Chủ thể xin hoàn thuế phải xuất trình đầy đủ hóa đơn, chứng từ kê khai thuế phát sinh đầu ra và thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng hoặc hóa đơn, chứng từ chứng minh đã xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ ra nước ngoài, kèm theo tờ khai với cơ quan hải quan. Đối với các hóa đơn GTGT có tổng giá trị thanh toán một lần (hoặc nhiều lần cộng lại) từ hai mươi triệu đồng trở lên thì phải kèm theo chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng.
Theo quy định tại Điểm 1.3(b) Mục III, Phần B của Thông tư 129 ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT và công văn số 10220/BTC-TCT, ngày 20/7/2009 của Tổng cục Thuế hướng dẫn cụ thể về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để được khấu trừ hoàn thuế GTGT là "hàng hóa dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ 20 triệu đồng theo giá đã có thuế giá trị gia tăng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ" [35]. Đây là một trong
những yêu cầu bắt buộc vừa được Bộ Tài chính hướng dẫn về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để được hoàn thuế GTGT. Quy định này nhằm ngăn chặn các hành vi mua bán, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để gian lận trong hoàn thuế GTGT, chống thất thu ngân sách và góp phần tạo môi trường kinh doanh bình đẳng, lành mạnh. Luật thuế GTGT 2008 chính thức có hiệu lực từ ngày 01/01/2009, trong quá trình áp dụng đã phát sinh ra một số vấn đề bất cập.
* Bất cập đầu tiên là việc áp dụng quy định "thanh toán qua ngân hàng" ở mỗi nơi một khác nhau và không thống nhất.
Ngày 20/7/2009, Bộ Tài chính có Công văn số 10220/BTC-TCT về việc điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để hoàn thuế GTGT, gửi Cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương hướng dẫn cụ thể việc thanh toán qua ngân hàng là "chuyển từ tài khoản của bên bán sang tài khoản
của bên mua… theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, ủy nhiệm chi hoặc lệnh chi, ủy nhiệm thu, thẻ ngân hàng và các hình thức thanh toán khác theo quy định" [35].
Như vậy, chỉ duy nhất hình thức thanh toán này mới được hoàn thuế. Trong khi đó, thực tế vẫn còn có đến gần cả chục hình thức thanh toán qua ngân hàng như: thanh toán ứng trước; ủy quyền qua đơn vị thứ ba thanh toán; hay chậm trả; thời hạn chậm trả; có khi đơn vị nhập khẩu không thanh toán mà nhờ đơn vị thứ 3 thanh toán, thanh toán bù trừ với hàng hóa dịch vụ nhập khẩu… chưa có văn bản hướng dẫn cụ thể, rất khó để doanh nghiệp hiểu rằng chỉ mỗi hình thức chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang bên bán mới được chấp nhận hoàn thuế.
Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán theo phương thức trả chậm, trả góp có giá trị trên 20 triệu đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được khấu trừ thuế, đến thời hạn thanh toán nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Ví dụ 3: Tháng 01/2009, Công ty A mua một lô hàng của Công ty B để phục vụ sản xuất kinh doanh, tổng giá trị hợp đồng là 330 triệu đồng (bao gồm cả thuế GTGT theo thuế suất 10%), theo thỏa thuận trong hợp đồng đến tháng 5/2009 Công ty A mới thanh toán tiền hàng cho Công ty B.
Trong trường hợp này Công ty A được tạm kê khai thuế GTGT đầu vào ở kỳ kê khai của tháng 01/2009 là 30 triệu đồng. Đến thời hạn thanh toán là tháng 5/2009 Công ty A phải cung cấp chứng từ thanh toán qua ngân hàng có giá trị là 330 triệu đồng, nếu Công ty A không cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì số thuế GTGT đã tạm khấu trừ (30 triệu đồng) của tháng 01/2009 phải bị kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ vào kỳ kê khai tháng 5/2009.
Trường hợp đến thời điểm thanh toán là tháng 5/2009, Công ty A cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng nhưng số tiền ghi trên chứng từ
thanh toán này có giá trị 275 triệu đồng thì Công ty A chỉ được chấp nhận khấu trừ thuế GTGT 25 triệu đồng, đồng thời Công ty A phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ vào của kỳ kê khai tháng 5/2009 là 5 triệu đồng.
Căn cứ theo các quy định tại Thông tư số 129/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính, ngành thuế đã từ chối hoàn thuế GTGT cho những trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào có chứng từ không đáp ứng đúng điều kiện này.
Nhưng theo quy định tại Quyết định số 1092/2002/QĐ-NHNN của Ngân hàng Nhà nước về việc ban hành thủ tục thanh toán qua các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán thì các dịch vụ thanh toán qua hệ thống ngân hàng sẽ bao gồm:
- Thanh toán bằng lệnh chi (hoặc ủy nhiệm chi); - Thanh toán bằng séc;
- Thanh toán bằng nhờ thu hoặc ủy nhiệm chi; - Thanh toán bằng thẻ ngân hàng;
- Thanh toán bằng thư tín dụng;
- Các dịch vụ thanh toán trong nước theo quy định của pháp luật. Như vậy, theo hai quy định trên thì có thể hiểu rằng doanh nghiệp thực hiện thanh toán theo phương thức nộp tiền vào tài khoản nhà cung cấp tại một ngân hàng hoặc việc thanh toán cho nhà cung cấp thông qua hình thức séc cũng phải được hiểu là thanh toán qua ngân hàng và điều này không hề vi phạm pháp luật vì đây là dịch vụ mà các ngân hàng được phép thực hiện và Ngân hàng Nhà nước cũng định nghĩa rằng đây là dịch vụ "thanh toán qua ngân hàng".
Nếu cơ quan thuế thực hiện theo các quy định tại Thông tư số 129/TT-BTC của Bộ Tài chính, tức là đồng nghĩa với việc tồn đọng nhiều tỷ đồng tiền hoàn thuế, không được chi trả cho các doanh nghiệp. Các chủ thể được hưởng hoàn thuế GTGT nhưng chỉ vì đã lỡ thanh toán bằng cách nộp tiền trực tiếp vào tài
khoản của ngân hàng cùng hệ thống với nhà cung cấp hàng nên đã không được xét hoàn thuế.
Đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh hiện nay của các doanh nghiệp, nhà nước đều đang khuyến khích và bảo đảm quyền tự do, hoạt động sản xuất kinh doanh, quyền được chủ động tiến hành hoạt động kinh doanh của các chủ thể kinh doanh miễn là không vi phạm pháp luật. Thực tế, ngoài hình thức thanh toán chuyển khoản qua ngân hàng từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán thì trong thực tế, nhiều doanh nghiệp đã lựa chọn các hình thức thanh toán khác như: thanh toán trực tiếp qua ngân hàng (chuyển tiền thẳng tiền vào tài khoản của bên bán), thư tín dụng…
Như vậy, phải giải quyết như thế nào đối với các trường hợp thanh toán qua ngân hàng dưới các hình thức khác mà không phải là "chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán". Những trường hợp này, mặc dù
doanh nghiệp không đáp ứng đúng điều kiện thanh toán qua ngân hàng thì doanh nghiệp liệu có cơ hội để được xem xét hoàn thuế GTGT nữa hay không?
Trong trường hợp này, nếu như đối với trường hợp gia công chuyển tiếp; gia công hàng hóa xuất khẩu tại chỗ thì phải tính và nộp thuế GTGT như hàng hóa tiêu thụ nội địa. Mặt khác, một số doanh nghiệp cũng gặp phải vướng mắc trong công tác hoàn thuế do chứng từ thanh toán (giấy báo có của ngân hàng về số tiền mà phía nước ngoài thanh toán không thể hiện rõ đơn vị trả tiền và nội dung thanh toán) thì cũng không được xem là chứng từ thanh toán hợp lệ để được hoàn thuế GTGT.
Quy định điều kiện thanh toán qua ngân hàng nhằm thúc đẩy thanh toán không dùng tiền mặt, ngăn chặn mua bán, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, gian lận trong hoàn thuế GTGT. Đây là quy định mới trong Luật thuế GTGT năm 2008 so với các luật trước đó. Tuy nhiên, nếu dùng các mệnh lệnh hoặc áp đặt quy định hành chính ngay lập tức đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh hay các nghiệp vụ kinh tế như điều kiện thanh toán qua ngân hàng làm
điều kiện xét hoàn thuế cho các chủ thể đã gây khó khăn và ảnh không không đến các doanh nghiệp và các chủ thể hoàn thuế GTGT.
Hiện nay, Cục thuế một số tỉnh, thành đã chấp nhận hoàn thuế nhưng cũng có một số Cục thuế tỉnh khác thì vẫn lúng túng chưa giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp và các chủ thể hoàn thuế.
Ví dụ 4: Cơ quan thuế Buôn Ma Thuột và một số tỉnh, thành đã chấp nhận hoàn thuế GTGT cho những trường hợp doanh nghiệp nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán trước ngày 20/3/2009. Trong khi đó, ở Thành phố Hồ Chí Minh, doanh nghiệp vẫn đang còn chờ đợi. Hàng chục tỉ đồng tiền hoàn thuế của doanh nghiệp đang "kẹt cứng" trong cơ quan thuế trong khi doanh nghiệp hàng ngày phải trả lãi suất ngân hàng.
Hiện rất nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn do quy định giao dịch từ 20 triệu đồng trở lên phải thanh toán qua ngân hàng. Hội doanh nghiệp Thành phố Hồ Chí Minh đang tập hợp danh sách các doanh nghiệp này để trình Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đề nghị hướng giải quyết để doanh nghiệp được hoàn thuế 32. * Bất cập tiếp theo là việc thanh toán qua ngân hàng làm mất nhiều thời gian của các doanh nghiệp.
Thông thường việc thanh toán qua cùng một hệ thống ngân hàng đã mất đến từ 1 đến 2 ngày, chưa kể nếu rơi vào thứ bảy, chủ nhật thì sẽ mất đến 3 đến 4 ngày. Trong khi đó, bên bán chỉ thực hiện giao hàng hóa, dịch vụ khi đã nhận được tiền trong tài khoản. Điều này đã gây bất tiện cho các doanh nghiệp, đôi khi còn mất cơ hội kinh doanh của các doanh nghiệp.
Ví dụ 5: Mới đây, một loạt các công ty chuyên xuất khẩu cà phê, đã gửi đơn kiến nghị đến Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh xem xét cho công ty được hoàn hàng tỉ đồng tiền thuế GTGT.
Do đặc thù của việc kinh doanh cà phê là chốt giá với khách hàng nước ngoài và chốt giá với nhà cung cấp trong nước cùng một thời điểm. Nên
doanh nghiệp phải chuyển trả tiền ngay cho nhà cung cấp để nhận hàng trong ngày. Vì tài khoản của công ty và tài khoản của nhà cung cấp mở ở hai hệ thống ngân hàng khác nhau và khác địa bàn, nên nếu chuyển tiền phải mất 2-3 ngày sau nhà cung cấp hàng mới nhận được tiền.
Vì vậy, "nhiều công ty nộp tiền trực tiếp vào một ngân hàng tại Thành phố Hồ Chí Minh có cùng hệ thống với ngân hàng mà nhà cung cấp mở tài khoản nhằm thanh toán qua ngân hàng cùng hệ thống (khác địa bàn) để nhà cung ứng nhận được tiền ngay" 32.
Nhìn chung, tại Điểm 1.3 Chương III Thông tư 129/2008/TT-BTC quy định điều kiện khấu trừ, hoàn thuế thuế GTGT đầu vào đối với hoạt động mua bán hàng hóa có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên là: Có hóa đơn GTGT, có chứng từ thanh toán qua ngân hàng… vẫn còn thiếu rõ ràng, văn bản hướng dẫn về các hình thức thanh toán khác của ngân hàng lại chưa có, thì dịch vụ thanh toán được thực hiện còn mang tính thủ công, mất nhiều thời gian, cơ quan thuế không linh hoạt khi xử lý hoàn thuế... đã gây phiền toái khiến cho nhiều doanh nghiệp thiệt thòi và nhọc nhằn trong hoàn thuế. Đây cũng là lý do dẫn đến nhiều doanh nghiệp không đáp ứng được yêu cầu, điều kiện hợp pháp, hợp lệ để được hoàn thuế.
Bất cập về các điều kiện hoàn thuế GTGT đã khiến nhiều doanh nghiệp rơi vào tình trạng "nhiều tỷ đồng tiền hoàn thuế của các doanh nghiệp" vẫn
đang tồn đọng tại cơ quan thuế, thay vì việc họ được hưởng hỗ trợ cần thiết của nhà nước thì doanh nghiệp lại phải gồng mình trả lãi ngân hàng hàng ngày.