Phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập “CUP” áp dụng vào các tài sản vô hình và dịch vụ đòi hỏi phải so sánh giá cả, tỷ lệ tiền bản quyền hoặc phí dịch vụ mà trong đó những thành viên của một nhóm kiểm soát chi phí khác các thành viên và các công ty không liên kết, tương ứng. Cũng như phương pháp giá bán lại và giá vốn cộng lãi, phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập (“CUP”) được áp dụng khi hai công ty, một trong số đó là thành viên của một nhóm kiểm soát và một trong số đó là một thực thể độc lập, bán các sản phẩm hầu như giống hệt nhau, cấp phép các tài sản vô hình cùng hoặc thực hiện các dịch vụ tương tự, trong trường hợp cựu (hoặc cho) người mua liên kết, và trong trường hợp thứ hai, vì (hoặc) các công ty độc lập (thông tư 66/2010/TT- BTC điều 5, khoản 2, mục 2.1).
Yêu cầu so sánh khi áp dụng phương pháp CUP là rất cao vì chỉ cần một yếu tố so sánh nào đó cần so sánh không giống nhau trong cùng một loại giao dịch thì mục tiêu dài hạn về giá có khả năng phải điều chỉnh. Các hướng dẫn của OECD, tương tự, nhấn
mạnh tính so sánh sản phẩm, cùng với những điều chỉnh cho sự khác biệt. Tuy nhiên, OECD cũng lưu ý việc điều chỉnh chính xác là rất khó nên khi áp dụng CUP cũng vì thế có “linh động”49
Đối với các tài sản cố định vô hình, thông thường việc chuyển giao sẽ căn cứ theo các điều khoản hợp đồng cho nên nếu muốn so sánh phải đặt vào hoàn cảnh kinh tế nhất định tác động đến hoạt động. Tài sản vô hình sẽ được xem xét so sánh trong mối tương quan với các sản phẩm hoặc quy trình tương tự như trong các ngành công nghiệp nói chung cùng hoặc thị trường và có tiềm năng lợi nhuận tương tự. Xét mục tiêu dài hạn, tài sản vô hình sẽ cân nhắc các điều khoản và điều kiện của các chuyển giao, giai đoạn tương ứng của sự phát triển, các giấy phép quyền tài sản để nhận được cập nhật, thời hạn của giấy phép, rủi ro trách nhiệm và các giao dịch tài sản thế chấp…
Đối với tài sản và dịch vụ hữu hình phương pháp CUP giả định rằng những áp lực cạnh tranh là nguyên nhân giá và phí dịch vụ bằng nhau. Đối với tài sản cố định vô hình phương pháp CUP được giả định rằng chủ sở hữu của các bằng sáng chế sẽ tính phí sử dụng cho các đối tượng sử dụng độc lập là như nhau đối với cùng loại quyền tài sản, như vậy có thể so sánh được giữa 2 chủ sở hữu tài sản vô hình cùng loại. Nghĩa là, trong nhiều nền kinh tế khác nhau:
i.Hai đối tượng sử dụng cùng một loại tài sản vô hình sẽ có quyền giống nhau đối với cùng một nhà cung cấp;
ii. Chủ sở hữu của tài sản vô hình có quyền xác định giá bản quyền, cấp phép sử dụng cho bên có nhu cầu… nhưng giá này sẽ không thể khác nhau ngay cả khi có sự loại trừ các yếu tố pháp lý tác động,
iii.Các bên không có mối quan hệ liên kết sẽ đàm phán hợp đồng với các điều khoản chính xác phù hợp với mong muốn và tiêu chuẩn cạnh tranh.