Địa hình Bảo Yên nằm trong thung lũng sông Hồng và Sông chảy, thuộc dạng các dãy núi cao xen kẽ với các thung lũng (thung lũng sông Hồng, sông Chảy, lòng chảo Nghĩa Đô, Vĩnh Yên). Các mạch núi chạy dọc theo hướng Tây Bắc - Đông Nam. Vùng có địa hình nằm dọc theo hai thung lũng sông Hồng và sông Chảy là các dãy núi thấp, hình thành 2 dạng địa hình cơ bản:
- Vùng thung lũng - bồn địa: Bao gồm các vùng phù sa dọc theo 2 con sông chính và phần tiếp cận có độ dốc dưới 100. Tiểu vùng này được chia làm 3 dạng địa hình với các đặc trưng khác nhau:
+ Tiểu vùng thung lũng sông Hồng: Bao gồm các dải đất bằng và tương đối bằng nằm dọc sông Hồng phần đất thấp của các xã: Bảo Hà, Kim Sơn, Cam Cọn. Vùng này có đất đai màu mỡ , thuận lợi cho phát triển các cây trồng nông nghiệp, đặc biệt là cây rau mầu, cây công nghiệp ngắn ngày và các cây ăn quả nhiệt đới.
+ Tiểu vùng thung lũng sông Chảy: Bao gồm phần diện tích có độ dốc dưới 100 thuộc địa phận các xã: Việt Tiến, Long Khánh, Long Phúc, Lương Sơn, Thượng Hà, Xuân Thượng, Tân Dương, Xuân Hòa, Điện Quan. Tiều vùng này được địa hình do bồi tụ của sông chảy nên đất đai kém mầu mỡ hơn so với tiểu vùng sông Hồng, phù hợp cho phát triển đa dạng các cây trồng nông nghiệp.
+ Tiểu vùng Nghĩa Đô: Được hình thành trong quá trình bào mòn rửa trôi, bồi tụ của các mạch núi Khao Tanh và Pao Nam La. Tiểu vùng này bao gồm các vùng đất tương đối bằng phẳng của xã Nghĩa Đô và xã Vĩnh Yên, có tiềm năng phát triển cây trồng hàng năm, đặc biệt là lúa nước.
- Vùng núi cao: Phần lãnh thổ còn lại của các dãy núi chính, độ cao trung bình từ 400m trở lên, có độ dốc trên 100m và được chia làm 2 tiểu vùng:
+ Tiều vùng núi cao thuộc dãy con voi.
+ Tiểu vùng núi cao khu Bắc và Đông Bắc của huyện.
Nhìn chung, phần lớn địa hình Bảo Yên là vùng thấp, ít phức tạp hơn so với các huyện khác của tỉnh.
Đặc điểm địa hình trên tạo tiềm năng, lợi thế cho huyện Bảo Yên trong: (1) Quy hoạch phát triển vùng sản xuất nông nghiệp quy mô vừa và lớn, chăn
nuôi công nghiệp và bán công nghiệp; (2) Phát triển các loại hình như du lịnh sinh thái. Tuy nhiên, một phần địa hình có độ dốc khá lón, chia cắt làm tăng suất đầu tư cơ sở hạ tầng, nhất là giao thông, thủy lợi, lưới điện…..