M ZA1 ZA2 ZA3 ZA4 ZA5 ZA6 ZA7 ZA8 ZA9 ZA
3.1.5. Kết quả so sánh trình tự nucleotid vùng ITS-rADN của các mẫu Muồng truổng
Mẫu % (G+C) Kích thước (bp) ZA1 64,66 730 ZA2 64,66 730 ZA3 64,47 729 ZA4 64,61 729 ZA5 64,33 729 ZA6 64,61 729 ZA7 64,61 729 ZA8 64,61 729 ZA9 64,66 730 ZA10 64,75 729 Nhận xét:
10 mẫu Muồng truổng có tỉ lệ %(G+C) dao động từ 64,33% - 64,75%, kích thước vùng ITS-rADN dao động từ 729-730bp.
3.1.5. Kết quả so sánh trình tự nucleotid vùng ITS-rADN của các mẫu Muồng truổng truổng
Trình tự đoạn ITS-rADN của 10 mẫu Muồng truổng sau khi đã xác định, được đem so sánh với nhau. Phép so sánh gióng hàng được thực hiện bằng phần mềm ClustalX2. Kết quả thể hiện ở hình 3.5.
44
Hình 3.5. So sánh gióng hàng trình tự nucleotid vùng ITS-rADN của 10 mẫu Muồng truổng
45
Nhận xét:
Để phân tích mức độ đa dạng của các trình tự ITS-rADN, tiến hành gióng hàng các trình tự thu được. Kết quả cho thấy sự khác biệt giữa các trình tự chủ yếu là các vị trị đa hình đơn (SNP), trong đó, 1 nucleotid bị thay thế bởi một nucleotid khác (A được thay bằng T tại vị trí số 182 trên mẫu ZA4 và ZA5, vị trí số 706 trên mẫu ZA2; G được thay bằng A tại vị trí số 341 trên mẫu ZA3, vị trí số 482 trên mẫu ZA5; T được thay bằng C tại vị trí 486 trên mẫu ZA9; G được thay bằng C tại vị trí 688 trên mẫu ZA7 và ZA9; C được thay bằng T tại vị trí số 82 trên mẫu ZA6; T được thay bằng G tại vị trí số 93 trên mẫu ZA10). Ngoài ra, ở một số vị trí có sự thêm nucleotid (thêm C tại vị trí 126 trên mẫu ZA6; thêm G tại vị trí 638 trên mẫu ZA9, tại vị trí 694 trên mẫu ZA1 và ZA2) hoặc mất một nucleotid ( mất G tại vị trí 32 trên mẫu ZA6) dẫn đến sự khác biệt về kích thước đoạn ADN thu được. Đa số vị trí khác biệt xảy ra ở vùng ITS1 và ITS2
Thực hiện so sánh từng cặp bằng công cụ BLAST, thu được hệ số tương đồng trình tự vùng ITS-rADN giữa các mẫu. Kết quả hệ số tương đồng này được thể hiện ở bảng 3.4:
Bảng 3.4. Hệ số tương đồng trình tự vùng ITS-rADN giữa 10 mẫu Muồng truổng
ZA1 ZA2 ZA3 ZA4 ZA5 ZA6 ZA7 ZA8 ZA9 ZA10 ZA1 ZA2 99,8 ZA3 99,7 99,6 ZA4 99,7 99,6 99,7 ZA5 99,5 99,3 99,5 99,7 ZA6 99,6 99,5 99,6 99,6 99,3 ZA7 99,7 99,6 99,7 99,7 99,5 99,6 ZA8 99,9 99,7 99,9 99,9 99,6 99,7 99,9 ZA9 99,3 99,2 99,3 99,3 99,0 99,2 99,6 99,5 ZA10 99,7 99,6 99,7 99,7 99,5 99,6 99,7 99,9 99,3
46
Nhận xét:
Có sự tương đồng rất cao giữa 10 trình tự (99,0 – 99,9%).