Một là: Tính bất cập trong quy định của pháp luật
Mặc dù Bộ luật tố tụng hình sự 2003 mới ra đời thay thế Bộ luật tố tụng hình sự cũ, nhưng những quy định về công tác khám nghiệm hiện trường vẫn còn nhiều bất cập.
trường "nơi xảy ra, nơi phát hiện tội phạm" trong khi đó nhiều vụ việc xảy ra muốn khẳng định có dấu hiệu tội phạm hay không phải tiến hành khám nghiệm mới kết luận được, đây là một quy định bất hợp lý cần phải sửa đổi lại cho phù hợp. Thứ hai, tại Điều 150 Bộ luật tố tụng hình sự quy định: chủ trì khám nghiệm hiện trường là Điều tra viên, trong khi đó nhiều vụ việc xảy ra không có Điều tra viên tiến hành mà vẫn đúng theo quy định của pháp luật, như: những vụ việc xảy ra thuộc thẩm quyền của các Cơ quan Hải quan; Kiểm lâm; Bộ đội biên phòng... theo quy định tại khoản 4 Điều 111 Bộ luật tố tụng hình sự thì mọi hoạt động của những cơ quan này tiến hành theo quy định tại Pháp lệnh tổ chức điều tra hình sự, những cơ quan này có quyền khám nghiệm hiện trường theo quy định của pháp luật, như vậy chủ trì khám nghiệm hiện trường không chỉ là Điều tra viên, cần bổ sung điều luật này cho phù hợp với những quy định của pháp luật. Thứ ba, đối với những vụ tai nạn giao thông gây hậu quả nghiêm trọng, theo quy định của Pháp lệnh tổ chức điều tra hình sự, người tiến hành khám nghiệm là Cảnh sát giao thông, hiện nay Quy chế nghiệp vụ Công an nhân dân có quy định trong những trường hợp đó phải phối hợp với Điều tra viên tiến hành khám nghiệm và trong những vụ có Điều tra viên khám nghiệm thì phải thông báo cho Viện kiểm sát cùng tham gia kiểm sát khám nghiệm hiện trường, nhưng trên thực tiễn có nhiều trường hợp hậu quả nghiêm trọng chưa xảy ra ngay mà mãi sau đó mới xảy ra, Cảnh sát giao thông tiến hành khám nghiệm không có cơ quan chuyên môn, cho nên việc khám nghiệm không đầy đủ, thiếu sót nhiều, sau này khắc phục rất khó khăn, thậm chí không thể khắc phục được. Quy chế này chỉ có giá trị trong ngành Công an, chính vì vậy còn nhiều khó khăn khi vận dụng trên thực tiễn công tác, thiết nghĩ điều luật cũng phải có quy định lại cho phù hợp, nếu trước mắt chưa thể khắc phục ngay được, thì cần phải có thông tư liên tịch hướng dẫn thi hành chung, đảm bảo sự phối kết hợp trong công tác giữa Cơ quan điều tra và cơ quan Viện kiểm sát. Thứ tư, việc quy định có sự tham gia của Viện kiểm sát để kiểm sát việc khám nghiệm hiện trường: "Kiểm sát viên phải có mặt để kiểm sát việc khám nghiệm hiện trường", quy định này vẫn còn mang tính chất "mở" mặc dù luật quy định "phải có mặt" nhưng không mang tính bắt buộc "mọi trường hợp" do vậy có nhiều vụ việc tiến hành khám nghiệm mà không có sự giám sát của cơ quan Viện kiểm sát mà vẫn không phải thuộc trường hợp vi phạm
nghiêm trong thủ tục tố tụng, thiết nghĩ điều luật này cũng phải có quy định ràng buộc chặt chẽ hơn để Viện kiểm sát phải tham gia kiểm sát trực tiếp các vụ khám nghiệm 100%.
Hai là: Đội ngũ Kiểm sát viên trên địa bàn toàn tỉnh Hà Tây quá mỏng
Theo số liệu phản ánh về cơ cấu tổ chức bộ máy trên địa bàn toàn tỉnh Hà Tây, số lượng Kiểm sát viên có năng lực làm được việc có thể tiếp cận giải quyết công việc theo quy định của ngành chiếm tỷ lệ không được nhiều, nhiều địa phương chỉ có vài Kiểm sát viên trong một cơ quan, mà khối lượng công việc phải đảm nhiệm, phải tiến hành cũng không giảm, họ phải xé nhỏ ra để làm hàng loạt những phần việc khác nhau vì không có người đảm nhiệm, việc làm này đã ảnh hưởng không nhỏ đến hiệu quả, chất lượng công việc, không tập trung cho chuyên môn, chính vì vậy nhiều khi có thông báo về vụ việc cần tiến hành khám nghiệm mà không cử nổi người đến tham gia vì không có người. Đây cũng là một trong những khó khăn, bất cập trong công tác của Viện kiểm sát tỉnh Hà Tây.
Ba là: Cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ cho công tác còn nhiều khó khăn
Kiểm sát viên Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Hà Tây không được trang bị công cụ, phương tiện kỹ thuật để có thể tiến hành và thông qua đó kiểm sát việc chân thực của các Điều tra viên khi tiến hành công việc.
Về phương tiện đi lại: Ngành chưa trang bị đầy đủ cho các Viện kiểm sát các địa phương các phương tiện để kịp thời đến hiện trường cho kịp thời gian quy định; khi tiến hành kiểm sát khám nghiệm Kiểm sát viên VKS nhân dân tỉnh Hà Tây đến hiện trường không được trang bị những công cụ hỗ trợ như: máy ảnh, máy ghi âm, ghi hình... do đó chỉ kiểm sát đơn điệu, nếu không ghi chép tỷ mỷ khó có cơ sở vững chắc để so sánh và đối chiếu, sau này nếu phát hiện không đúng cũng không có cơ sở, không có căn cứ chứng minh, đối chiếu, việc ghi chép cũng không bao quát toàn diện được. Đây cũng là một trong những vấn đề quan trọng đặt ra đối với ngành trong việc đầu tư trang thiết bị đầy đủ trong công tác cho Kiểm sát viên khi tiến hành kiểm sát điều tra tại hiện trường.