Hệ thống thu gom nước thải trong CCN 1 tương đối hoàn thiện theo cơ sở hạ tầng trong quá trình quy hoạch CCN, còn lại nước thải sản xuất tại thôn Dương Ổ, Đào Xá chủ yếu là đổ chung vào kênh mương thủy lợi, cống dẫn nước thải sinh hoạt rồi đổ vào hầu hết những thửa ruộng biến các thửa ruộng thành các ao tù chứa nước
thải với nồng độ đậm đặc, các hộ sản xuất ven sông Ngũ Huyện Khê thì chứa lại trong các bể lắng rồi bơm ra sông Ngũ Huyện Khê.
Hiện nay trên địa bàn xã đang đầu tư xây dựng trạm xử lý nước thải 5.000 m3/ngày do UBND tỉnh Bắc Ninh làm chủ đầu tư, dự kiến năm 2014 đi vào hoạt động, xong hiện nay mới chỉ thi công xong một số hạng mục hồ điều hoà, hồ xử lý sinh học, hồ lắng.
Bên cạnh đó trong xã cũng có một số công trình xử lý nước thải đơn lẻ, công suất nhỏ như:
- Công trình xử lý nước thải làng nghề sản xuất giấy Phong Khê
Năm 2000, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã thực hiện Dự án đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung làng nghề sản xuất giấy Phong Khê bằng công nghệ hồ sinh học, với tổng vốn đầu tư 1.400.000 đồng. Trong đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hỗ trợ 770.000 đồng đầu tư xây dựng hệ thống cống thoát nước và hồ sinh học. Nhưng đến nay, công trình không hoạt động được do thiếu kinh phí, do bồi lắng hồ mà không được nạo vét định kỳ.
- Mô hình xử lý nước thải tại Xí nghiệp giấy Hiền Hòa, xã Phong Khê
Từ năm 1999 đến 2001, Viện Cơ học đã đầu tư mô hình xử lý nước thải tại Xí nghiệp giấy Hiền Hòa bằng công nghệ hóa lý kết hợp lọc sinh học, công suất 150 m3/ngày đêm. Mô hình xử lý đã được đầu tư đúng yêu cầu kỹ thuật, nước thải sau khi xử lý đạt Quy chuẩn môi trường Việt Nam đối với nước thải công nghiệp. Tuy nhiên đến nay công trình đã hư hỏng không vận hành được.
- Mô hình xử lý nước thải sản xuất giấy tái chế thôn Đào Xá, xã Phong Khê
Dự án đầu tư cải thiện môi trường làng nghề do tổ chức Quỹ hỗ trợ phát triển Cộng hoà Czech và CIDA-Canada phối hợp với Viện Khoa học Thuỷ lợi - Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trong chương trình hợp tác ba bên giữa Việt Nam, Czech và Canada từ năm 2005 nhằm mục tiêu cải thiện chất lượng môi trường tiến tới phát triển bền vững, với công suất 120 m3/ngày đêm bằng công nghệ tuyển nổi.
Tuy nhiên, hiện nay hệ thống xử lý đã không hoạt động do không có kinh phí vận hành.
- Xí nghiệp giấy Minh Quân có công suất 2.000 tấn/năm, hệ thống xử lý nước thải dùng công nghệ ly tâm để xử lý nước thải sản xuất. Hệ thống được xây dựng với sự tài trợ của Viện Khoa học Công nghệ các chất thiên nhiên. Tổng kinh phí gần 300 triệu đồng – cơ sở bỏ kinh phí 10%. Hiệu quả xử lý chưa cao do công suất xử lý thấp.
- Xí nghiệp giấy Hợp Tiến sản xuất giấy trắng, giấy in, giấy Kraft với tổng công suất 25 tấn sản phẩm/ ngày. Công nghệ sử dụng để xử lý nước thải là công nghệ lắng và lọc qua hệ thống xử lý yếm khí, lọc sinh học với công suất xử lý 150 m3/ngày với tổng kinh phí đầu tư 300-500 triệu đồng, hiệu quả xử lý khá tốt.
- Tại cơ sở sản xuất giấy của ông Nguyễn Văn Toàn (thôn Ngô Khê) đã sử dụng một phần diện tích đất để xử lý nước thải sản xuất bằng hệ thống thực vật, cỏ theo mô hình bãi lọc trồng cây. Tuy nhiên trong bãi lọc còn một lượng lớn bột giấy chưa được thu hồi nên hiệu quả xử lý không hiệu quả.