Một số CBQL, GV, NV có tư tưởng ngại đổi mới phương thức dạy học và hoạt động quản tri nhà trường, thiếu kỹ năng cơ bản về công nghệ thông tin. Một số cá nhân CBQL chưa mạnh dan trong việc đổi mới phương pháp quản lý nhà trường và một bộ phận giáo viên chưa cố gắng học tập, tự nâng cao khả năng, trình độ ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động quản trị trường THPT.
Một số lãnh đạo của các trường chưa thực sự quan tâm đúng mức đến việc tổ chức ứng dụng công nghệ thông tin trong các hoạt động quản trị trường THPT, chưa xây dựng được đội ngũ cán bộ chuyên môn, cốt cán. Trình độ tin học của CBQL, giáo viên qua số liệu thống kê văn bằng khá cao, tuy nhiên khi áp dụng thực tế thì kỹ năng và mức độ sử dụng thì chưa được tốt, vẫn còn một số ít giáo viên chưa đạt chuẩn về trình độ tin học, cần phải được đào tạo bổ sung.
Các trường chưa xây dựng được kế hoạch, chiến lược tổ chứcứng dụng CNTT đảm bảo tính khoa học, chi tiết, phù hợp, khả thi cho đơn vị mình. Chưa khảo sát hiện trạng thực tế, đánh giá chưa đúng, khai thác chưa hợp lý các nguồn lực công nghệ thông tin trong các nhà trường. Chưa chủ đông hoặc chưa chú trọng đến việcđào tạo bồi dưỡng nhân lực tại chỗ, kỹ năng sử dụng, khai thác các phần mềm của đội ngũ, giáo viên còn yếu, dẫn đến chưa phát huy hết các tiện ích của phần mềm. Việc cập nhật, nâng cấp các tính năng, thông tin trong các phần mềm còn nhiều hạn chế do nguồn kinh phí hạn hẹp hoặc do khai thác phần mềm miễn phí nên không được nâng cấp.
Công tác kiểm tra, đánh giá việc tổ chức ứng dụng công nghệ thông tin trong các nhà trường THPT chưa được thực hiện thường xuyên, liên tục. Chưa có tiêu chí đánh giá, biện pháp động viên, khuyến khích, khen thưởng cá nhân, tập thể tích cực ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động quản trịtrường THPT.
Công tác xã hội hóa về ứng dụng công nghệ thông tin chưa huy động được các nguồn lực của xã hội tham gia, hỗ trợ công tác tổ chức ứng dụng CNTT trong hoạt động quản trị trường THPT theo yêu cầu đổi mới giáo dục. Cơ sở vật chất, hạ tầng về CNTT chưa đáp ứng yêu cầu hoặc đã bị xuống cấp, thiết bị cũ lạc hậu, hết hạn sử dụng chưa đầu tư bổ sung nâng cấp. Đa số các trường đã xây dựng được trang Website, nhưng chưa có bộ phận chuyên trách, chi phí phục vụ cho việc cập nhập thông tin trên Web, dẫn đến việc các thông tin không được cập nhập thường xuyên, chưa phục vụ tốt được người dân và phụ huynh học sinh trên trang thông tin điện tử.