Phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế, DN phân bổ không chính xác. Theo qui định tại Điều 14, Thông tư số 219/2013/TT- BTC, ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính thì “Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT”. Tuy nhiên DN cố tình hạch toán sai giữa hai loại doanh thu là doanh thu không phải kê khai (hạch toán tăng) và doanh thu không chịu thuế (hạch
toán giảm).
Trường hợp này thường xảy ra tại các DN nuôi và xuất khẩu thủy sản do nguồn cá nguyên liệu đầu vào rất lớn, được sử dụng từ hai nguồn cá nguyên liệu: nguồn thứ nhất là cá nguyên liệu do DN tự nuôi (khi bán cá hay phụ phẩm cá trong nội địa
thuộc đối tượng không chịu thuế), nguồn thứ hai là cá nguyên liệu do DN mua lại từ khâu thương mại (khi bán cá hay phụ phẩm cá trong nội địa thuộc“đối tượng không
Khi DN hạch toán doanh thu không chính xác (doanh thu không phải kê khai
tăng và doanh thu không chịu thuế giảm) dẫn đến việc phân bổ thuế GTGT đầu“vào dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế GTGT không chính xác đã làm tăng số tiền thuế GTGT“đầu vào được khấu trừ, số tiền thuế GTGT đề nghị hoàn.
Xác định“sai đối tượng chịu thuế và không chịu thuế: kê khai đối tượng không chịu thuế đối với hàng hóa chịu thuế“. Trường hợp này thường xảy ra đối với các DN sản xuất thực phẩm ăn liền đóng gói.
Theo qui định tại điều 5, Thông tư số 50/TT-BNNPTNT ngày 24/12/2014 của Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn thì thức ăn chăn nuôi (thuộc hàng hóa không chịu thuế) phải đáp ứng các yêu cầu theo quy định của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thì mới đủ căn cứ để đưa vào danh mục được phép lưu hành tại Việt Nam. DN xác định phụ phẩm từ việc sản xuất mì ăn liền, hủ tiếu ăn liền, bột ngũ cốc… là thức ăn chăn nuôi, khi bán ra thuộc mặt hàng không chịu thuế là không đúng theo qui định của pháp luật.
Kê khai“thiếu doanh thu và thuế GTGT đầu ra: ghi nhận doanh thu không đúng trong kỳ tính thuế; không xuất hóa đơn và kê khai thuế GTGT đầu ra đối với khối lượng công việc xây dựng đã hoàn thành, nghiệm thu, bàn giao; không xuất hóa đơn và kê khai thuế GTGT đầu ra đối với hàng hóa dùng để biếu tặng…
Xác định sai số thuế GTGT được khấu trừ: kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào không phục vụ sản xuất kinh doanh; kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn mua vào từ 20 triệu đồng trở lên nhưng không thực hiện thanh toán qua ngân hàng(đã thanh toán bằng tiền mặt)…
Xác định sai thuế suất: hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế nhưng lại ghi thuế suất là 5% hoặc 10% (máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản
xuất nông nghiệp thuộc đối tượng không chịu thuế“nhưng DN lập hóa đơn tách rời
từng bộ phận để khấu trừ thuế GTGT đầu vào).