M EU1 EU2 EU3 EU4 EU
3.3.5.Kết quả so sánh trình tự nucleotid vùng ITS-rADN của các mẫu Dấu dầu xoan
phần (G+C) có trong mỗi trình tự. Kết quả tỉ lệ phần trăm (G+C) và kích thước vùng ITS-rADN được thể hiện ở bảng 3.11 dưới đây
Bảng 3.11. Tỉ lệ %(G+C) và kích thước vùng ITS-rADN của 5 mẫu Dấu dầu xoan Mẫu % (G+C) Kích thước (bp) EU1 63,2% 731 EU2 62,5% 725 EU3 63,3% 727 EU4 62,4% 726 EU5 62,9% 728 Nhận xét:
Kích thước vùng ITS-rADN của 5 mẫu Dấu dầu xoan từ 725 bp - 731 bp. Tỉ lệ %(G+C) từ 62,4% - 63,3%.
3.3.5. Kết quả so sánh trình tự nucleotid vùng ITS-rADN của các mẫu Dấu dầu xoan xoan
Trình tự đoạn ITS-rADN của 5 mẫu Dấu dầu xoan sau khi đã xác định, được đem so sánh với nhau. Phép so sánh gióng hàng được thực hiện bằng phần mềm ClustalX2. Kết quả thể hiện ở hình 3.17.
65
Hình 3.17. So sánh gióng hàng trình tự nucleotid vùng ITS-rADN của 5 mẫu Dấu dầu xoan
Nhận xét:
Để phân tích mức độ đa dạng của các trình tự ITS-rADN, tiến hành gióng hàng các trình tự thu được. Kết quả cho thấy sự khác biệt giữa các trình tự chủ yếu là các vị trị đa hình đơn (SNP), trong đó, 1 nucleotid bị thay thế bởi một nucleotid khác (C được thay bằng G ở vị trí 69 trên mẫu EU2, EU4; C được thay bằng T ở vị trí 104 trên mẫu EU4, EU5, vị trí 282, 624 trên mẫu EU2, EU4; C được thay bằng A ở vị trí 138 trên mẫu EU2, EU4; G được thay bằng A ở vị trí 259, 612 trên mẫu EU2, EU4; G được thay bằng C ở vị trí 583 trên mẫu EU2, EU4; A được thay bằng T ở vị trí 604 trên mẫu EU2, EU4) . Ngoài ra, ở một số vị trí có sự thêm hoặc mất một nucleotid (mất C ở vị trí 111 trên mẫu EU5; thêm C ở vị trí 133 trên mẫu EU2, EU4, EU5, ở vị trí 588 trên mẫu EU1, EU5; thêm A ở vị trí 589, 590 trên mẫu EU1,
66
EU5) dẫn đến sự khác biệt về kích thước đoạn ADN thu được. Đa số vị trí khác biệt xảy ra ở vùng ITS1 và ITS2
Thực hiện so sánh từng cặp bằng công cụ BLAST, thu được hệ số tương đồng trình tự vùng ITS-rADN giữa các mẫu. Kết quả hệ số tương đồng này được thể hiện ở bảng 3.12 dưới đây :
Bảng 3.12. Hệ số tương đồng trình tự vùng ITS-rADN giữa 5 mẫu Dấu dầu xoan
EU1 EU2 EU3 EU4 EU5
EU1 EU2 98,1 EU3 99,5 98,6 EU4 98,1 99,7 98,6 EU5 99,5 98,1 99,2 98,4 Nhận xét:
Kết quả trong bảng 3.12 cho thấy có sự tương đồng cao giữa 5 trình tự (98,1 – 99,7%).