Thứ nhất, giải trình những vấn đề có liên quan đến nội dung thanh tra.
Thứ hai, khiếu nại về quyết định, hành vi của người ra quyết định thanh tra, Trưởng
ngành, cộng tác viên thanh tra, thành viên khác của Đoàn Thanh tra trong quá trình thanh tra; khiếu nại về kết luận thanh tra, quyết định xử lý về thanh tra theo quy định của pháp luật về khiếu nại.
Lưu ý: việc qui định khiếu nại quyết định xử lý về thanh tra được hiểu là khiếu nại đối với các quyết định xử lý của Thanh tra viên, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành, Trưởng đoàn thanh tra, người ra quyết định thanh tra hoặc Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước trong quá trình tiến hành thanh tra hoặc sau thanh tra. Đối tượng thanh tra không có quyền khiếu nại quyết định thanh tra, vì hoạt động thanh tra là một khâu của quá trình quản lý nhà nước, quyết định thanh tra nhằm thực hiện quyền quản lý của của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với các cơ quan, tổ chức và cá nhân thuộc quyền quản lý của mình.
Thứ ba, yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật.
Các vấn đề cụ thể liên quan đến quyền yêu cầu bồi thường, trách nhiệm bồi thường của cơ quan nhà nước, việc bồi hoàn của cán bộ, công chức được thực hiện theo qui định của pháp luật về bồi thường.
Thứ tư, cá nhân là đối tượng thanh tra có quyền tố cáo về hành vi vi phạm pháp luật
của của người ra quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra, Thanh tra viên, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành, cộng tác viên thanh tra, thành viên khác của Đoàn Thanh tra theo quy định của pháp luật về tố cáo.