Năm 2003, Tổng công ty là một trong những đơn vị đi đầu trong việc triển khai Quyết định 125 của Thủ tướng Chính phủ và các Quyết định của Bộ trưởng Bộ Công nghiệp về đổi mới, sắp xếp, cổ phần hoá doanh nghiệp. Cụ thể:
- Hoàn thành hồ sơ và được Bộ Công nghiệp ra quyết định chuyển đổi Công ty điện tử Thủ Đức và Công ty điện tử Bình Hoà thành công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên.
- Sáp nhập công ty điện tử công trình vào công ty điện tử Đống Đa.
- Cổ phần hoá các công ty: công ty điện tử Biên Hoà, công ty điện tử Tân Bình, công ty máy tính Việt Nam I, công ty điện tử Hải Phòng và công ty dịch vụ Điện tử 2.
- Bàn giao công ty điện tử công nghiệp thuộc Tổng công ty sang Viện máy và dụng cụ công nghiệp.
Mục tiêu của quá trình chuyển đổi là nhằm phát huy năng lực sản xuất nhưng đồng thời cũng dễ trở thành quá trình chia nhỏ năng lực sản xuất, hạn chế các mối quan hệ và nếu không có một cơ chế quản lý phù hợp sẽ khó đạt được mục tiêu đề ra. Xu hướng chung của nền kinh tế thế giới trong quá trình hội nhập khu vực và toàn cầu là quá trình tự sáp nhập các tập đoàn lớn kể cả của các nước vốn có nền chính trị rất khác nhau như hãng TCL của Trung Quốc sáp nhập với hãng Thompson của Pháp thành lập tập đoàn xuyên quốc gia thì quá trình sắp xếp, chuyển đổi doanh nghiệp thuộc ngành điện tử và công nghệ thông tin nếu không có cơ chế quản lý đúng sẽ làm cho tổ chức vốn đã manh mún sẽ càng manh mún thêm, rất khó tạo năng lực cạnh tranh và phát triển trong bối cảnh hội nhập hiện nay.
Tuy nhiên, hiện nay, tình hình tổ chức quản lý Tổng công ty vẫn chưa phát huy được thế mạnh của một Tổng công ty và làm tròn nhiệm vụ của Nhà nước giao. Các doanh nghiệp thành viên tự giải quyết công việc sản xuất kinh doanh của mình, không có quan hệ ràng buộc với nhau về tài chính, công nghệ, sản phẩm, tiêu thụ, dịch vụ sau khi bán hàng và định hướng phát triển chung của
ngành. Tổng công ty chỉ quản lý chung về hành chính, tổ chức tổng kết báo cáo cấp phép quản lý đoàn ra đoàn vào và quản lý các chi nhánh của Tổng công ty kinh doanh. Tổng công ty chưa hỗ trợ được cho các đơn vị thành viên trong hoạt động của mình.
Việc tổ chức lại Tổng công ty là một nhiệm vụ cấp bách đặt ra trong thời gian tới để Tổng công ty thực hiện được nhiệm vụ đầu tàu mà Đảng và Nhà nước giao phó tạo cho ngành điện tử sức bật để hội nhập và phát triển.