- Một số chế độ định mức chi tiêu quá lạc hậu, không phù hợp với thực tế, chậm được sửa đổi, do đó nó chỉ có dùng để thanh quyết toán mà thôi và thực tế các cơ quan đơn vị không dùng định mức này để chi tiêu. Điều đó tạo ra một thông lệ xấu là cơ quan đơn vị và cá nhân sử dụng kinh phí không trung thực trong báo cáo thanh toán, đồng thời tạo ra cơ hội cho những động cơ không tốt vì lợi ích cá nhân.
- Hệ thống định mức tiêu chuẩn chế độ chi tiêu thiếu và chưa đồng bộ. Đặc biệt là khoán chi tiếp khách hiện nay các địa phương thường xuyên phát sinh nhưng rất khó quyết toán và không có chế độ chi cụ thể. Do đó mỗi địa phương, mỗi ngành chi mỗi khác. Ngoài ra còn có một số chếđộ chi tiêu do Trung ương ban hành không còn phù hợp với địa phương.
- Các chếđộđịnh mức chi tiêu do tỉnh ban hành còn ít và chỉ là khoản chi nhỏ. Giữa chế độ chi tiêu và định mức phân bổ ngân sách chưa có mối quan hệ chặc chẽ; chếđộ chi tiêu chưa trở thành một căn cứđể phân bổ ngân sách. Trong một số trường hợp, việc chấp hành các định mức, chế độ chi tiêu có thể không phù hợp với nguồn lực.
- Có sự chồng chéo, bất hợp lý và mâu thuẫn trong quá trình áp dụng chếđộ chi tiêu. Ví dụ, theo Thông tư 79/2005/TT-BTC hướng dẫn quản lý và sử dụng kinh phí đào tạo, bồi dưỡng cán bộ công chức nhà nước, định mức chi cho một học viên là 450.000 đồng/tháng. Nếu học viên là đối tượng phải chi tiền ăn 15.000 đồng/ngày cho một học viên, thì không còn tiền chi cho các khoản khác như là tiền chi cho giảng viên,… chi phí phục vụ cho việc giảng dạy và học tập.