Trong quá trình giữ giống có thể giống sẽ bị thoái hóa do bị biến dị ngẫu nhiên hoặc do giống vẫn phát triển trên môi trường nuôi cấy tích tụ các sản phẩm trao đổi chất có thể có ảnh hưởng không tốt đến những đặc tình của giống, do đó cần phải bảo quản giống. Tùy theo điều kiện cụ thể mà có thể lựa chọn phương pháp giữ chủng phù hợp vẫn đảm bảo được chất lượng của chủng giống. Dưới đây
là một vài phương pháp bảo quản giống thường được áp dụng trong nghiên cứu vi sinh vật.
- Phương pháp cấy truyền: Giống được giữ trên môi trường thạch với thành
phần môi trường và điều kiện nuôi cấy thích hợp cho mỗi loại giống. Sau khi giống đã mọc tốt thì đưa ống thạch bảo quản ở 3÷4oC và sau mỗi tuần cấy truyền lại một lần. Phương pháp này có hiệu quả tốt trong bảo quản nấm men và vi khuẩn.
- Phương pháp làm khô: Giống được làm khô trên cát, đất, silicagel, giấy đã
được khử trùng. Phương pháp này được sử dụng rộng rãi để bảo quản các loại nấm mốc, xạ khuẩn và một vài nấm men, vi khuẩn kéo dài thời gian bảo quản đến một năm.
- Phương pháp đông khô: Giống vi khuẩn được làm khô bằng thiết bị sấy
chân không thân hoa ở trạng thái lạnh đông. Phương pháp này dùng bảo quản hầu hết các loài vi khuẩn, nấm men, nấm mốc có bào tử và một vài loài vi rút … kéo dài thời gian bảo quản từ 5 đến 10 năm.
- Phương pháp làm lạnh đông trong nitơ lỏng: chủng vi sinh vật được làm
lạnh đông và bảo quản trong ni tơ lỏng ở nhiệt độ thấp từ -165oC đến -196oC. Phương pháp này thích hợp với mọi loài vi sinh vật có thể kéo dài thời gian bảo quản từ 5 đến 10 năm và ít làm biến đổi nhất trong quá trình bảo quản.