Bên cạnh những kết quả đạt được như trình bày trên đây, vẫn còn nhiều tồn tại hạn chế trong tất cả các khâu từ quản lý Nhà nước đến quản lý của các chủ thể chịu trách nhiệm về chất lượng công trình xây dựng.
1, Nhân lực quản lý dự án
Khi rút ra những hạn chế còn tồn tại trong quá trình quản lý thực hiện dự án thủy lợi miền Trung, vấn đề đầu tiên phải kể đến là vấn đề
về tổ chức bố trí nhân lực chịu trách nhiệm theo dõi thực hiện dự án. Nhìn chung, năng lực và trình độ của cán bộ các Ban QLDA còn rất hạn chế. Đa số cán bộ đều không có đủ kiến thức chuyên môn cho mảng công việc mình phụ trách mà chỉ thực hiện công việc chủ yếu dựa vào thói quen và kinh nghiệm. Một số cán bộ thì phải làm kiêm nhiệm nhiều việc, hoặc thậm chí nhiều dự án cùng một lúc dẫn đến sự chồng chéo và thiếu hiệu quả.
2, Kinh nghiệm thiết kế kỹ thuật
Về mảng này, hạn chế là sự thiếu kinh nghiệm trong thiết kế. Chẳng hạn như về thiết kế kết cấu công trình không an toàn về chịu lực; kết cấu quá an toàn gây lãng phí; không an toàn sử dụng; không tính toán kết cấu; tính toán không chính xác; áp dụng sai quy chuẩn, tiêu chuẩn. Hồ sơ thiết kế công trình ở tuyến huyện, xã hầu hết không có bản tính kết cấu, thường thiên về quá an toàn gây lãng phí.
3, Kinh nghiệm lập chi phí dự án
Sự thiếu kinh nghiệm trong việc lập chi phí dự án được thể hiện rõ ràng trong thực tế khi hầu hết các dự toán do nhà thầu thiết kế lập
đều không sử dụng được. Đa phần các dự toán lập ra đều có sai sót như: thiếu hoặc thừa khối lượng; sai đơn giá, giá vật tư; áp dụng không đúng chế độ chính sách; sử dụng vật liệu không phù hợp với cấp công trình; tính toán không chính xác, v.v.
Ngoài ra ở giai đoạn thi công, có nhiều tồn tại về sử dụng vật liệu không hoặc chưa đúng tiêu chuẩn cam kết; việc tuân thủ hồ sơ thiết kế được duyệt và tiêu chuẩn kỹ thuật; báo cáo thí nghiệm không đầy đủ và quy trình thí nghiệm không đảm bảo; nhật ký thi công không được ghi chép hàng ngày; v.v.
Đối với công tác giám sát, tư vấn giám sát vẫn thường vắng mặt
ở công trường, không giám sát và đốc thúc chặt chẽ nhà thầu và công nhân của nhà thầu thi công theo tiến độ. Việc báo cáo với các Chủ đầu tư còn hạn chế và chung chung.