Hiện nay xã Phong Khê chưa có hệ thống quản lý môi trường toàn diện mà chỉ đang có tổ vệ sinh môi trường mang tính chất đơn giản. Tổ vệ sinh môi trường bao gồm các cựu chiến binh trong xã đứng ra tổ chức thu gom rác thải, nạo vét kênh mương theo định kỳ 3 tháng/lần, tổ bầu cử ra một người làm tổ trưởng có trách nhiệm tính toán chi phí duy trì tổ, từ đó tính ra mức thu đối với các hộ sản xuất
trong làng (400-500 nghìn/ tháng /hộ sản xuất, tuỳ vào công suất và sản lượng sản phẩm của các hộ gia đình), khi có sự cố về môi trường, quá tải về lượng rác mà tổ không thể hoàn thành thu gom được thì UBND xã Phong Khê sẽ tăng cường thêm người của UBND ra để can thiệp và trợ giúp tổ vệ sinh môi trường.
Tuy nhiên hiệu quả của tổ vệ sinh môi trường này còn chưa cao, hoạt động của tổ còn nhiều khó khăn như:
- Mang tính chất tự phát, tính pháp lý với các cơ sở không cao từ đó dẫn đến việc thu gom phí bảo vệ môi trường hàng tháng gặp nhiều khó khăn.
- Nhân công của tổ thu gom không được đào tạo về vấn đề vệ sinh môi trường, quản lý môi trường, hệ thống thu gom, bảo hộ lao động, độc hại sản xuất…Dẫn đến hệ thống thu gom hoạt động không chuyên nghiệp, hiệu quả không cao. Số lượng nhân lực quá ít so với thải lượng chất thải rắn hàng ngày.
- Tổ vệ sinh môi trường chỉ giải quyết được một phần ô nhiễm từ chất thải rắn, bên cạnh đó ô nhiễm bởi nước thải, khí thải gần như không có hướng giải quyết. - Lưu lượng thải của nước thải, chất thải rắn quá lớn vượt quá khả năng kiểm soát
của tổ vệ sinh môi trường.
Việc quan trắc chất lượng môi trường không khí, nước hàng năm trên sông Ngũ Huyện Khê, tại làng nghề Phong Khê vẫn được sở Tài nguyên Môi trường Bắc Ninh thực hiện theo định kỳ hàng năm để lập báo cáo hiện trạng môi trường tỉnh Bắc Ninh. Song các con số thống kê này chưa đủ để thể hiện mức độ ô nhiễm của làng nghề ô nhiễm trầm trọng như Phong Khê. Vì thể cần có hệ thống quan trắc dầy số liệu hơn để giúp cho chính quyền địa phương có kế hoạch bảo vệ môi trường xã Phong Khê cụ thể và hiệu quả hơn.