Theo quy trình ngân sách mới, vị trí vai trò của Hội đồng Nhân dân các cấp được nâng lên đáng kể. Quy định thời kỳ ổn định ngân sách từ 3 đến 5 năm đã khuyến khích các địa phương quan tâm khai thác nguồn thu, do đó từ năm 1997 đến nay số thu ngân sách địa phương tăng lên rõ rệt.
Quy trình ngân sách mới đã tạo cho chính quyền địa phương chủđộng lớn hơn trong xây dựng và phân bổ ngân sách cấp mình, khai thác tiềm năng trên địa bàn, góp phần vào sự phát triển kinh tế của địa phương.
Tuy nhiên trong phân cấp quy trình ngân sách mới có những hạn chế sau: - Cơ cấu tổ chức mang tính thứ bậc cao và tuân theo mô hình lồng ghép. Ngân sách mỗi cấp ngoài Hội đồng Nhân dân cấp đó thông qua còn phải được chính quyền cấp trên phê chuẩn. Ngân sách của các cấp chính quyền địa phương và ngân sách Trung ương được hợp thành ngân sách nhà nước và được Quốc hội thông qua.
- Cấp trên vẫn còn can thiệp vào các khâu phân bổ ngân sách. Điều đó đã hạn chế tính chủđộng và sáng tạo của cấp dưới (chẳng hạn thông báo phân bổ hướng dẫn tình hình việc chi ngân sách), làm cho quyết định dự toán ngân sách nhà nước ở địa phương còn mang tính hình thức, Hội đồng Nhân dân địa phương vẫn chưa thực sự toàn quyền trong quyết định ngân sách.
- Việc xây dựng dự toán được tổng hợp qua nhiều cấp, cấp dưới lồng ghép vào cấp trên, đơn vị sử dụng ngân sách đến đơn vị dự toán cấp I, từ xã lên huyện, huyện lên tỉnh, tỉnh lên Trung ương. Như vậy phải trải qua nhiều tầng nấc sẽ kéo dài thới gian dẫn đến chậm trễ.
- Dự kiến số thu thiếu cơ sở khoa học; định mức, tiêu chuẩn chi tiêu còn thiếu chưa đồng bộ. Việc lập kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội chưa gắn kết với dự toán ngân sách, do đó trong quá trình cân đối thiếu nguồn để bố trí các mục tiêu đã định.
Tình trạng thương lượng trong quá trình thảo luận ngân sách vẫn còn, đặc biệt là số thu và thường xảy ra ở năm đầu của thời kỳổn định.
- Lập dự toán ngân sách ở địa phương, đặc biệt cấp xã và huyện thường mang tính hình thức. Việc phân bổ ngân sách cho các cấp này thường không dựa vào dự toán của đơn vị mà chủ yếu dựa vào sự tính toán cân đối của ngân sách cấp tỉnh.
- Quy định về xét duyệt quyết toán ngân sách của cơ quan tài chính và đơn vị dự toán cấp I là chưa rõ về trách nhiệm, đồng thời cũng không đủ thời gian để kiểm tra tính hợp pháp, hợp lý của từng chứng từ. Do đó việc quy định phê duyệt quyết toán cũng mang tính hình thức.