Các Bộ ngành, địa phương chưa nâng cao trách nhiệm trong việc phê duyệt các dự án đầu tư với việc đảm bảo vốn cho dự án được phê duyệt. Bên cạnh đó là tình trạng mất cân đối ngay từ khi xây dựng kế hoạch về nguồn vốn đầu tư và phát triển, buông lỏng công tác quản lý đầu tư và xây dựng, tạm ứng vốn tràn lan trong khi các tỉnh thành phố còn buông lỏng công tác quản lý đầu tư và xây dựng, công tác thanh tra về đầu tư của các địa phương cũng chưa được chú ý đúng mức dẫn đến nhiều công trình thi công vượt dự toán, công trình hoàn thành nhưng không có vốn thanh toán cho nhà thầu, dẫn đến rủi ro cho ngân hàng.
Chiếm dụng vốn, nợ quá hạn ngân hàng ngày càng gay gắt ảnh hưởng nghiêm trọng tới đầu tư phát triển cũng như khả năng cân đối ngân sách. Tính đến năm 2004 có gần 11.000 tỷ đồng nợ đọng trong xây dựng cơ bản khoảng 66% tiền nợ nằm ngoài kế hoạch hoặc vượt dự toán, còn 34% số nợ đọng còn lại khoảng 3.744 tỷ đồng trong đó do các Tỉnh thành nợ 2.844 tỷ đồngï, các Bộ ngành trung ương khoảng 790 tỷ đồng (Bộ Giao thông vận tải nợ 604 tỷ đồng, Bộ Nông Nghiệp và Phát triển nông thôn 170 tỷ đồng). Các địa phương có số nợ nhiều nhất là Hà Giang, Lạng Sơn, Thái nguyên, Lào Cai, Yên Bái, Bình Thuận, Tiền Giang, Bến Tre… Vì vậy xảy ra tình trạng các Chủ đầu tư nợ nhà thầu khối lượng xây lắp công trình hoàn thành, nhà thầu nợ vốn vay Ngân hàng, nợ thuế, nợ tiền vật liệu XD, nợ lương công nhân, nhà thầu chính nợ nhà thầu phụ, các doanh nghiệp chiếm dụng vốn lẫn nhau. Nguyên nhân tình trạng này do mất cân đối giữa mục tiêu đầu tư và khả năng nguồn vốn hoàn trả. Cụ thể nhu cầu đầu tư của các địa phương rất lớn, nhất là các công trình kết cấu hạ tầng trong khi khả năng cân đối nguồn vốn từ ngân sách rất hạn hẹp. Thực tế nợ tập trung nhiều nhất là các công trình dự án giao thông, thủy lợi. Một mặt, do sự cấp bách phải
thực hiện ngay trước mùa mưa lũ nên chủ đầu tư thúc các nhà thầu khởi công hoặc đẩy nhanh tiến độ thi công khi chưa bố trí được vốn, nguyên nhân khác do việc chấp hành kỹ cương trong đầu tư xây dựng cơ bản chưa nghiêm, không ít cán bộ quản lý điều hành thiếu trách nhiệm, phẩm chất đạo đức yếu kém, bớt xén tham nhũng, trách nhiệm của từng Bộ ngành, cá nhân chưa rõ ràng do đó khi bị phát hiện xử lý chưa nghiêm. Điều này ảnh hưởng đến hoạt động tín dụng của các Chi nhánh trên địa bàn này, theo báo cáo tổng kết 6 tháng đầu năm 2005 của BIDV tỷ lệ nợ quá hạn so với tổng dư nợ tại các Chi nhánh là : Hà Giang 80.5%, Lạng Sơn 33,9%... (1) (Nguồn Vietnamnet04/12/2004) (Theo kết quả điều tra mức độ ảnh hưởng của nguyên nhân này là : nhiều : 44%, trung bình : 47%, ít : 9%).