Do quy định ở các quốc gia là khác nhau, nên quy trình xếp dỡ container lên phương tiện vận tải Feeder là khác nhau. Có quốc gia cho phép hoạt động dỡ Container và xếp Container lên phương tiện Feeder có thể tiến hành đồng thời, nhưng một số cảng khu vực khác lại yêu cầu dỡ hết Container xong mới tiến hành xếp container hàng xuất lên tàu Feeder.
- Giai đoạn 1: Trên cơ sở kế hoạch xếp hàng, thuyền trưởng và bộ phận khai thác Container trên bờ xây dựng kế hoạch làm hàng (Cargo plan). Bộ phận khai thác Container trên bờ sẽ tiến hành thu thập thông tin về các Container hàng dự kiến xếp
lên phương tiện Feeder (từ xác nhận của Chủ hàng): Số lượng dự kiến sẽ xếp lên Feeder? Loại hàng hoá đóng container? Khối lượng ước tính từng Container? Mục đích của nguồn thông tin này là để tính toán mức độ ổn định tàu khi chuyên chở (yêu cầu kỹ thuật) và lập kế hoạch sơ đồ xếp hàng (yêu cầu kinh tế).
- Giai đoạn 2: Xếp container hàng xuất lên phương tiện Feeder: Container sau khi làm xong thủ tục Hải quan sẽ được giám xát, theo dõi cho tới khi container đó được xếp lên phương tiện Feeder. Khi bộ phận khai thác dưới bờ vận chuyển Container cập mạn tàu, cảng vụ, hải quan giám xát và cơ quan kiểm kiện sẽ tiến hành kiểm tra các số liệu thực tế và đối chiếu chứng từ và cho phép xuất hàng. Các Container đủ điều kiện và hoàn thành thủ tục hành chính sẽ được xếp lên phương tiện Feeder. - Giai đoạn 3: Làm thủ tục xuất cảnh phương tiện Feeder. Tuỳ thuộc vào khối lượng công việc (sản lượng Container xếp - dỡ), bộ phận khai thác trên bờ sẽ thu xếp kế hoạch dời cảng theo lịch trình.Các yếu tố về thuỷ triều, thông báo thời tiết… sẽ được cung cấp cho thuyền trưởng.Các yêu cầu về lương thực, thực phẩm, nhiên liệu được tiếp tế theo yêu cầu thuyền trưởng. Sau khi hoàn tất việc xếp hàng, thuyền trưởng sẽ được cung cấp một bản lược khai hàng hoá xếp lên tàu (Manifest). Cơ quan Hải quan, biên phòng, Cảng vụ làm thủ tục cho phép tàu rời cảng.
- Giai đoạn 4: Kết thúc thủ tục xuất cảnh, tàu rời cảng. Tàu hướng dẫn và hoa tiêu sẽ lai dắt tàu Feeder ra khỏi cầu cảng và bến neo đậu. Sau khi ra tới luồng chính, phương tiện Feeder lại bắt đầu hành trình theo kế hoạch.
Hoạt động vận hành - Thủ tục hành chính tàu Feeder tuy đơn giản, nhưng khối lượng công việc rất lớn. Do đó, nó đòi hỏi người kinh doanh vận tải Feeder phải có kinh nghiệm khai thác và xử lý tình huống nhanh nhậy. Bởi nếu trong kinh doanh “Thời gian là tiền bạc”, thì rút gọn thời gian thủ tục neo đậu cũng làm giảm đáng kể chi phí phát sinh. Ngoài những chủ tàu Feeder trực tiếp làm thủ tục Hoạt động vận hành, các chủ tàu Feeder nước ngoài thường thuê các Đại lý tại các các Cảng khu vực để làm thủ tục. Chính vì vậy, hình thành nên công việc Đại lý tàu biển.
Về nguyên tắc chung thì quy trình làm thủ tục vận hành, thủ tục hành chính liên quan tới khai thác kinh doanh Feeder trong khu vực là giống nhau, chỉ có sự
khác biệt nhỏ là chủ thể nào đứng ra đảm nhận việc làm thủ tục vận hành và thủ tục hành chính đó. Ở một số quốc gia, đại lý tàu biển được lựa chọn để thay mặt chủ tàu Feeder trong các giao dịch với các quan chức sở tại. Đại lý tàu biển sẽ ký kết Hợp đồng với chủ tàu Feeder trong việc hỗ trợ thủ tục xuất nhập cảnh của phương tiện tàu biển Feeder và một phần nghiệp vụ kinh doanh vận tải. Trên cơ sở Hợp đồng ủy quyền đó, Đại lý sẽ tiến hành làm thủ tục trong phạm vi quy định.