Hiện nay toàn tỉnh có 9 DNTN gồm 1 công ty và 8 xí nghiệp, quản lý các hệ thống công trình độc lập phục vụ tưới tiêu trên địa bàn 18 huyện, thị xã, thành phố. Có 3 doanh nghiệp liên huyện là: Công ty thủy nông sông Chu, Xí nghiệp thủy nông Bắc sông Mã, Xí nghiệp thủy nông Nam sông Mã. Bộ máy tổ chức của 3 doanh nghiệp này có các phòng ban giúp việc cho giám đốc. Sáu xí nghiệp còn lại là xí nghiệp thủy nông huyện. Bộ máy tổ chức chỉ thành lập các tổ giúp việc cho giám đốc xí nghiệp.
Biên chế chất lượng đội ngũ cán bộ công nhân viên: tổng số cán bộ công nhân viên của 9 doanh nghiệp hiện có là 1.396 người, trong đó nữ 461 người, chiếm 31,6%, doanh nghiệp lớn nhất là Công ty thủy nông sông Chu 645 người, nhỏ nhất là Xí nghiệp thủy nông Cẩm thủy 28 người.
Trình độ đại học, cao đẳng 148 người, chiếm 10%, trung học 233 người, chiếm 15%, công nhân viên 1.015 người ,chiếm 75%.Tổng số lao động gián tiếp là 176 người, chiếm 13%. Bình quân 1 lao động tổng hợp phụ trách tưới cho 45,84ha/vụ, bình quân 1 công nhân thủy nông phụ trách tưới 176,2ha/vụ, bình quân 2,5 công nhân phụ trách 1 trạm bơm.
Với mô hình tổ chức như hiện nay có những thuận lợi nhất định trong quản lý nhưng nhìn chung còn manh mún, một số doanh nghiệp không có điều kiện để chuyên môn hoá nên khai thác công trình theo chiều sâu gặp nhiều khó khăn, nhất là công tác khảo sát,
thiết kế và quản lý dự án, không có điều kiện tập trung tích tụ vốn để sửa chữa công trình nên ở các doanh nghiệp nhỏ này công trình ngày càng xuống cấp nghiêm trọng.
Chế độ tiền lương, tiền thưởng và các quyền lợi khác của người lao động giữa các doanh nghiệp chưa được đồng đều và công bằng: nơi có điều kiện sản xuất khó khăn thì nguồn thu nhập lại thấp, ngược lại nơi có điều kiện thuận lợi thì thu nhập lại cao. Do nhiều doanh nghiệp quá nhỏ, phân tán, nhiều đầu mối nên công tác quản lý của các ngành kinh tế tổng hợp không điều hoà được về mặt tài chính nên việc cấp phát ngân sách còn gặp nhiều khó khăn, lúng túng.
Với thực trạng bộ máy tổ chức như trên, để tạo ra sự đồng đều giữa các vùng, giữa các doanh nghiệp trong tỉnh cần phải được tiến hành sắp xếp lại các tổ chức doanh nghiệp theo hướng thành lập các công ty liên huyện để tạo nên sức mạnh tổng hợp, phát huy tối đa năng lực