3.1. Khó khăn tồn tại
Việc thực hiện Chiến lược 1570 và Kế hoạch 798 tuy đã có những kết quả nhất định, đã có nhiều nội dung thực hiện đạt các chỉ tiêu đề ra, tuy nhiên, vẫn còn nhiều chỉ tiêu chưa đạt được như kỳ vọng hoặc đạt được về mặt định tính là có thay đổi theo chiều hướng tích cực nhưng chưa nhiều, còn cần phải tiếp tục đầu tư, thực hiện và nỗ lực hơn nữa để làm tăng cao chất lượng và số lượng của các kết quả đạt được.
Một số chỉ tiêu chưa có số liệu để đánh giá, bao gồm cả các số liệu trong quá khứ và hiện tại. Điều đó chứng tỏ lĩnh vực đó đã chưa được chú trọng, chưa được quan tâm đúng mức.
Công tác xây dựng quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế biển còn hạn chế (việc phân chia ranh giới hành chính trên biển; quy hoạch không gian biển, quy hoạch tổng thể khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên vùng bờ chưa được phê duyệt).
Công tác điều tra cơ bản tài nguyên, môi trường biển và hải đảo đã đạt nhiều kết quả có giá trị, tuy nhiên công tác chuyển giao và khai thác số liệu phục vụ cho các hoạt động phát triển kinh kế xã hội còn chậm.
Môi trường biển về tổng thể là vẫn đạt chỉ tiêu các thông số cơ bản về chất lượng nước biển ven bờ và quanh các đảo đạt quy chuẩn kỹ thuật quốc gia. Tuy nhiên, môi trường biển vẫn bị ô nhiễm cục bộ tại các khu vực nuôi trồng thủy sản, các vịnh neo đậu tàu thuyền trên biển, các cửa sông,…vấn đề rác thải nhựa đại dương vẫn đang là nóng, là áp lực lớn trong công tác quản lý chất thải trên biển ở nước ta.
Về mặt tài chính: tình hình triển khai nhiệm vụ Kế hoạch 798 ở cấp trung ương còn hạn chế do các nhiệm vụ chuyên môn không được phê duyệt và cấp kinh phí. Các nhiệm vụ ở địa phương cũng trong tình trạng không có hoặc không cấp đủ kinh phí dẫn đến hiệu quả không cao.
Về mặt con người nhân lực: Năng lực thực hiện bao gồm cả khía cạnh quản lý và kỹ thuật ở trung ương cũng như địa phương chưa đủ mạnh, lực lượng cán bộ mỏng, chưa đáp ứng được yêu cầu đặt ra.
3.2. Nguyên nhân của các khó khăn, tồn tại
Nguyên nhân chủ quan:
Công tác tổ chức triển khai thực hiện Chiến lược 1570 và Kế hoạch 798 chưa tốt và công tác phối hợp giữa các bộ ngành, giữa trung ương và địa phương còn chưa chặt chẽ.
Một số địa phương còn thấy nhiều nội dung của Luật Tài nguyên, môi trường biển và hải đảo (thiết lập hành lang bảo vệ bờ biển, cấp giấy phép nhận chìm ở biển, lập và quản lý hồ sơ tài nguyên hải đảo, xây dựng hệ thống quản lý thông tin tổng hợp, ứng phó, khắc phục sự cố tràn dầu, hóa chất độc trên biển...) chưa được hướng dẫn cụ thể nên trong quá trình chỉ đạo triển khai thực hiện ở địa phương còn gặp những khó khăn, vướng mắc.
Nguyên nhân khách quan:
Vấn đề phân công, phân cấp trong quản lý nhà nước về môi trường biển còn chưa hợp lý, chức năng nhiệm vụ của các cơ quan còn chồng chéo, nhiều quy định của pháp luật còn thiếu tính khả thi, không phù hợp với tính đặc thù của quản lý tổng hợp các vấn đề về biển, hải đảo nên còn nhiều khó khăn trong quá trình tổ chức thực hiện. Công tác quản lý nhà nước về khai thác, sử dụng tài
nguyên biển vẫn đang theo cơ chế quản lý ngành, còn nhiều bất cập nên hiệu lực và hiệu quả quản lý chưa cao.
Nguồn vốn đầu tư phát triển các chương trình, dự án và xây dựng các công trình kinh tế trọng điểm tại vùng biển, ven biển còn rất hạn chế. Hiện chưa có Thông tư liên tịch hướng dẫn sử dụng kinh phí sự nghiệp tài nguyên môi trường biển nên khó khăn trong việc triển khai các nhiệm vụ, đề án, dự án lĩnh vực biển và hải đảo. Nguồn kinh phí sự nghiệp quản lý biển và hải đảo chưa được bố trí cho địa phương nên gây nhiều khó khăn trong việc triển khai thực hiện. Trang thiết bị, phương tiện phục vụ công tác điều tra cơ bản biển, đảo; giao khu vực biển, quan trắc và phân tích môi trường biển chưa được đầu tư đúng mức; công tác đào tạo, bồi dưỡng nguồn nhân lực cho điều tra, nghiên cứu khoa học, quản lý tổng hợp tài nguyên, môi trường biển và hải đảo còn nhiều hạn chế.
Việc địa phương tham gia đề xuất thực hiện các nhiệm vụ gặp khó khăn do việc phân cấp sử dụng ngân sách theo khoản 4, Điều 9 Luật ngân sách nhà nước, vì vậy địa phương không thể sử dụng ngân sách trung ương để thực hiện, trong khi ngân sách địa phương chưa đáp ứng được nhu cầu thực hiện các nhiệm vụ lớn, đặc biệt là trong công tác điều tra cơ bản tài nguyên, môi trường biển.