Đối với các vấn đề cơ quan thuế yêu cầu, người nộp thuế cần phải tập trung giải quyết như là:
Kiểm tra các khoản sinh lời: Có đầy đủ chứng từ chứng minh dịch vụ được cung cấp có thể mang đến khoản lợi nhuận thực tế (như ghi nhận của kế toán) là cách giúp người nộp thuế tự bảo vệ mình trước các cơ quan thuế. Vì vậy, để chứng minh bản chất tự nhiên của giao dịch theo mục tiêu dài hạn, bên nhận dịch vụ cần thu thập đủ chứng từ có thể chứng minh các dịch vụ đã sử dụng thực tế đã mang lại lợi ích như thế nào. Nói cách khác, người nộp thuế phải chứng minh được giá trị kinh tế do sử dụng các dịch vụ nội bộ mang lại, đồng thời chuẩn bị nguồn có thể so sánh với giao dịch phát sinh – nguồn này có thể từ một bên cung cấp dịch vụ thứ ba không có mối quan hệ liên kết hoặc do phát huy nguồn lực sẵn có trong đơn vị. Người nộp thuế tự chịu trách nhiệm đối với các chứng từ, cũng như chứng minh các khoản thanh toán…đồng thời người nộp thuế có thể hưởng lợi từ việc khấu trừ thuế - cho nên người nộp thuế phải rất cẩn thận khi “đối phó” với vấn đề kiểm tra này: các tài liệu liên quan có thế chứng minh dịch vụ đã sử dụng, chứng từ sử dụng làm chứng cứ hay cơ sở để giải thích cần phải được lưu trữ.
Các thoả thuận cung cấp dịch vụ/ hợp đồng: hợp đồng dịch vụ cần rõ ràng với nội dung các dịch vụ được cung cấp, phương pháp tính phí … vì khi cơ quan thuế tiến hành phân tích rất cẩn thận các phương pháp này.
Phương pháp tính phí: lý do chọn lựa cách thức tính phí – cách phân bổ chi phí dựa trên tổng chi phí phải được giải trình chi tiết. Do vậy, các chứng từ liên quan cũng cần được lưu trữ nhằm giải trình với cơ quan thuế.
Chi phí cơ bản: Phân bổ các khoản chi phí căn bản được xem xét rất chi tiết, nên đòi hỏi cơ quan thuế phải phân tích tích và nhận định rõ ràng thông qua các chứng từ minh hoạ.
Trích dẫn từ bên thứ ba: Vấn đề này có thể được hỏi đến khi tiến hành thanh tra chuyển giá – lý do cơ quan thuế muốn biết tại sao người nộp thuế không sử dụng dịch vụ của bên thứ ba, xét trong cùng những điều kiện khách quan lợi ích thật sự nhận được là gì khi người nộp thuế dùng dịch vụ nội bộ