Đây là một khâu quan trong trong quá trình sản xuất nước mắm. Đem cá đã rửa sạch không bỏ ruột cho vào chum ướp với muối, để cho cá ngấu, protein sẽ bị thuỷ phân thành axit amin. Đến đây người ta phải cho đủ lượng muối (20-30%) để ức chế các vi sinh vật gây thối và để các axit amin không bị thuỷ phân.
Thành phần chính của nước mắm là axit amin, ngoài ra còn có muối khoáng, vitamin…
Biến đổi hoá sinh trong khi chượp cá là do hệ ezyme protease của thịt cá và vi sinh vật. Cá bắt đầu mềm và chuyển sang rữa nát, protein bị thuỷ phân thành các peptit, peptone rồi axit amin. Hoạt tính protease ở đây chủ yếu có trong ruột cá và từ các vi sinh vật ưa mặn có sẵn trong cá, trong nước, trong muối… Có nhiều vi sinh vật ưa mặn hay quen dần với môi trường sẽ phát triển mạnh trong môi trường muối thấp. Trong số đó có những vi khuẩn có hoạt lực protease cao như vi khuẩn gây thối. Vì vậy khi ướp chượp cá nên cho muối dần dần và kết hợp với đánh khuấy để rút ngắn thời gian.
Trong ướp chượp cá thường thấy một lượng lớn vi sinh vật, các vi khuẩn thường gặp ở đây là Micrococcus, các trực khuẩn gram âm, nhóm sinh axit lactic…
Sự tạo hương nước mắm đến nay vẫn chưa được giải thích rỏ ràng. Nhiều người cho rằng các sản phẩm trong quá trình thuỷ phân protein kết hợp với nhau tao thành chất sinh hương. Có người laị cho rằng do hoạt động của vi khuẩn lactis hoặc
Clostridium.
Các vi sinh vật trong chượp cá chủ yếu là các vi khuẩn gây thối có hoạt lực protease cao là những vi khuẩn ưa nóng, vì vậy cần giữ nhiệt độ từ 36-44oC trong quá trình chượp cá. Vi sinh vật phát triển làm nước chượp ban đầu đục và sủi bọt, cá thay đổi màu sắc dần.
Để đánh giá chất lượng nước mắm người ta dựa vào độ đạm. Nước mắm là nước chượp có nồng độ muối cao được rút ra đem lọc, nấu rồi pha chế. Vì vậy số lượng vi sinh vật trong nước mắm ít hơn nhiều so với nước chượp.
IV.3.HỆ VI SINH VẬT CỦA TÔM, MỰC, ĐỘNG VẬT THÂN MỀMIV.3. 1. Hệ vi sinh vật của tôm IV.3. 1. Hệ vi sinh vật của tôm