Theo kết quả điều tra xây dựng bản đồ thổ nhưỡng Yên Bái năm 1972 và báo cáo khoa học (Đất Lào Cai) do trung tâm khoa học tự nhiên và công nghệ Quốc gia thuộc Viện địa lý xây dựng năm 1994 cho thấy huyện Bảo Yên có 5 nhóm đất chính với 13 loại đất sau:
- Nhóm đất đỏ vàng : Gồm 74338,5 ha chiếm 89,79 % diện tích đất tự nhiên, phân bố khắp lãnh thổ chịu ảnh hưởng mạnh mẽ của quá trình Feralit. Tùy theo loại đá mẹ quá trình Feralit hình thành nên các loại đất có màu sắc khác nhau. Trên địa bàn huyện Bảo Yên nhóm đất đỏ vàng bao gồm:
+ Đất đỏ vàng trên đá biến chất và đá trầm tích (Fs): Loại đất này khá phổ biến ( 71032 ha) chủ yếu hình thành trên đá Gonai, đá Phirit, Apatit.
+ Đất nâu đỏ trên đá vôi (Fv): Loại đất này phân bố không đáng kể, phân bố lẻ tẻ ở khu vực xã Điện Quan.
+ Đất vàng nâu trên đá trầm tích: Là loại đất phát sinh, phát triển trên nền phù sa cổ được hình thành nhờ quá trình tích lũy, trầm tích Nêôgen. Đất này được phân bố ở dọc sông Hồng, sông Chảy địa hình phân bố dạng đồi thấp, liền dải, lượn sóng.
+ Đất vàng trên cát (Fq): Đất này được hình thành trên các giàu đá thạch anh, hoặc có tỷ lệ Silic cao, chủ yếu phân bố dọc theo các triền núi có độ dốc trên 400m khu vực sông Chảy.
+ Đất đỏ vàng biến đổi do trồng lúa (F1): Loại đất này được hình thành tại chỗ do quá trình canh tác lâu đời, do chế độ canh tác lúa nước làm biến đổi tính chất đất về mặt lý, hóa, sinh họ. Phân bố chủ yếu ở các xã: Điện Quan, Tân Tiến, Lương Sơn, Nghĩa Đô, Vĩnh yên, Xuân Hòa.
- Nhóm đất đen ( Rse): Có 720 ha chiếm 0,87 % tổng số diện tích đất tự nhiên toàn huyện, phân bố chủ yếu ở xã Điện Quan, nằm trên các đỉnh đồi, đỉnh bằng hoặc chân sườn thấp. Đất đen được hình thành trên sản phẩm phong hóa của đá Secpentinit, do đó hàm lượng Ca, Mg trong đất khá cao. Đất có màu đen hoặc xám, ít chua, tỉ lệ sét trong đất cao do đó đất cứng, độ ẩm cây héo cao về mùa khô.
- Đất phù sa: Có diện tích 1341 ha chiếm 1,62 ha % diện tích đất tự nhiên của toàn huyện; nhóm đất này bao gồm: Phù sa sông Hồng, phù sa sông chảy và phù sa các sông suối khác.
- Đất thung lũng dốc tụ (D1): trên địa bàn có khoảng 400 ha. Đây là loại đất thứ sinh được hình thành và phát triển trên sản phẩm rửa trôi và bồi tụ của các loại đất ở chân sườn hoặc khe dốc. Đất D1 có độ phì phụ thuộc vào
các loại đất ở vùng lân cận, tầng đất dày, thành phần cơ giới thịt trung bình đất chua, phân bố rải rác trên lãnh thổ huyện.
- Đất mùn đỏ vàng trên núi cao: có 6002,4ha chiếm 7,25% tổng diện tích đất tự nhiên của huyện.Trên địa bàn huyện có hai loại:
+ Đất mùn đỏ vàng trên đá sét và biến chất có 5889 ha. + Đất mùn đỏ vàng trên đá macma axit có 69 ha.
Loại đất này được hình thành trên đai cao từ 900m trở lên, chủ yếu tập trung trên đỉnh cao của dãy Con Voi và dãy Khao Tanh, với quá trình phong hóa và tích lũy mùn diễn ra khá mạnh trong điều kiện nóng ẩm mưa nhiều.