+ Thách thức lớn nhất là bài toán chi phí và lợi nhuận. Để được cấp giấy phép thành lập một ngân hàng đối với NHTMCP và ngân hàng 100% vốn nước ngoài ở thời điểm hiện nay là phải có số vốn tối thiểu 1.000 tỷ đồng; riêng đối với chi nhánh ngân hàng nước ngoài là 15 triệu USD (Nghị định 141 của Chính phủ về ban hành mức vốn pháp định của chính phủ). Số tiền đó phải được duy trì số dư tiền gửi tại ngân hàng trong suốt thời gian từ khi chấp thuận về nguyên tắc cho đến khi khai trương hoạt động. Việc sử dụng có hiệu quả số vốn đó là một vấn đề nan giải. Bởi vì phi chi phí cho xây dựng hay thuê trụ sở, trang thiết bị, đầu tư công nghệ, đào tạo, quảng bá hình ảnh và thương hiệu, tiếp thị… là rất lớn, mà nguồn thu thì lại là cả một quá trình.
+ Thách thức thứ hai đó là nguồn nhân lực mà các NHTM hiện tại cũng đang “đau đầu”. Sinh viên tốt nghiệp ra trường thì nhiều. Nhưng để vận hành một ngân hàng thì cần phải có đội ngũ cán bộ am hiểu thực tiễn và thành thạo chuyên môn nghiệp vụ giữ vị trí bộ khung, cán bộ quản lý, cán bộ chủ chốt. Hiện nay, các NHTMCP đang lôi kéo cán bộ của nhau, đặc biệt của các NHTM Nhà nước, dựa vào các chính sách: tiền lương, tiền thưởng, cổ phiếu ưu đãi, điều kiện làm việc, bổ nhiệm… Tuy nhiên, gần đây các NHTM Nhà nước chuẩn bị cổ phần hoá cũng có nhiều cách để giữ chân, với chính sách cổ phần ưu đãi, cải thiện về lương và thưởng, chính sách bồi hoàn chi phí đào tạo nếu ra đi… Bài toán nhân lực với các NHTMCP hiện tại đã khó rồi, với các NHTMCP chuẩn bị thành lập còn khó hơn. Giải pháp phổ biến là lương cao, nhưng lương cao thì ảnh hưởng đến hiệu quả kinh doanh.