Các loại chất thải trong chăn nuôi lợn trang trại tại Hà Nội gồm có chất thải rắn, nước thải và khí thải. Tính chất, thành phần và lượng chất thải tại các trang trại tùy thuộc vào quy mô, kỹ thuật chăn nuôi, phương thức vệ sinh, dọn dẹp, cách thức quản lý và xử lý chất thải chăn nuôi.
Theo như hình 1.1 và 1.2 về sơđồ quy trình chăn nuôi của trại nuôi lợn nái và lợn thịt–kèm dòng thải ta có thể thấy chất thải rắn từ quá trình chăn nuôi lợn có nguồn gốc từ phân thải, thức ăn dư thừa và đôi khi là xác lợn chết. Đối với phương
thức nuôi lợn trên sàn bê tông phía dưới là hầm đồng thời là kênh thoát chất thải thì không thu được chất thải rắn. Ngoài ra chất thải rắn còn bao gồm chất thải sinh hoạt từ các trang trại. Về nước thải ta thấy nước thải chăn nuôi chủ yếu có nguồn gốc từ khâu dọn dẹp, vệ sinh chuồng trại bao gồm: phân, nước tiểu và nước vệ sinh. Nước thải tại các trang trại còn có nguồn gốc từ quá trình sinh hoạt của công nhân, nước mưa chảy tràn.... Còn khí thải, khí thải chăn nuôi lợn là các khí như CO2, NH3, H2S… chúng có nguồn gốc phát sinh từ phân và nước tiểu. Ngoài ra khí thải còn được tạo ra từ sự rò rỉ tại công trình xử lý chất thải. Qua khảo sát thực tế thì các công trình khí sinh học được xây dựng từ 4-6 năm thì khả năng rò rỉ là rất lớn [13]. Bên cạnh đó, một số nơi do không khai thác sử dụng hết khí gas từ hầm biogas nên đã để phóng không khí gas ra ngoài môi trường, đây cũng là nguồn phát thải khí gây ô nhiễm đáng kể.