Chuồng trại mới xây dựng thì cĩ rất ít vi sinh vật gây bệnh, cho nên những đợt nuơi heo đầu tiên bao giờ cũng cho năng suất rất cao, nhưng với sự hiện diện thường xuyên của heo nuơi, mật độ vi sinh vật cĩ hại sẽ dần dần tăng cao, chúng tấn cơng đàn heo gây ra những tổn thất ngày càng tăng và cĩ khi gây thành dịch lớn. Do vậy cần cĩ biện pháp làm giảm mật độ vi sinh vật cĩ hại trong chuồng nuơi, khơng cho chúng phát triển đến mức cĩ thể gây thành bệnh cho heo nuơi. Đĩ là việc định kỳ sát rùng chuồng trại trên quy mơ lớn, đồng loạt, triệt để, giúp cho mơi trường chăn nuơi sạch sẽ, rất ít vi sinh vật cĩ hại, nhờ đĩ sức khoẻ thú nuơi tốt hơn, tăng trưởng tốt hơn, ít bệnh, ít tốn thuốc thú y điều trị, năng suất cao, lợi nhuận cao hơn.
Cĩ rất nhiều loại thuốc dùng để sát trùng chuồng trại nhưng đến nay cĩ những chất cổ điển đã qua sử dụng nhiều năm nhưng vẫn chưa giảm sút tác dụng diệt khuẩn, lại rẻ tiền cần khuyến khích sử dụng như: nước javel, sút NaOH, vơi bột (CaO), nước sữa vơi (Ca(OH)2) 10-20%. Các loại này thường được dùng để quét tồn bộ nền, tường, máng ăn, máng uống, ổ úm… tuy nhiên phải chú ý cĩ sự ăn mịn kim loại của sút (NaOH) và javel, tránh dùng chúng để sát trùng các thiết bị và chuồng sắt, nhơm. Nên tuân theo nguyên tắc “cùng đầy chuồng, cùng trống chuồng”, thả nuơi đồng loạt và xuất bán đồng loạt để cĩ thời gian ngắn trống chuồng, tẩy uế sát trùng kỹ, trước khi thả nuơi đợt heo mới.
Khơng nên sử dụng những hố chất độc hại để sát trùng như formon (trước đây rất thơng dụng) vì tác hại đến da và niêm mạc hơ hấp, mắt, bộ sinh dục, dễ mở đường cho sự xâm nhiễm mầm bệnh và cĩ nguy cơ gây ung thư cho người.
Cần khai thơng cống rãnh quanh chuồng cho thốt nước tốt, tránh ứ đọng tạo mơi trường cho muỗi phát triển, nên phát quang tránh để cỏ lau um tùm làm nơi trú ẩn của rắn rết, bọ cạp… chúng tấn cơng và cĩ thể gây chết cấp tính cho heo nuơi.
Nơi ra vào chuồng cần cĩ bể, hộc chứa thuốc sát trùng để người ra vào dẫm lên sát trùng giầy dép, tránh lây lan mầm bệnh.