Nếu ký sinh trùng trânh được hệ miễn dịch vă có đủ độc lực thì nó có thể giết chết cơ thể chủ mă chúng ký sinh nhưng ngược lại, nếu chúng bị tiíu diệt dễ dăng bởi đâp ứng miễn dịch thì sự tồn tại của chúng coi như bị đe dọa. Như vậy, sự tồn tại của một loại ký sinh trùng năo đó lă thể hiện của sự cđn bằng giữa khả năng lẩn trânh giâm sât của ký sinh trùng vă vai trò phât hiện, ngăn cản của hệ miễn dịch. Ký sinh trùng còn tạo ra đột biến cho cơ thể chủ vă sự đột biến năy nhằm giúp cơ thể chủ đề khâng lại chúng. Plasmodium, một loại động vật nguyín sinh gđy bệnh sốt rĩt, lă một ví dụ. Gen của hemoglobin hồng cầu liềm đê góp phần văo sự đề khâng chống Plasmodium falciparum vă ngăn chặn sự phât triển của ký sinh trùng trong hồng cầu. Trong thực tế, người ta đê ghi nhận rằng những người có kiểu gen (genotype) hemoglobin bình thường (Hb AA) thì dễ mắc sốt rĩt falciparum; những người có kiểu gen hồng cầu liềm đồng hợp tử (Hb SS) thì bị thiếu mâu hồng cầu liềm rất nặng, thường dẫn đến tử vong. Nhưng những người có hồng cầu liềm dị hợp (Hb AS) thì có lợi thế khi sống trong vùng dịch tễ sốt rĩt.
Bệnh nhđn chống chọi với nhiễm ký sinh trùng đơn băo bằng những phản ứng tương tự như trong nhiễm vi khuẩn. Tuy nhiín, có một số đơn băo có cơ chế tồn tại độc đâo trânh được tâc động của miễn dịch đặc hiệu vă không đặc hiệu của cơ thể chủ.
Mặc dù câc khâng thể IgM vă IgG được sản xuất trong mọi cơ thể có nguyín sinh trong động vật xđm nhập nhưng câc khâng thể năy không nhất thiết có khả năng bảo vệ. Vì thế mă chúng ta gặp nhiều khó khăn trong việc tìm kiếm một vacxin bảo vệ chúng lại ký sinh trùng. Hơn nữa, còn có những động vật nguyín sinh có khả năng xđm nhập văo bín trong tế băo vă tồn tại ở đó: ví dụ leishmania có thể xđm nhập văo vă sống trong đại thực băo. Khâng thể không thể tiếp cận vă tâc động lín những động vật nguyín sinh sống nội băo như vậy được trừ phi khâng nguyín ký sinh bị để lại trín bề mặt tế băo.
Vai trò của miễn dịch tế băo rất khó đânh giâ trong bệnh nhiễm ký sinh trùng năy. Tuy nhiín, người ta cũng thấy được tế băo T mẫn cảm có ý nghĩa quan trọng đối với nhiễm leishmania. Sự hình thănh quâ mẫn muộn đặc hiệu có lẽ chịu trâch nhiệm gđy ra bệnh cảnh khu trú đối với nhiễm leishmania ở da nhưng còn trong nhiễm leishmania nội tạng thì không tìm thấy phản ứng miễn dịch tế băo năo quan trọng.