b) Về công tác xây dựng kế hoạch thanh tra hàng năm
3.2.4.2. Tồn tại trong công tác xác định doanh số tính thuế
Theo quy trình quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn của Tổng cục thuế, Cục thuế Thừa Thiên Huế đã có nhiều biện pháp tích cực như điều tra, khảo sát doanh số theo ngành nghề, quy mô kinh doanh; Tổ chức mời các chủ kinh doanh theo từng ngành nghề và theo quy mô kinh doanh, địa bàn kinh doanh về cơ quan thuế hợp để công khai thuế... Đây là sự cố gắng rất lớn của ngành thuế. Tuy nhiên trong điều kiện kinh doanh như hiện nay, việc xác định doanh số tính thuế thật khó xác đúng được bởi các lý do sau:
Một là, về quản lý các cơ sở nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ: phổ biến vẫn là thu dựa vào kê khai của doanh nghiệp, cơ quan thuế chưa đi sâu nắm chắc được kết quả kinh doanh, nắm chắc hàng hoá mua vào, bán ra thực tế. Việc thực hiện chế độ sổ sách kế toán, mua bán hàng hoá có hoá đơn chứng từ hiện nay chưa đi vào nề nếp. Hiện tượng mua bán hàng hoá, dịch vụ không có hoá đơn hoặc ghi hoá đơn thấp hơn giá thanh toán, ghi hoá đơn liên 1 khác liên 2 vẫn còn khá phổ biến. Người kinh doanh bán hàng không cung cấp đầy đủ hoá đơn, người tiêu dùng cũng không cần đến. Đây là thực tế khách quan hiện nay và trở thành nguyên nhân chính làm sai lệch doanh số kinh doanh và doanh số tính thuế.
Hai là, bản chất của người kinh doanh là tư lợi, còn xem thuế như là một khoản chi phí, nếu giảm thuế, trốn được thuế đồng nghĩa tăng thu nhập doanh nghiệp, do đó tìm mọi biện pháp để trốn thuế. Ngành thuế chưa có biện pháp hữu hiệu để hạn chế tiêu cực này.
Ba là, về phương pháp thu thuế hiện nay được áp dụng chủ yếu là thu thuế theo kê khai và thu thuế khoán doanh số cũng chưa tạo cơ chế khắc phục tồn tại này. Vì không thực hiện tốt chế độ sổ sách kế toán, mua bán các hoá đơn chứng từ và kiểm tra chặt chẽ các hoá đơn chứng từ ... nên các đối tượng nộp thuế theo phương pháp kê khai đã sử dụng hoá đơn không trung thực để kê khai giảm doanh số và tăng chi phí kinh doanh, đội giá thành. Khi kiểm tra phát hiện bất hợp lý, cơ quan chức năng muốn đối chiếu chứng từ hoá đơn chứng minh nguồn gốc hàng hoá nơi mua, nơi bán cũng rất khó trong thực tế. Đối với các hộ kinh doanh cá thể áp dụng phương pháp thu thuế khoán thì doanh số xác định tính thuế càng sai lệch nhiều hơn vì không thể kiểm tra được chứng từ mua bán của người kinh doanh. Cách tính thuế khoán làm cho người kinh doanh ngày càng xa rời sổ sách, hoá đơn chứng từ và việc khoán doanh số tính thuế càng mang tính chủ quan đã làm thất thu thuế và không bảo đảm sự công bằng về thuế trong kinh doanh
Bốn là, việc xem xét miễn giảm, hoàn thuế cho các đối tượng nộp thuế cũng là vấn đề rất phức tạp, vì hiện nay trên thị trường còn nhiều loại hoá đơn bất hợp pháp, vì lẽ đó khi tiến hành xét hồ sơ miễn giảm, hoàn thuế phải mất nhiều thời gian để xác minh tính trung thực. Một mặt do bản thân các doanh nghiệp chưa hiểu rõ chính sách thuế nên kê khai khấu trừ sai lệch. Cũng không loại trừ do trình độ một số cán bộ thuế còn hạn chế nên hướng dẫn các đơn vị chưa đầy đủ.