nội chúng tôi ựồng thời tiến hành giải trình tự ựoạn gen ORF5 của 5 chủng virus nghiên cứu và chủng virus PRRS ựược sử dụng làm vacxin của Trung Quốc và chủng virus VR-2332 của Bắc Mỹ ựể xác ựịnh sự tương ựồng về nucleotide giữa các chủng virus PRRS của Việt Nam và các chủng này, qua ựó thấy ựược cụ thể hơn mức ựộ biến ựổi thành phần nucleotide cũng như mối quan hệ giữa các chủng virus gây bệnh tại vùng phụ cận Hà Nội và các chủng virus ựược sử dụng làm vacxin tại Việt Nam.
Chuỗi gen mà chúng tôi tiến hành giải trình tự thành công có kắch thước 603bp ựược dùng làm chuỗi truy cập trong chương trình BLAST của ngân hàng gen quốc tế nhằm tìm kiếm các chuỗi ựắch ựã ựược ựăng ký trong ngân hàng gen dựa vào mức ựộ tương ứng về nucleotidẹ Kết quả so sánh với các trình tự của virus VR-2332 thuộc dòng Bắc Mỹ và chủng virus vacxin
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 59 Trung Quốc ựược thể hiện ở hình 4.27
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 60
Hình 4.27. So sánh trình tự nucleotide của ựoạn gen ORF5 của các chủng virus PRRS nghiên cứu
Ghi chú: Sai khác về nucleotide của các chủng PRRSV ựược biểu thị bằng kắ hiệu dấu (.), biểu thị (*) là giống nhau về nucleotide
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 61 Kết quả bảng so sánh về thành phần nucleotide cho thấy các chủng virus PRRS giải trình tự ựược ựều có sự sai khác tương ựối về thành phần nucleotide với nhau và với các chủng VR-2332, chủng virus vacxin Trung Quốc.
Trong ựó, ựoạn gen ORF5 của 5 chủng virus PRRS nghiên cứu ựều có cùng số lượng nucleotide là 603 bp và cùng số lượng nucleotide với chủng VR-2332 và chủng virus vacxin Trung Quốc.
Các chủng virus PRRS phân lập ở Hà Nội và vùng phụ cận có 14 sai khác về nucleotide với nhau ở các vị trắ nucleotide sau: 29 (A<->G), 86 (T<- >C), 101 (A<->G), 132 (C<->T), 135 (A<->G), 240 (G<->A), 279 (G<->A), 351 (A<->G), 405 (T<->C), 447 (G<->A), 471 (A<->G), 483 (G<->A), 516 (C<->T), 519 (C<->G).
(Giải thắch: 29 (A<->G) có nghĩa là có sự sai khác về nucleotide ở vị trắ nucleotide thứ 29 trong 603 nucleotide theo thứ tự của trình tự thu nhận ựược trong ựó nucleotide A bị thay thế bằng nucleotide G)
So sánh cụ thể từng chủng virus PRRS với nhau chúng tôi thấy rằng:
+ Chủng virus 171KTY có 8 sai khác về nucleotide với chủng 347KTY ở các vị trắ nucleotide sau: 86 (T<->C), 240 (G<->A), 279 (G<->A), 351 (A<->G), 405 (T<->C), 447 (G<->A), 471 (G<->A), 519 (C<->G).
+ Chủng virus 171KTY cũng có 8 sai khác về nucleotide với chủng 352KTY ở các vị trắ nucleotide sau: 86 (T<->C), 240 (G<->A), 279 (G<->A), 351 (A<->G), 405 (T<->C), 447 (G<->A), 471 (G<->A), 519 (C<->G).
+ Chủng virus 171KTY có 10 sai khác về nucleotide với chủng CL2 ở các vị trắ nucleotide sau: 29 (G<->A), 86 (T<->C), 240 (G<->A), 279 (G<- >A), 351 (A<->G), 405 (T<->C), 447 (G<->A), 471 (G<->A), 516 (C<->T), 519 (C<->G).
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 62 các vị trắ nucleotide sau: 86 (T<->C), 132 (C<->T), 135 (A<->G), 240 (G<- >A), 279 (G<->A), 351 (A<->G), 405 (T<->C), 447 (G<->A), 471 (G<->A), 483 (G<->A), 519 (C<->G).
So sánh tương tự với các chủng còn lại với nhau chúng tôi nhận thấy giữa các chủng virus PRRS phân lập còn lại (374KTY, 352KTY, CL2, HTP1) chỉ sai khác nhau ở 5 vị trắ nucleotide sau: 29 (G<->A), 132 (C<->T), 135 (A<->G), 483 (G<->A), 516 (C<->T).
Như vậy giữa các chủng virus PRRS mà chúng tôi nghiên cứu chỉ sai khác về thành phần nucleotide từ 5 nucleotide ựến 11 nucleotidẹ Có thể thấy rằng các chủng này có thành phần nucleotide tương ựối giống nhau (sự sai khác về nucleotide không quá 2% tổng số nucleotide của ựoạn gen).
Tương tự như vậy, chúng tôi tiếp tục tiến hành so sánh trình tự nucleotide của các chủng virus PRRS nghiên cứu với chủng virus vacxin Trung Quốc dựa trên bảng so sánh thành phần nucleotide 4.2. Kết quả thu ựược, 5 chủng virus nghiên cứu có 18 sai khác về nucleotide với chủng virus vacxin Trung Quốc ở các vị trắ nucleotide sau: 29 (A<->G), 86 (C<->T), 97 (A<->G), 101 (G<->A), 132 (C<->T), 135 (A<->G), 177 (A<->T), 240 (G<- >A), 279 (A<->G), 351 (A<->G), 405 (T<->C), 447 (A<->G), 471 (G<->A), 483 (G<->A), 490 (G<->A), 516 (T<->C), 519 (C<->G), 587 (A<->T).
+ Trong ựó chủng virus 171KTY có 603 trình tự nucleotit so sánh với chủng virus vacxin Trung Quốc thì có 7 vị trắ sai khác về nucleotide chỉ chiếm 1,15% sai khác nucleotide ở các vị trắ nucleotide sau: 97 (A<->G) , 177(A<->T), 351(A<->G), 405(T<->C), 519(C<->G), 587 (A<->T), 447(A<- >G).
+ Tương tự như vậy chúng tôi có kết quả so sánh nucleotide của các chủng virus PRRS nghiên cứu với chủng virus vacxin Trung Quốc như sau:
Trường đại học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 63 - 352KTY: có 10 vị trắ sai khác về nucleotide
- CL2: 12 vị trắ sai khác về nucleotide - HTP1: 13 vị trắ sai khác về nucleotide
Như vậy các chủng virus PRRS phân lập tại Hà Nội và vùng phụ cận có mức ựộ sai khác về nucleotide không ựáng kể so với chủng virus vacxin của Trung Quốc, nhưng mức ựộ sai khác này vẫn cao hơn so với các chủng phân lập tại Hà Nội và vùng phụ cận với nhaụ Tuy nhiên chủng virus 171KTY có mức ựộ sai khác với chủng virus vacxin của Trung Quốc ắt nhất (7 nucleotide) ắt hơn cả các chủng virus phân lập nghiên cứụ điều này cho thấy mối liên quan chặt chẽ về nguồn gốc của chủng virus phân lập với chủng virus vacxin Trung Quốc.
Tiếp tục so sánh sự tương ựồng nucleotide của các chủng virus phân lập với chủng VR-2332 chúng tôi nhận thấỵ Trong khi sự sai khác về nucleotide của các chủng PRRS phân lập tại Việt Nam so với chủng virus vacxin Trung Quốc là không ựáng kể thì sai khác về nucleotide với chủng virus VR-2332 là khá lớn từ 64-67 nucleotide sự sai khác gấp 5-6 lần so với chủng virus vacxin của Trung Quốc.
Như vậy qua kết quả phân tắch thành phần nucleotide của các chủng virus PRRS nghiên cứu và các chủng so sánh chúng tôi nhận thấy trình tự nucleotide ựoạn gen ORF5 của các chủng PRRSV phân lập ở Việt Nam sai khác nhau về nucleotide là không ựáng kể (sai khác 1,5 % về nucleotide) và có sai khác ắt với chủng virus vacxin Trung Quốc (sai khác 2 % về nucleotide), sai khác nhiều với chủng virus VR-2332 (sai khác 11 % về nucleotide).