Tuy các chương trình thanh toán tại chi nhánh đã được nâng cấp theo chương trình hiện đại hóa chung trong toàn hệ thống nhưng các chức năng chưa hoàn thiện. Nhiều chỉ tiêu báo cáo chưa thể thực hiện tự động gây chậm trễ trong việc kiểm soát, điều hành và đáp ứng nhu cầu thông tin của khách hàng. Chương trình đôi khi bị lỗi dẫn đến việc thực hiện giao dịch của khách hàng chậm, ảnh hưởng đến chất lượng thanh toán.
Cùng với thực trạng chung của toàn ngành ngân hàng Việt Nam hiện nay, mặc dù BIDV Đông Đô đã cố gắng rất nhiều để nâng cao chất lượng dịch vụ thanh toán theo phương thức TDCT nhưng công nghệ thanh toán của ngân hàng còn chưa cao so với các ngân hàng trong khu vực và thế giới. Trong nhiều công đoạn của quá trình thanh toán, các cán bộ thanh toán còn phải làm thủ công, việc kiểm tra bộ chứng từ của các cán bộ thanh toán chủ yếu dựa trên kinh nghiệm của bản thân. Do vậy rủi ro là khó tránh khỏi nếu các chứng từ được làm giả mạo tinh vi.
Việc gia nhập tổ chức thương mại thế giới là một thách thức với ngân hàng. Theo cam kết khi gia nhập WTO, các ngân hàng nước ngoài sẽ có nhiều hoạt động kinh doanh đa dạng ở Việt Nam và được đối xử ngang bằng theo đúng nguyên tắc tối huệ quốc gia của WTO. Khi đó chi nhánh sẽ gặp phải những đối tượng “nặng ký” về thương hiệu, vốn, công nghệ…do đó thì phần của chi nhánh có thể bị giảm sút nếu chi nhánh không có những biện pháp phòng ngừa.