Toàn bộ giấy tờ, biểu mẫu trong Hồ sơ kiểm toỏn sẽ được mó húa thành cỏc tệp lưu trữ trong hệ thống mạng nội bộ của cụng ty. Cỏc dữ liệu đầu vào cựng cỏc kết quả phõn tớch dữ liệu, bỏo cỏo,… sẽ được lưu trữ theo từng dự ỏn ứng với mỗi cuộc kiểm toỏn. Nhờ đặc điểm ưu việt của hệ thống phần mềm, dữ liệu đầu vào sẽ được dựng chung cho tất cả cỏc phần hành kiểm toỏn. Sự liờn kết giữa cỏc giấy làm việc sẽ khụng chỉ theo chiều dọc – chiều từ khoản mục tổng hợp đến khoản mục chi tiết – mà cũn theo chiều ngang – chiều giữa cỏc khoản mục với nhau, đảm bảo tớnh thống nhất và kết nối chặt chẽ giữa cỏc số liệu trong toàn bộ cuộc kiểm toỏn. Từng giấy làm việc cụ thể trong mỗi khoản mục cũng sẽ cú nội dung giống với giấy làm việc theo phương phỏp thủ cụng nhưng việc tổng hợp, so sỏnh, biểu diễn và liờn kết cỏc số liệu đó được thực hiện hoàn toàn tự động. Mỗi một khoản mục trờn bỏo cỏo tài chớnh đều khụng đứng riờng rẽ mà nú đều mang trong mỡnh những mối liờn hệ theo những hướng khỏc nhau: giữa khoản mục này với khoản mục khỏc cú liờn quan, giữa số tiền ghi trờn khoản mục với số dư hoặc số phỏt sinh của cỏc tài khoản tương ứng,… Hồ sơ kiểm toỏn của AASC chưa phản ỏnh được những mối quan hệ này. Đõy là những mối quan hệ ngang thể hiện mối liờn hệ chặt chẽ giữa cỏc thụng tin tài chớnh trờn bỏo cỏo tài chớnh.
Ngoài cỏc quy trỡnh kiểm toỏn được phõn thành cỏc “gúi” cú sẵn, cỏc phần mềm kiểm toỏn cũn cho phộp mở rộng chức năng bằng cỏch hỗ trợ tổ chức cỏc thao tỏc xử lớ dữ liệu quen thuộc thành cỏc nhúm lệnh để sử dụng nhiều lần, hỗ trợ tựy biến phần mềm bao gồm cỏc “gúi” và cỏc chức năng bằng giao diện người dựng hoặc cỏc ngụn ngữ lập trỡnh khỏc nhau.
Hơn thế, mụ hỡnh mỏy chủ – mỏy trạm cựng tớnh năng phõn quyền cho từng khoản mục và chức năng quản lý tổng thể cho phộp cú sự phõn cụng cụng việc và sự tổng hợp kết quả trong nhúm kiểm toỏn trở nờn dễ dàng và thống nhất. Gúp phần rỳt ngắn thời gian và cắt giảm chi phớ, nõng cao hiệu quả kiểm toỏn.
Ngoài dạng lưu trữ được mó húa và sao lưu định kỡ an toàn trờn mỏy chủ, cỏc kiểm toỏn viờn cú thể in giấy làm việc trực tiếp từ phần mềm và lưu vào cỏc cặp hồ sơ cứng, phục vụ cho mục đớch tổng hợp kết quả cũng như kiểm tra soỏt xột nếu cần.