Như chúng ta điều biết, tài nguyên biển là dạng tài nguyên chia sẻ và thường bị “khai thác tự do”. Do vậy, mâu thuẫn lợi ích giữa phát triển du lịch biển và các
ngành khác ở vùng ven bờ và các đảo có chiều hướng gia tăng. Thiếu sự phối hợp liên ngành trong sử dụng và quản lý tài nguyên ven biển, biển và đảo nên không ít nơi có tiềm năng du lịch biển lại nằm cạnh các cảng biển, khu nuôi trồng và khai thác thủy sản... gây tác động tiêu cực lẫn nhau.
Sự tham gia của cộng đồng địa phương vào phát triển và quản lý du lịch biển còn rất hạn chế và thụ động. Đặc biệt, trong tình hình thực thì pháp luật trên biển và ở vùng ven bờ nước ta còn yếu, chính sách quản lý môi trường biển còn chưa đồng bộ, vẫn còn nhiều người dân ven biển nghèo đói trong khi sinh kế của họ gắn chặt với nguồn tài nguyên biển; dân trí của người dân ven biển và hải đảo thấp và nhận thức của du khách còn yếu thì việc phát triển du lịch biển bền vững theo hướng công nghiệp hóa và hội nhập sẽ còn gặp không ít khó khăn.
Các giá trị văn hóa biển truyền thống như lễ hội nghề cá, các di tích văn hóa, lịch sử nổi tiếng ven biển như đền thờ, miếu mạo mang sắc thái biển (đền thờ Ông Cá Voi, ...), các kiểu văn hóa làng chài, các thành tựu kinh tế qua các hội chợ triển lãm ở các thành phố ven biển... là những điều kiện hấp dẫn khách du lịch ra biển với nhiều mục tiêu trong một kỳ nghỉ, nhưng đến nay chưa được phát huy và lồng ghép vào kế hoạch phát triển du lịch biển bền vững.
Ô nhiễm dẫn đến sự cạn kiệt các tài nguyên cá, nhất là các loài cá ven bờ; tính đa dạng sinh học ngày càng bị đe doạ do phá huỷ môi trường sống như rừng ngập mặn, rạn san hô; axit hoá đất do phát quang rừng ven biển trên các vùng đất phèn để làm nông nghiệp và nuôi trồng thuỷ sản; ô nhiễm biển do dầu bởi vận tải biển, các hoạt động khai thác dầu ngoài khơi và các sự cố tràn dầu; ô nhiễm do nước cống đô thị không được xử lý; sử dụng hoá chất trong nông nghiệp và công nghiệp không quản lý chặt chẽ.
Thêm vào đó, các loại thiên tai như bão, lũ và xâm nhập mặn tác động lớn tới môi trường biển và có xu hướng trầm trọng thêm bởi các hoạt động của con người. Dưới sức ép của các hoạt động phát trển kinh tế, ô nhiễm môi trường và thiên tai, các hệ sinh thái, nơi cư trú của các loài sinh vật biển bị phá hủy, đặc biệt là đối các hệ sinh thái nhạy cảm như rừng ngập mặn, thảm cỏ biển và san hô....
Đa dạng sinh học và nguồn lợi thủy hải sản giảm rõ rệt do đánh bắt tận diệt và suy giảm môi trường sống. Theo đánh giá của Viện Hải dương học Bộ Thủy sản, khoảng 85 loài hải sản đã được xếp vào các mức độ nguy cấp khác nhau. Trong đó, 70 loài có tên trong sách đỏ Việt Nam nhưng vẫn là đối tượng bị khai thác.