Hệ vi sinh vật nông sản gồm các loai ký sinh như Fusarium hay hoại sinh. Vi sinh vật hoại sinh trên bề mặt hạt thường bao gồm các loài thuộc họ
Pseudomonadaceae, các đơn cầu khuẩn, vi khuẩn sinh bào tử, bào tử một số nấm
men, nấm mốc.
Các vi sinh vật bệnh cây có thể ảnh hưởng đến chất lượng nông sản như bệnh than làm hạt đen, ảnh hưởng gián tiếp như bệnh gỉ sắt, mốc sương…
Nông sản không phải là cơ chất thích hợp cho vi sinh vật phát triển, tuy nhiên khi ẩm độ và nhiệt độ cao sẽ tạo điều kiện cho nhiều vi sinh vật phát triển gây hư hỏng các loại nông sản.
Các loại nông sản thường nhiễm các loại nấm sợi trong điều kiện hiếu khí hoặc nhiễm các loại nấm men trong điều kiện yếm khí như vi khuẩn lên men rượu, vi khuẩn lên men axit lactic.
Sự phát triển các loại nấm có chứa độc tố bao gồm các giống Aspergillus,
Penicilium, Fugarium có thể gây nên nhiều vấn đề quan trọng về sức khoẻ con
người như các bệnh ung thư. Các loại nấm có chứa độc tố thường phát triển nhiều trên lạc và một số loại nông sản khác. Nấm Penicilium islandicum tạo ra độc tố luteoskyrin gây nên bệnh ung thư gan. Một số độc tố khác nguy hiểm cho con người như: aflatoxin được tạo ra bởi Aspergillus flavus, OTA được tạo ra bởi Aspergillus ochraceus, Aspergillus niger, Aspergillus carbonarius, Penicilium verrucosum
IV.7. 3. các phương pháp bảo quản nông sản a. Phơi khô
Để hạn chế tối đa sự phát triển của các loài vi sinh vật gây hại nông sản, phương pháp tối ưu nhất hiện nay là làm giảm ẩm độ bằng cách phơi, sấy.
Trước khi được đưa vào bảo quản người ta thường làm khô hạt đến một ẩm độ nhất định mà ở đó hạt ở trạng thái nghỉ, tức là hạt ngưng các quá trình trao đổi chất. Sau đó người đưa vào kho để bảo quản.