Nâng cao trách nhiệm của Nhà nước đối với công dân; bảo đảm hiệu quả hoạt động và tính độc lập của các cơ quan tư pháp; bảo vệ lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, công dân... là những đòi hỏi quan trọng của việc xây dựng nhà nước pháp quyền trong công cuộc đổi mới ở nước Tòa án hiện nay. Đặc biệt, trong hoạt động tư pháp hình sự, nơi mà hoạt động của cơ quan có thẩm quyền THTT (Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát, Tòa án) mang tính quyền lực nhà nước rất cao, nơi mà mọi hoạt động chính đều liên quan lớn đến quyền, lợi ích của công dân thì việc quy định rõ quyền hạn và trên cơ sở đó xác định cụ thể trách nhiệm của người tiến hành tố tụng có ý nghĩa rất quan trọng không chỉ trong việc nâng cao hiệu quả hoạt động tố tụng, mà còn trong việc bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của công dân, trong đó có quyền, lợi ích hợp pháp của người làm chứng cũng như những người thân thích của họ. Do đó, để hoàn thiện cơ chế bảo vệ người làm chứng, đáp ứng yêu cầu cải cách tư pháp hiện nay trước hết cần tăng cường hiệu quả hoạt động của các cơ quan tiến hành tố tụng.
Các cơ quan có thẩm quyền THTT là những cơ quan có chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn riêng nhưng hoạt động trong mối liên hệ mật thiết, thống nhất của toàn bộ hoạt động tố tụng hình sự, có trách nhiệm áp dụng mọi biện pháp do pháp luật quy định để xác minh sự thật của vụ án, chứng minh tội phạm và xử lý người phạm tội. Vì vậy, tăng cường hiệu quả hoạt động của các cơ quan này là rất quan trọng trong việc bảo vệ những người tham gia tố tụng nói chung và người làm chứng nói riêng. Trước hết, cần phải nâng cao ý thức trách nhiệm, năng lực công tác của đội ngũ cán bộ của các cơ quan tiến hành tố tụng; tổ chức tốt việc đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ và định kỳ hàng năm tổ chức thi, kiểm tra chất lượng đội ngũ cán bộ thực hiện công tác tiến hành tố tụng; tạo điều kiện tốt hơn cơ sở vật chất và trang bị phương tiện làm việc cho các cơ quan tiến hành tố tụng để nâng cao hiệu quả hoạt động của các cơ quan này. Việc vừa nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ vừa trang bị phương tiện vật chất tốt cho các cơ quan tiến hành tố tụng là rất quan trọng và có ý nghĩa rất lớn trong việc giải quyết vụ án, đồng thời thực hiện tốt các biện pháp bảo vệ người làm chứng. Thực tế cho thấy trong điều kiện hiện nay, cơ sở
vật chất và chế độ đãi ngộ hổ trợ cho công tác nghiệp vụ này của các cơ quan tiến hành tố tụng còn khiêm tốn và không hiệu quả, các quy định của pháp luật về bảo vệ người làm chứng chỉ mang tính chất hình thức chứ không được thực thi trên thực tế.
Và để tăng cường hiệu quả hoạt động trong công tác này, các cơ quan tiến hành tố tụng có trách nhiệm phối hợp với cơ quan công an trong việc áp dụng các biện pháp bảo vệ người làm chứng cũng như những người thân thích của họ trước nguy cơ bị tấn công hoặc xâm hại của bọn tội phạm, có như vậy thì quyền và lợi ích của người làm chứng mới được đảm bảo và họ mới có thể yên tâm để tham gia tố tụng với tư cách là nhân chứng trong vụ án, góp phần giúp các cơ quan tiến hành tố tụng giải quyết án một cách nhanh chóng, công minh và đúng pháp luật bởi vì lời khai của người làm chứng là nguồn chứng cứ xác thực và rất quan trọng.
Cần xác định rõ trách nhiệm nhiệm vụ từng cơ quan THTT và người THTT trong việc bảo đảm thực thi các quyền và nghĩa vụ của người làm chứng.
Đề cao trách nhiệm của người THTT trong việc đánh giá hết chứng cứ do người làm chứng cung cấp, theo nguyên tắc mọi chứng cứ gỡ tội hoặc buộc tội và các chứng cứ khác phải được xem xét đánh giá một cách đầy đủ, toàn diện, khách quan.
Quy định cụ thể các chế tài pháp lý (chế tài kỷ luật, chế tài hành chính, chế tài dân sự, chế tài hình sự) đối với các cơ quan THTT, người có thẩm quyền tiến hành tố tụng trong việc vi phạm, hạn chế quyền của người làm chứng, ngay cả trong trường hợp không hành động để bảo vệ quyền này.
- Để đảm bảo thực hiện tốt hơn quyền khiếu nại tố cáo trong TTHS, trên cơ sở quy định về nguyên tắc bảo đảm quyền khiếu nại tố cáo trong TTHS, BLTTHS mới cần quy định rõ quyền của những người tham gia tố tụng được khiếu nại về các quyết định và hành vi của người THTT.
Quy định rõ quyền và nghĩa vụ của người làm chứng khi thực hiện quyền khiếu nại và xác định rõ trách nhiệm của người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại, tố cáo, nhiệm vụ quyền hạn của Viện kiểm sát khi thực hiện công tác kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong việc giải quyết khiếu nại tố cáo trong TTHS.
Khi vị trí, vai trò của người làm chứng đã được những người THTT xác định rõ thì xóa bỏ tình trạng tùy tiện trong đánh giá chứng cứ từ phía cơ quan tiến hành tố tụng, tránh được hiện tượng làm sai lệch hồ sơ
Các cơ quan THTT cần thực hiện những quy định chặt chẽ của luật nhằm đảm bảo chất lượng của các chứng cứ thu thập được từ người làm chứng và cần coi trọng
nguồn chứng cứ này trong quá trình chứng minh tội phạm. Do đó việc bảo đảm các quyền tố tụng của người làm chứng là biện pháp góp phần cho quá trình chứng minh tội phạm, đảm bảo việc xét xử vụ án hình sự đúng người đúng tội, “không bỏ lọt tội phạm” và “không làm oan người vô tội”.