Đối với cấu phần phân tích chi phí điều trị HIV/AIDS: Nghiên cứu có một số
hạn chế nhất định sau: Thứ nhất một số chi phí cho chương trình chưa được ước tính trong nghiên cứu như chi phí cho đào tạo nhân viên y tế, hỗ trợ kỹ thuật và chi quản lý cho mua sắm và cung ứng thuốc. Thứ hai nghiên cứu được thực hiện theo quan điểm của phía cung cấp dịch vụ là hệ thống y tế do đó chưa bao gồm chi phí các dịch vụ dựa vào cộng đồng mặc dù các chi phí cho các dịch vụ chăm sóc, hỗ trợ và dự phòng tại cộng đồng rất quan trọng giúp người bệnh tiếp cận được các dịch vụ phát hiện sớm và điều trị sớm HIV (phát hiện sớm khi tình trạng miễn dịch vẫn còn ổn định, số lượng tế bào CD4/mm3 vẫn còn cao). Thứ ba, nghiên cứu chưa ước tính các chi phí liên quan đến tư vấn và xét nghiệm HIV, PMTCT và điều trị lao mà chỉ tập trung vào các dịch vụ điều trị. Thứ tư, một số các cơ sở điều trị không cung cấp đầy đủ thông tin về tài chính và thông tin về lâm sàng làm khó khăn cho quá trình phân tích tuy nhiên nghiên cứu đã cố gắng liên lạc lại với các cơ sở để số liệu thu thập được sát với thực tế. Thứ năm, mặc dù số lượng cơ sở điều trị không được lựa chọn ngẫu nhiên vì được lựa chọn trong các cơ sở điều trị tham gia nghiên cứu thuần tập về kháng thuốc tuy nhiên nghiên cứu đã cố gắng lựa chọn các cơ sở để đảm bảo tính đại diện trên toàn quốc. Số lượng bệnh nhân trong mẫu nghiên cứu đã đảm bảo đại diện cho 24% tổng số bệnh nhân HIV/AIDS đang được điều trị trên toàn quốc tại thời điểm thực hiện nghiên cứu.
Đối với phân tích chi phí - hiệu quả: Để đảm bảo đủ thông số đưa vào mô
hình, nghiên cứu đã sử dụng một số tham số quốc tế về tỷ lệ duy trì qua các giai đoạn điều trị và số năm sống tăng thêm tương ứng.