Đẩy mạnh triển khai chế độ kế toán đối với các doanh nghiệp NQD đặc biệt là đối với các doanh nghiệp mới thành lập, đảm bảo 100% doanh nghiệp đều thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn chứng từ và kê khai nộp thuế theo quy định.
Kết hợp kiểm tra kê khai nộp thuế, kiểm tra quyết toán thuế với kiểm tra việc thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn chứng từ phát hiện và xử lý các doanh nghiệp vi phạm chế độ kế toán, hoá đơn chứng từ, những doanh nghiệp khai khống giá mua hàng, bán hàng không lập hoá đơn hoặc lập hoá đơn nhưng ghi giá thấp hơn giá thực tế thanh toán nhằm mục đích trốn lậu thuế. Nếu kiểm tra phát hiện được các vi phạm phải kiên quyết áp dụng các biện pháp ấn định giá để tính thuế. Tất nhiên biện pháp này không thể thực hiện tuỳ tiện, không được sử dụng như một mục đích để tăng thu.
Qua kiểm tra quyết toán thuế và kiểm tra kê khai nộp thuế, nếu thấy doanh nghiệp có dấu hiệu kê khai không thực hoặc có nghi vấn trốn lậu thuế thì báo cáo lãnh đạo Cục thuế tiến hành kiểm tra thực tế hoặc xác minh hoá đơn, nếu phát hiện phạm vi thì thuỳ theo mức độ vi phạm mà xử phạt vi phạm hành chính, truy thu thuế hoặc ấn định mức thuế phải nộp cao hơn mức kê khai sát đúng với thực tế kinh doanh của cơ sở.
Đối với những doanh nghiệp Cục thuế đã phân cấp cho Chi cục thuế quản lý, các chi cục thuế phải hướng dẫn và kiểm tra doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn chứng từ và kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Không được áp dụng hình thức thu thuế khoán. Trường hợp doanh nghiệp vi phạm chế độ kế toán, hoá đơn chứng từ, vi phạm chế độ kê khai phải phạt vi phạm hành chính và ấn định mức thuế phải nộp. Đối với các doanh nghiệp NQD do chi cục thuế quản lý thu, để tiện việc theo dõi và quản lý các chi cục nên bố trí bộ phận cán bộ quản lý thu phù hợp, không nên để doanh nghiệp ở địa bàn phường, xã nào đội thuế phường, xã đó quản lý sẽ dẫn đến khó khăn cho quá trình tổ chức quản lý thu cũng như việc đánh giá kết quả 3 tháng, 6 tháng, 1 năm.
Để đổi mới phương thức quản lý thu-nộp thuế, cần thực hiện tốt quy trình quản lý thuế hiện đại mà các nước đang thực hiện, là xoá bỏ
quy trình quản lý theo chế độ “chuyên quản”, không phù hợp với tình hình nhiệm vụ mới, áp dụng rộng rãi chế độ tự tính, tự khai, tự nộp thuế.
Theo chế độ này, đối tượng nộp thuế phải đề cao tinh thần tự giác thực hiện nghĩa vụ theo luật pháp quy định, thực hiện tự tính thuế, tự kê khai thuế dược vào kết quả hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ của mình và nộp thuế và Kho bạc Nhà nước. Cơ quan thuế thực hiện hành thu theo đúng chức năng Nhà nước quy định, hạn chế việc cán bộ thuế tiếp xúc riêng với hạn chế nộp thuế, áp dụng hình thức phạt nặng đối với các trường hợp khai man, trốn thuế, bảo đảm thu đúng, thu đủ, thu kịp thời cho NSNN, giảm hiện tượng tiêu cực cả đối với người nộp thuế và cán bộ thu thuế.
Các doanh nghiệp phải thực hiện nghiêm chỉnh chế độ hoá đơn, kế toán, đặc biệt theo chế độ mã số thuế, cả đối với người bán và người mua hàng. Qua đó, có căn cứ chính xác để thực hiện đúng đắn việc tự tính thuế, kê khai thuế đối với doanh nghiệp, có cơ sở việc khaúa trừ tiền thuế GTGT đầu vào và có tài liệu để cán bộ thuế kiểm tra xác định tính thuế đúng hay sai.
Thông qua chế độ tự tính thuế, tự kê khai, tự nộp thuế vào kho bạc Nhà nước, doanh nghiệp nâng cao được ý thức trách nhiệm về thực hiện nghĩa vụ nộp thuế, kết hợp với việc xử lý nghiêm minh các trường hợp trốn lậu thuế [28].
Liên quan đến vấn đề này, ngành thuế và các cơ quan lãnh đạo tỉnh Hà Tây cần sớm rà soát lại việc thực hiện thí điểm các Đề án quản lý thuế đối với các doanh nghiệp chuyên ngành (các ngành kinh doanh xăng dầu, sản xuất bia, kinh doanh vận tải). Từ những mô hình này, ngành thuế cần rút ra những bài học kinh nghiệm để hoàn thiện cơ chế quản lý đối tượng và công tác thu – nộp thuế KTNQD trên địa bàn.
3.2.2. Kiện toàn bộ máy quản lý thuế, nâng cao chất lượng công tác tuyển dụng, đào tạo bồi dưỡng cán bộ. tác tuyển dụng, đào tạo bồi dưỡng cán bộ.
Theo phương hướng, nhiệm vụ kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội 5 năm 2001 - 2005 ở Đại hội Đảng lần thứ IX, cải cách hành chính là
một công việc quan trọng quyết định hành công của công cuộc đổi mới. Tổ chức bộ máy Nhà nước theo hướng tinh gọn, trong sạch, có đủ phẩm chất ngày càng cao của bộ quản lý thu thuế nhằm tăng cường năng lực cho đội ngũ cán bộ thuế cũng như nâng cao tinh thần trách nhiệm của công chức thuế trong quá trình thi hành công vụ ngành thuế cần thiết cũng phải có những cải cách phù hợp về công tác đào tạo, bồi dưỡng nhằm nâng cao trình độ cho cán bộ, công chức ngành thuế.