Trọng tâm của vấn đề này là rà soát lại đội ngũ cán bộ làm công tác quản lý thuế, loại bỏ những cán bộ năng lực kém, phẩm chất yếu nhằm tinh lọc và nâng cao chất lượng đội ngũ. Bên cạnh đó, tiếp tục sắp xếp, bố trí đội ngũ cán bộ chuyên trách theo mô hình tách ba bộ phận nhằm phát huy tác dụng của mô hình này trong quản lý thuế đối với KTNQD.
Việc thực hiện quy trình quản lý, thu thuế theo ba bộ phận phải đi vào thực chất nhằm tăng cường công tác quản lý thu nộp thuế hiệu quả cao, bảo đảm tính công khai, dân chủ, công bằng xã hội trong quá trình thực hiện các luật thuế. Phát huy tính độc lập trong chuyên môn để nâng cao vai trò, trách nhiệm của cá nhân và tập thể trong quản lý thu, nộp thuế, có sự hỗ trợ tích cực giữa các bộ phận, khắc phục những nhược điểm, những sơ hở trong từng bộ phận công tác, từng bước cải tiến các nghiệp vụ hành thu theo hướng ngày càng văn minh, tiến bộ, tạo tiền đề cho việc vi tính hoá công tác quản lý thu thuế.
Ba bộ phận quản lý thu thuế gồm:
+ Bộ phận quản lý đối tượng nộp thuế, đôn đốc thu nộp thuế và các khoản thu nộp khác do cơ quan thuế phụ trách (bộ phận quản lý).
+ Bộ phận tính thuế, lập sổ thuế, trình lãnh đạo cơ quan thuế duyệt các mức doanh thu, mức thuế, lập sổ thuế, phát hành thông báo thuế, theo dõi thu nộp thuế (bộ phận kế toán).
+ Bộ phận kiểm tra, thanh tra theo dõi, xem xét việc thực hiện các quy trình công tác của các bộ phận quản lý, bộ phận kế toán có gì đúng, sai cần được uốn nắm, xử lý theo đúng luật gồm cả đối với cán bộ nhân viên ngành thuế cũng như các cơ sở sản xuất kinh doanh (bộ phận thanh tra).
Ba bộ phận trên vừa có tính độc lập, đồng thời có mối quan hệ mật thiết với nhau, hỗ trợ nhau để đảm bảo chất lượng quản lý, thu thuế với hiệu quả cao nhất.
Bộ phận quản lý có vị trí hết sức quan trọng tạo căn cứ ban đầu cho bộ phận kế toán, bộ phận kiểm tra thực hiện chức năng của mình được đầy đủ.
Bộ phận kế toán thực hiện việc tính thuế, lập sổ thuế, trình lãnh đạo cơ quan thuế duyệt và ra thông báo để đảm bảo cho bộ phận quản lý và bộ phận kiểm tra có cơ sở thực hiện việc thu thuế, xử lý nộp chậm…
Bộ phận kiểm tra giúp bộ phận quản lý và bộ phận kế toán phát hiện các sai sót trong việc thực hiện các quy trình nghiệp vụ. Trên cơ sở đó hoàn chỉnh và uốn nắm kịp thời sai lệch, bảo đmr việc chấp hành các luật thuế được đúng đắn.
Ba bộ phận thường xuyên cung cấp thông tin cho nhau, cùng trao đổi, bàn bạc những vướng mắc phát sinh trong quá trình tổ chức quản lý thu thuế hàng ngày hoặc đề xuất lên lãnh đạo xử lý những vấn đề quan trọng theo đúng thẩm quyền. Kết quả công việc cùng bộ phận này là căn cứ, tài liệu để thực hiện nhiệm vụ của bộ phận khác, cùng hỗ trợ nhau đảm bảo các quy trình quản lý được thực hiện đầy đủ, nghiêm chỉnh, khép kín và khắc phục hiện tượng tuỳ tiện có thể phát sinh tiêu cực trong từng bộ phận.