Trong cơ chế quản lý mới, phương thức, cách thức, mục đích nội dung thanh tra đối với các doanh nghiệp không thể mang tính hành chính giống như thanh tra các cơ quan, đơn vị, cá nhân trong bộ máy nhà nước mà cần phải có sự thay đổi. Mỗi ngành,
mỗi lĩnh vực của đời sống kinh tế-xã hội đều có các cơ quan quản lý nhà nước. Vì thế, việc thanh tra, kiểm tra các đơn vị, cá nhân trong việc chấp hành pháp luật về từng lĩnh vực phải được tiến hành chuyên sâu, do các cơ quan quản lý nhà nước theo ngành, lĩnh vực thực hiện. Đó là lý do của việc xuất hiện hoạt động thanh tra chuyên ngành trong Luật thanh tra.
Mục đích của hoạt động thanh tra chuyên ngành là bảo đảm sự chấp hành pháp luật
của mọi cơ quan, tổ chức, cá nhân, bảo đảm trật tự, kỷ cương trong hoạt động sản xuất, kinh doanh, hoạt động kinh tế tài chính, kinh tế xã hội cũng như trong mọi lĩnh vực khác của đời sống kinh tế xã hội.
Đối tượng thanh tra của thanh tra chuyên ngành có phạm vi rộng hơn rất nhiều so với
thanh tra hành chính và chủ yếu là khu vực tư, chẳng hạn các cuộc thanh tra về vệ sinh an toàn thực phẩm, thanh tra chất lượng mũ bảo hiểm xe máy, thanh tra tài nguyên môi trường, thanh tra việc khám chữa bệnh hay hành nghề y dược tư nhân, thanh tra xây dựng v.v...
Thanh tra chuyên ngành có quyền xử phạt hành chính trong khi thanh tra hành chính, với đối tượng là cơ quan nhà nước và cán bộ, công chức nhà nước chủ yếu áp dụng các biện pháp kỷ luật hành chính... Thanh tra chuyên ngành thực chất là hoạt động kiểm tra thường xuyên của cơ quan quản lý, kết hợp với xử lý vi phạm.
Một đặc điểm nữa của thanh tra chuyên ngành là tổ chức và hoạt động nó thường do Chính phủ quy định trên cơ sở đề nghị của các bộ, ngành và phụ thuộc vài tính chất, phạm vi, đặc điểm của từng bộ, ngành đó (lĩnh vực giáo dục; lĩnh vực y tế, ngoại giao, tài chính v.v…).