- Việc xem xét đánh giá các nội dung trong quy trình thẩm định còn mang tính sơ sài, đôi lúc còn mang nặng tính hình thức và cón nhiều điểm chưa hợp lý. Nhiều khi công tác thẩm định còn chịu ảnh hưởng bởi mối quan hệ chủ quan giữa chi nhánh và khách hàng. Do đó đến nay vẫn còn nhiều dự án ở tình trạng khó thu nợ hay nợ quá hạn không có khả năng thanh toán, buộc chi nhánh phải có các biện pháp tháo gỡ như gia hạn nợ, giảm lãi suất cho vay, thu nợ gốc trước thu lãi sau,… điều này trở thành gánh nặng đối với chi nhánh.
- Việc sử dụng các chỉ tiêu tài chính còn chưa thực sự có hiệu quả. Trong thẩm định tổng vốn đầu tư, cũng như cơ cấu tốc độ bỏ vốn đầu tư chi nhánh thường chỉ dựa vào dự toán của chủ đầu tư đưa ra trong dự án, mà chưa cân nhắc đánh giá lại một cách kỹ lưỡng, cẩn thận. Điều này gây ảnh hưởng đến kết quả hoạt động của chi nhánh trong tương lai.
- Việc thẩm định doanh thu của dự án, cán bộ thẩm định thường chỉ phân tích sản phẩm có được chấp nhận trên thị trường hay không, và cho công suất tăng dần theo cảm tính hoặc thụ động theo kế hoạch sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Cán bộ thẩm định chỉ đặt giả thiết về giá bán sản phẩm chủ yếu dựa vào phương pháp đơn đặt hàng, chưa thực sự tiến hành phân tích các yếu tố cung cầu trên thị trường. Việc xác định chi phí và một số các khoản mục chi phí đôi khi còn bị chi nhánh bỏ
qua hoặc chấp nhận định mức của chi phí do doanh nghiệp đưa ra. Điều này gây ảnh hưởng tới độ chuẩn mực của dự án, đồng thời sẽ tạo thêm nhiều khó khăn cho cả khách hàng và chi nhánh trong những trường hợp bất lợi của thị trường. Chi nhánh cần tránh rơi vào tình trạng này vì lợi ích của cả hai bên.
- Trong thẩm định tài chính dự án, một số chỉ tiêu như NPV, IRR, DSCR,… được dùng để đánh giá, xếp hạng dự án. Tuy đã được đề cập đến nhưng không được chi nhánh sử dụng một cách thường xuyên, thường chỉ dừng lại ở giai đoạn tính toán mà chưa đi sâu vào phân tích mối quan hệ giữa chúng, chưa so sánh với các chỉ tiêu khác tài chính khác. Giá trị thời gian của tiền không được đề cập đến trong nhiều dự án, chi nhánh thương chỉ chú trọng nhiều đến việc tính toán thời gian thu hồi vốn và xác định nguồn trả nợ của dự án mà chưa quan tâm đến vòng đời dự án. Chính vì vậy, chi nhánh sẽ gặp nhiều khó khăn khi thị trường có biến động về tài chính như lạm phát, biến động của nền kinh tế… Điều này sẽ tác động không nhỏ đến khả năng hoạt động tốt, có hiệu quả của chi nhánh