Đối với loài nhai lại, vi khuẩn ở ruột có một vai trò sinh lí rất quan trọng. Chúng tham gia vào quá trình tiêu hoá và chuyển hoá ở giai đoạn hoàn thành tiêu hoá tinh bột và chất xơ, đóng góp vào chuyển hoá n−ớc, dị hoá protein và sản sinh ra các acid amin, làm giảm billirubin ở ruột, thuỷ phân ure. Vi khuẩn đ−ờng ruột tổng hợp các vitamin nhóm B, K ở manh tràng và ruột già (Nguyễn Xuân Tịnh và cs, 1996 [47]). Mặt khác, vi khuẩn ở ruột còn giữ vai trò là một "hàng rào vi khuẩn", ngăn chặn các vi khuẩn gây bệnh đ−ờng ruột xâm nhập và c− trú ở ống tiêu hoá bằng tác dụng đối kháng giữa các vi khuẩn (Vũ Văn Ngũ và cs, 1979 [22], Nguyễn Vĩnh Ph−ớc, 1980 [29]).
Vi khuẩn sống ở ống tiêu hoá cùng với vật chủ hình thành một hệ sinh thái mà sự cân bằng là rất cần thiết cho vật chủ. Cơ chế của sự cân bằng hệ vi khuẩn đ−ờng ruột là một hiện t−ợng hết sức phức tạp. Chẳng hạn nh− một vi khuẩn A sinh ra một tác nhân ức chế (một acid hữu cơ hoặc một chất nào khác, một kháng khuẩn colicine) đối với một vi khuẩn B. Cũng có thể hai loại vi khuẩn khác nhau cùng tranh chấp một chất dinh d−ỡng ở một l−ợng quá ít trong ống tiêu hoá mà vi khuẩn nào đồng hoá chất dinh d−ỡng này có hiệu quả thì sẽ loại trừ vi khuẩn kia. Ngoài ra, một số vi khuẩn còn có thể làm thay đổi các đặc điểm sinh hoá ở một số điểm của ống tiêu hoá làm cho các loại vi khuẩn khác không phát triển đ−ợc (Awad F. I, 1982 [55]).
Nhìn chung, hệ vi khuẩn đ−ờng ruột của gia súc gồm hai loại: loại vi sinh vật tuỳ tiện, thay đổi theo thành phần thức ăn đ−a vào đ−ờng tiêu hoá và loại vi sinh vật bắt buộc thích nghi với môi tr−ờng đ−ờng ruột mà trở thành loại định c− vĩnh viễn. Loại này bao gồm một số trực khuẩn lactic, một số vi khuẩn thuộc họ Enterobacteriaceae (Vũ Văn Ngũ, 1979 [23]; Nguyễn Thị Nội, 1985 [25]; Nguyễn Thị Khanh và cs, 1989 [16]; Embert H Coles,1974 [76]; D. C. Blood và cs, 1989 [63]).
Mặc dù môi tr−ờng đ−ờng ruột có độ ẩm, chất dinh d−ỡng thuận lợi cho vi sinh vật phát triển nh−ng sự sinh sản của chúng vẫn có giới hạn vì trong ruột có những chất đặc biệt nh− dịch mật và dịch của dạ dày kìm hãm sự phát triển của vi khuẩn (Nguyễn Vĩnh Ph−ớc, 1980 [29]; Phạm Thị Kim Thanh, 1996 [41]).
Có rất ít vi khuẩn ở tá tràng, trong một gam chất chứa có khoảng 105- 106 vi khuẩn ở tá tràng và 108- 1010 vi khuẩn ở hồi tràng (Vũ Văn Ngũ, 1979 [22]). Phần tiếp theo của ruột non là nơi c− trú chủ yếu của Enterococcus, trực khuẩn lactic với số l−ợng không nhiều, trung bình vào khoảng 5.000 tế bào/ ml dịch ruột (trích theo Vũ Đạt, Đoàn Thị Băng Tâm, 1995 [12]).
Nhiều loại vi sinh vật ở trong ống tiêu hoá không có ý nghĩa chức năng mà chỉ là những bạn đ−ờng ngẫu nhiên vào ống tiêu hoá theo thức ăn n−ớc uống. Sự xuất hiện của những loại vi khuẩn này với số l−ợng và tính đa dạng của nó phụ thuộc vào mức độ ô nhiễm của môi tr−ờng sống và sự có mặt của chúng trong nguồn thức ăn, n−ớc uống (Bean N.H và P. M. Griffin, 1990 [57])
Sự lây nhiễm vi khuẩn Salmonella ở gia súc nói chung từ phân qua đ−ờng miệng là phổ biến nhất. Quá trình mang trùng với vi khuẩn Salmonella
ở dê là nguyên nhân chính gây nên sự bùng nổ dịch bệnh này. Sự lây truyền ngang giữa các loài cũng có thể xảy ra (O. M. Radostits và cs, 1994 [111]).
Theo King N.B (1980) [95], sự lây truyền ngang với S.dublin ở phân từ trâu bò sang dê theo đ−ờng miệng và sự lan truyền S.typhimurium từ vịt sang
dê qua nguồn n−ớc uống bị nhiễm khuẩn đã đ−ợc báo cáo. Những nguồn lây nhiễm khác cho dê bao gồm thức ăn bị ô nhiễm, rác thải ch−a xử lí, gia cầm, các loài gặm nhấm và những loài động vật khác trong nông trang.
Quá trình loạn khuẩn xảy ra khi có sự biến động hoặc thay đổi tỉ lệ và số l−ợng vi khuẩn ở mỗi nhóm vi khuẩn bắt buộc hay tuỳ tiện. Trong những tr−ờng hợp loạn khuẩn nặng, vi khuẩn th−ờng phát triển nhiều ở phần trên của ống tiêu hoá mà lúc bình th−ờng ở đây có rất ít vi khuẩn. Chúng còn có thể lan tràn và cứ trú ở những khu vực khác trong cơ thể, ngoài ống tiêu hoá. Trong những tr−ờng hợp đó, chúng sẽ gây rối loạn hấp thu chất dinh d−ỡng trong đ−ờng ruột và dẫn tới trạng thái bệnh lý cho cơ thể vật chủ (Nguyễn Tài L−ơng, 1982 [18].
ở ruột già, số l−ợng vi khuẩn tăng lên rất nhiều (15 tỉ trong một gam chất chứa). Chúng có khả năng lên men đ−ờng và có thể có cả khả năng gây thối rữa protein (Lê Khắc Thận và cs,1974 [42]; Nguyễn Tài L−ơng, 1982 [18]).
Khi vi sinh vật dạ cỏ chuyển xuống dạ múi khế và ruột, chúng sẽ bị chết và biến thành các chất dinh d−ỡng. Do đó, ở ruột chỉ có các loại vi sinh vật dạ cỏ nh−
Bacteroides, Butyrivibrio, Fusobacterium, Streptococcus, Peptostreptococcus và
Micrococcus. ở loài nhai lại còn có các vi khuẩn sống hoại sinh th−ờng xuyên trong ống tiêu hoá, bao gồm: Enterobacter, Shigella, Klebsiella, Proteus, Staphylococcus, Bacillus subtilis, Escherichia coli, Salmonella. Chúng có thể gây bệnh hoặc không gây bệnh cho gia súc (Trần Cừ và cs, 1975 [5]).
Bacillus subtilis là trực khuẩn th−ờng sống cộng sinh trong ống tiêu hoá và không gây bệnh. B. subtilis là loại vi khuẩn có một hệ thống men t−ơng đối hoàn chỉnh (Vũ Văn Ngũ và cs, 1979 [22]). Nó có các men Diastase có tác dụng phân huỷ glucid, lipid và protein, có cellulose làm biến đổi chất xơ thành các chất dinh d−ỡng, có men Lipase và Lecithinase thuỷ phân các chất mỡ. Ngoài ra,
protein. Thành nha bào của B. subtilis có một loại men giống nh− lysozym có khả năng dung giải trực tiếp Proteus (Nguyễn Vĩnh Ph−ớc, 1980 [29])
Proteus là những vi khuẩn kí sinh ở ruột. ở điều kiện bình th−ờng, chúng có số l−ợng ít và không gây bệnh, chỉ khi có cơ hội chúng sẽ gây bệnh (tiêu chảy) và gây tổn th−ơng đặc hiệu tại nơi khu trú ở ruột ( Quinn và cs, 1994 [ 110]).
Shigella là vi khuẩn không có khả năng di động, là yếu tố gây bệnh lị trực khuẩn, đặc biệt là đối với ng−ời. Bệnh này có tính chất địa ph−ơng, nhất là ở những nơi có điều kiện vệ sinh và điều kiện sinh hoạt thấp (Nguyễn Phú Quý và cs, 1991 [31]).
Ngoài những vi khuẩn kể trên, ở ống tiêu hoá còn có những vi khuẩn yếm khí khí mà có thể thấy là Propyoni bacterium, Corynebacterium pyogenes. ở lợn còn có Eubacterium suis hay Corynebacterium suis (Lê Thị Thiều Hoa, 1991 [15] ). Nhóm các trực khuẩn gram d−ơng, có nha bào và sinh độc tố có thể gặp là Clostridium perfringens, một loại vi khuẩn th−ờng gây ra viêm nhiễm và xuất huyết ruột, là một trong những nguyên nhân gây nên chứng viêm ruột tiêu chảy (Đào Trọng Đạt và cs, 1996 [11]).