Pháp luật về thuế GTGT không quy định cho từng đối tượng cụ thể được hoàn thuế mà chỉ quy định các trường hợp hoàn thuế GTGT. Theo quy định tại mục C, Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 có hiệu lực thi hành từ 01/01/2009 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của Chính phủ
quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT thì các trường hợp được hoàn thuế GTGT được quy định như sau:
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT nếu trong ba tháng liên tục trở lên có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết. Số thuế được hoàn là số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết của thời gian xin hoàn thuế.
Ví dụ 1: Doanh nghiệp A kê khai thuế GTGT có số thuế GTGT đầu vào, đầu ra như sau:
- Tháng 01/2009, thuế đầu vào được khấu trừ trong tháng là 200 triệu đồng; thuế đầu ra phát sinh trong tháng là 100 triệu đồng; thuế phải nộp (âm 100 triệu đồng), lũy kế số thuế đầu vào chưa khấu trừ (âm 100 triệu đồng).
- Tháng 02/2009, thuế đầu vào được khấu trừ trong tháng là 300 triệu đồng; thuế đầu ra phát sinh trong tháng là 350 triệu đồng; thuế phải nộp (50 triệu đồng), lũy kế số thuế đầu vào chưa khấu trừ (âm 50 triệu đồng).
- Tháng 3/2009, thuế đầu vào được khấu trừ trong tháng là 300 triệu đồng; thuế đầu ra phát sinh trong tháng là 200 triệu đồng; thuế phải nộp (âm 100 triệu đồng), lũy kế số thuế đầu vào chưa khấu trừ (âm 150 triệu đồng).
Theo ví dụ trên, doanh nghiệp A thuộc diện lũy kế ba tháng liên tục có số thuế đầu vào lớn hơn thuế đầu ra. Do vậy, căn cứ theo quy định tại mục C, Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 có hiệu lực thi hành từ 01/01/2009 thì doanh nghiệp A thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT với số thuế là 150 triệu đồng.
Hoàn thuế GTGT trong trường hợp này áp dụng cho cả cơ sở kinh doanh có đầu tư mới và đầu tư chiều sâu.
Thực tế hiện nay cho thấy, các cơ sở kinh doanh, các doanh nghiệp được thành lập ở quy mô doanh nghiệp vừa và nhỏ khá nhiều. Quyết định hoàn thuế cho doanh nghiệp là một chế định tiến bộ nhằm hỗ trợ về chính
sách ưu đãi và về vốn để doanh nghiệp có thể hoạt động và phát triển. Tuy nhiên, nhiều doanh nghiệp hoạt động với quy mô nhỏ nên lũy kế số thuế đầu vào trong thời gian ba tháng cũng không đáng kể. Các cơ sở kinh doanh không có hoạt động xuất khẩu hoặc có nhưng giá trị thấp, thì dù số thuế đầu vào trong tháng phát sinh cao đến mấy vẫn không được hoàn theo tháng mà phải chờ đủ ba tháng. Điều này sẽ làm cho vốn của các doanh nghiệp bị lưu lại khá lâu, gây ảnh hưởng đến quá trình kinh doanh tiếp theo của họ. Đây là một hạn chế rất lớn của quy định về hoàn thuế GTGT.
2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Trường hợp, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.
Mục đích của hoàn thuế GTGT trong trường hợp này là nhằm tạo điều kiện hỗ trợ một phần kinh phí cho các doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư với giá trị lớn và thời gian đầu tư lâu dài. Các doanh nghiệp trong trường hợp này đều đã đăng ký kinh doanh, đã kê khai nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, nhưng do lĩnh vực hoạt động yêu cầu vốn lớn mà thời gian thực hiện lại lâu dài.
Nhằm thực hiện một dự án về tìm kiếm, thăm dò và phát triển mỏ dầu khí thì hoạt động đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, máy móc, thiết bị để tiến hành thăm dò, khai thác phải mất vài năm. Trong khi đó, chưa phát sinh thuế GTGT đầu ra. Hơn nữa, yêu cầu về vốn đầu tư lại rất lớn. Nếu khi quyết toán thuế năm mà các cơ sở kinh doanh này được hoàn thuế GTGT thì sẽ hỗ trợ cho các doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư này một khoản kinh phí nhất định.
3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư
thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động (trừ các doanh nghiệp hạch toán toàn ngành) thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này.
4. Cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu thuế GTGT đầu vào của hàng hóa xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế theo tháng. Cơ sở kinh doanh trong tháng vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ bán trong nước, có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên, nhưng sau khi bù trừ với số thuế GTGT đầu ra của hàng hóa, dịch vụ bán trong nước, nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ nhỏ hơn 200 triệu đồng thì cơ sở kinh doanh không được xét hoàn thuế theo tháng, nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT theo tháng.
Một số trường hợp xuất khẩu được hoàn thuế như sau: Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu, là cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu; đối với ủy thác gia công xuất khẩu, là cơ sở nhận gia công ký hợp đồng trực tiếp với phía
nước ngoài; đối với gia công chuyển tiếp, là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài; đối với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, là doanh nghiệp có hàng hóa, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài.
5. Cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết hoặc có số thuế GTGT nộp thừa.
6. Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo:
- Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại: chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án được hoàn lại số thuế GTGT đã trả đối với hàng hóa, dịch vụ mua ở Việt Nam để sử dụng cho chương trình, dự án.
- Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn thuế GTGT đã trả của hàng hóa, dịch vụ đó.
Ví dụ 2: Hội chữ thập đỏ được Tổ chức quốc tế viện trợ tiền để mua hàng viện trợ nhân đạo cho nhân dân các tỉnh bị thiên tai là 200 triệu đồng. Giá trị hàng mua chưa có thuế là 200 triệu đồng, thuế GTGT là 20 triệu đồng. Hội chữ thập đỏ sẽ được hoàn thuế theo quy định là 20 triệu đồng.
Việc hoàn thuế GTGT đã trả đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
Thực tế cho thấy, nếu dùng vốn ODA để mua hàng hóa trong nước thì thủ tục hoàn thuế mất nhiều thời gian. Theo quy định thì việc hoàn thuế được thực
hiện trong 3 ngày, nhưng thực tế, công đoạn này có khi kéo dài tới 20-30 ngày do việc lập hồ sơ chứng từ phức tạp. Trong khi đó, nếu dùng vốn ODA để mua của nước ngoài thì được miễn ngay từ khi nhập khẩu, nên các dự án thường lựa chọn phương thức mua của nước ngoài.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện hoàn thuế GTGT đối với các nhà thầu chính của dự án ODA, cơ quan thuế cũng rất khó xác định chính xác số thuế GTGT đầu vào của nhà thầu chính, vì họ chỉ được hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào để thực hiện hợp đồng ký với chủ dự án, nhưng trên thực tế có nhiều hàng hóa nhà thầu chính mua vào phục vụ cho nhiều dự án ngoài hợp đồng đã ký cho dự án ODA. Đây cũng chính là bất cập các doanh nghiệp đang lợi dụng để hoàn thuế.
Mặt khác, các chủ thể có sử dụng nguồn vốn ODA (kể cả nguồn vốn ODA không hoàn lại, vốn ODA vay hoặc vốn ODA hỗn hợp) thường đã được hưởng các ưu đãi khác của nhà nước như: ưu đãi về thủ tục xét duyệt đầu tư, thủ tục thuê đất dài hạn hay gia hạn, miễn một phần hoặc kéo dài thời hạn nộp thuế… nên có cần thiết được ưu đãi về hoàn thuế GTGT hay không?
Đối với các tổ chức cứu trợ, các hoạt động nhân đạo có sử dụng các nguồn tiền viện trợ của các tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam. Cần thiết phải xem xét kỹ lưỡng các trường hợp trước khi quyết định có cho phép hoàn thuế hay không? Bởi vì không thể căn cứ vào nguồn gốc tài chính để cho hoàn thuế hay không hoàn thuế GTGT. Nếu như vậy, sẽ không đảm bảo được tính pháp lý cũng như đạo lý.
7. Đối tượng được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của Pháp lệnh về ưu đãi miền trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn thuế GTGT đã trả ghi trên hóa đơn GTGT hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế GTGT.
8. Cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.
Trừ trường hợp được hưởng miễn trừ ngoại giao theo quy định, các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng này phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề); có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.
Các trường hợp cơ sở kinh doanh đã lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế thì không được kết chuyển số thuế đầu vào đã đề nghị hoàn thuế vào số thuế được khấu trừ của tháng tiếp sau thời gian đã lập hồ sơ hoàn thuế.
Hoàn thuế GTGT là quy định tiến bộ của pháp luật về thuế nhằm thể hiện chính sách hỗ trợ cho các doanh nghiệp trong các trường hợp cụ thể (8 trường hợp nêu trên). Hoàn thuế là một thuộc tính của thuế GTGT đòi hỏi vừa phải chính xác, chặt chẽ vừa phải nhanh gọn thuận lợi cho các đối tượng được hoàn thuế. Chính vì lý do đó mà các quy định của của Luật thuế GTGT cũng cố gắng sao cho các cơ sở kinh doanh được tối đa hóa các quyền và bình đẳng khi hoàn thuế GTGT.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện cũng cần xem xét lại tính hợp lý và cần thiết của quy định pháp luật về hoàn thuế GTGT cho ba trường hợp sau đây để cơ chế hoàn thuế GTGT đảm bảo tính bình đẳng, lành mạnh cho môi trường sản xuất, kinh doanh ở nước ta:
- Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn ODA: do các chủ thể có sử dụng nguồn vốn ODA thường đã được hưởng các ưu đãi khác của Nhà nước như ưu đãi về thủ tục xét duyệt đầu tư, thủ tục thuê đất dài hạn hay gia hạn, miễn một phần hoặc kéo dài thời hạn nộp thuế… nên để thực hiện chính sách khuyến khích ưu đãi trong việc sử dụng các nguồn vốn này, có cần thiết phải hoàn thuế GTGT cho đối tượng này?
- Hoàn thuế GTGT đối với các cơ sở kinh doanh khi sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế nộp thừa.
Chúng ta cũng có thể quy định điều khoản này ở một phần khác cho hợp lý hơn chứ không nhất thiết phải là hoàn thuế GTGT?
- Có khả thi và công bằng khi cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế căn cứ các quyết định hoàn thuế của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền (Tổng Cục Thuế hay Cục thuế các tỉnh, thành phố)?