Ngày 24 tháng 12 năm 2009 Thủ tướng Chính phủ đã ký quyết định số
2190/QĐ-TTg về việc quy hoạch phát triển cảng biển đến năm 2020 với tổng kinh phí đầu tư để phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam lên đến khoảng 360-440 nghìn tỷ đồng, trong đó vốn ngân sách chiếm khoảng 70-100 nghìn tỷđồng với dự báo đến năm 2015 tổng sản lượng hàng thông qua cảng từ 500
đến 600 triệu tấn/năm và dự báo đến năm 2020 tổng sản lượng hàng hóa thông qua hệ thống cảng sẽ từ 900 đến 1100 triệu tấn/năm.
Hệ thống Cảng Biển khu vực TPHCM thời gian qua có nhiều sự thay
đổi kéo theo áp lực cạnh tranh sẽ tăng mạnh trong thời gian tới. Chuẩn bị đưa vào khai thác các Cảng container chuyên dụng ở khu vực TPHCM, Bà Rịa – Vũng Tàu có khả năng tiếp nhận tàu container từ 50.000 đến 80.000 DWT. Trong đó nổi bật lên là một số Cảng mở rộng quy mô bằng đầu hợp tác đầu tư
với hãng tàu container, công ty nước ngoài, xây dựng cảng mới có nhiều thế
mạnh và tiềm năng hơn so với các cảng hiện hữu. Theo quy hoạch phát triển cảng biển khu vực 5 của Chính Phủ, dự kiến đến cuối năm 2010, cảng Sài Gòn và Tân Cảng phải di dời thì Cảng Bến Nghé vẫn được tiếp tục kinh doanh tại khu vực ít nhất đến năm 2020. Do đó Cảng Bến Nghé sẽ có lơi thế
sản xuất cho các khu công nghiệp của thành phố. Trong điều kiện hạ tầng giao thông cho các cảng mới thành lập chưa thể đáp ứng tốt cùng chi phí vận chuyển đường bộ cao trong giai đoạn 2011-2015 (đường cao tốc Long Thành- Biên Hòa, Quốc Lộ 51 nâng cấp), lợi thế của Cảng Bến Nghé là khá cao.