Trên cơ sở mục tiêu, chiến lược và kế hoạch phát triển, ứng dụng về công nghệ thông tin trong giáo dục hiện nay, nhà quản lý trong đó có quản trị trường THPT cần phải xây dựng một cấu trúc tổ chức hiệu quả nhằm hỗ trợ cho việc đạt được mục tiêuđặt ra.
Tổ chức là một trong những hoạt động quan trọng nhất của quản trị nhằm thiết kế một cấu trúc hiệu quả đảm bảo cho các hoạt động ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động quản trị trường trung học phổ thông đạt được mục tiêu.
- Xác định công việc: Ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động quản trị trường THPT theo yêu cầu đổi mới giáo dục.
- Phân chia và hình thành các bộ phận thực hiện nhiệm vụ tổ chức ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động quản trị trường THPT.
- Sắp xếp cơ cấu tổ chức nhằm xác lập các mối quan hệ về nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm giữa các bộ phận, những ai phải chịu trách nhiệm về những kết quả thực hiện trong quá trình tổ chức ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động quản trị trường THPT theo yêu cầu đổi mới giáo dục.
- Trong quá trình thực hiện công việc các bộ phận phải có sự phố hợp chặt chẽ và hỗ trợ với nhau để thực hiện có hiệu quả các nhiệm vụ được phân công.
- Người đứng đầu các bộ phân trong cơ cấu tổ chức ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động quản trị nhà trường có trách báo cáo với người đứng đầu đơn vị về kết quả của bộ phận mình phụ trách.